绝大多数真菌对营养要求不高，最常用的培养基为沙保琼脂培养基（含4%葡萄糖、10%蛋白胨，pH4．0～6．0），此外还有土豆葡萄糖培养基及察氏培养基。在适当的湿度与温度下，真菌生长繁殖力很强。浅部真菌适合的培养温度为22～28℃，1～2周出现典型的菌落。深部真菌的培养条件与细菌类似，生长较快，3～4d即可长出菌落。角膜刮取物的真菌培养较慢，可在培养基内加入适量抗生素抑制细菌生长，防止污染。真菌菌落的形态大致分酵母型菌落、类酵母型菌落及丝状菌落三类。眼科致角膜溃疡的真菌一般形成后两种菌落：类酵母菌属菌落，如念珠菌属，外观与一般细菌菌落类似，菌细胞出芽繁殖后，小芽发育延长但不从母细胞上脱落，从而形成假菌丝。丝状菌落，由管状、分枝的多细胞真菌的菌丝组成，部分菌丝向空中生长，部分伸入培养基内。菌落形态各异，并能显示多种颜色。
在培养过程中根据生长速度，菌落特征，菌丝、孢子或菌细胞的形态等鉴别真菌的类别，除此之外一些理化特性，如发酵试验、同化试验等也可协助诊断。以下举两种常见的导致真菌性角膜溃疡的真菌的培养特性：
1．白色念珠菌 在沙保（沙氏）培养基上生长良好。在沙氏液体培养基中，30℃培养1d，管底生长，镜检细胞呈球形，短卵圆形。在沙氏琼脂培养基上，30℃划线培养1d即有小菌落生长，菌落为奶油色，闪光，或呈蜡状，柔软、光滑。在米粉吐温80琼脂培养基上可形成丰富的假菌丝及真菌丝。菌丝中间或顶端常有大而薄的圆形、梨形或瓶形细胞，它们可发展成厚膜孢子，有助于鉴别。此外还可使多种糖发酵。
2．曲霉菌属 包括烟曲霉、黄曲霉及黑曲霉等。鉴定时以察氏培养基为标准，培养温度一般为28～30℃，时间10～14d。其共同的特征为：营养菌丝体由具有横膈的分枝菌丝构成，从菌丝转化形成厚壁而膨大的足细胞，在其垂直方向生出直立的分生孢子梗。曲霉菌的菌落颜色多样，而且较稳定，是分类的主要依据之一。如烟曲霉呈暗烟绿色，老后变得更深，分生孢子梗短、光滑，常带绿色。此真菌嗜高温，45℃或更高温生长旺盛。黄曲霉菌菌落初带黄色，然后变成黄绿色，老后变暗，平坦或有放射状皱纹。黑曲霉菌菌落生长较局限，菌丝初为白色，厚绒状，继而黑色。
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