“上帝存在以及其他有关上帝的真相，可以通过自然推理而得之，这不是信仰的内容，但确是内容的前言；因为信仰预设了自然知识，甚至使这种预设和完美更完善。”
托马斯·阿奎那（St Thomas Aquinas，1225—1274)
《神学大全》（Summa Theologica）
托马斯·阿奎那是一名意大利的僧侣和经院哲学（scholasticism，天主教教会教授的理论）的最重要的提倡者。经院哲学力图把哲学和宗教统一起来。阿奎那对此很感兴趣，声称尽管信仰在有些方面是超越了理性（比如三位一体），但是理性是真理的一个重要指南，而且实际上理性本身足以证明上帝的存在。所以，信仰是自然理性的最高顶点，只是沿着所指明的道路稍稍越过了一点。
经院哲学之后紧接着是哲学上荒芜的黑暗时代，这个时期映射出人们对十字军东征之后涌入的东方观点的一种反应。与西方不同，伊斯兰文化曾保存了希腊哲学家的作品，尤其是亚里士多德的著作，旷日持久的冲突反而为重新引入他的哲学思想提供了机会。
在亚里士多德成熟的知识系统的威胁之下，教会企图通过调整自己来支持基督徒教义而得以幸存。借助这种方式，亚里士多德思想与基督教精神的联姻提出了一个新的哲学正统教义：不需要思考，因为亚里士多德已经为你想好了。因此经院哲学旨在追求的统一—也是阿奎那极力促成产生的—最终成了一个具有高度限制性的体系（一件使哲学在15世纪文艺复兴就开始挣脱的紧身衣）。
经院哲学阐明了在调和理性和信仰上所面临的困难。尽管阿奎那避开了德尔图良的反智主义，但却使得哲学成了宗教的婢女。因此他对哲学的推崇只能走到支持信仰—他相信理性可以得出与神启相同的结论（现在看来似乎信任用错了地方）。当然，从根本上讲，哲学与宗教之间的剑拔弩张的出现是因为哲学需要空间呼吸—没有了呼吸空间，它还是真正的哲学吗？
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