笛卡尔是当时著名的科学家，但他重视哲学，称哲学为智慧或智慧的研究，认为它概括人类的全部知识，是文明人和野蛮人的区别所在，国家文明和进步与否的重要标志(3)；所以，他毕生致力于复兴哲学事业。他反对经院哲学，认为经院哲学依照固定的逻辑公式推演出维护宗教神学的结论，是违反人类理性和阻碍科学、自由发展的“空洞哲学”。他酷爱和提倡具体的科学研究，认为惟有科学的发明可以推进生产技艺，造福于人类；但又称研究科学应探究科学的原则和方法，建立科学的哲学，只有这样才能真正推动科学的发展。广义地说，这种哲学也可叫做“实践哲学”；他强调要用“实践哲学”来代替经院中的“思辨哲学”，以认识和利用自然的力量和作用，使我们成为“自然的主人和占有者”(4)。实际上在笛卡尔那里，这种哲学乃是一种无所不包的新的知识体系，包括三个组成部分：“形而上学”——关于超自然、超经验的事物的学说，研究心灵、上帝和物质等；物理学——关于自然的学说，研究物质自然界的一般特征；各门具体科学——照料人的健康的医学，调节人的情绪的伦理学，以及制造工具的机械学等等，它们带有明显的实用性。笛卡尔指出，“整个哲学好像一棵大树，树根是形而上学，树干是物理学，从这树干上发出的枝条是各种其他科学”(5)。诚然“人们最终是从树枝上采集果实的”，但“形而上学”和物理学起着基础和骨干的作用。尤其是“形而上学”，它为后者的经验内容提供最终的根据和真理的保证；必须先寻找出一种无可置疑的“形而上学”原则，才可能有物理学，有各门具体科学。他的当务之急也就在于对“形而上学”作系统的“沉思”，“重建”一个健全的新的哲学基础。
在哲学史上，笛卡尔哲学的特点和贡献就在于他在反对经院哲学的斗争中提出了主体性原则。主体性是笛卡尔哲学的出发点。他以突出主体性来重建其“形而上学”。笛卡尔首先提出普遍怀疑的原则。普遍怀疑是笛卡尔哲学的开端，笛卡尔是通过普遍怀疑来确定“形而上学”的“第一原理”的。他曾说，我们早年都曾接受过由社会和学校灌输的各种知识和对诸多事物作过各种判断，那时我们尚无健全的理性，这些知识和判断就必定是不确实的。因此，若要给科学打下牢固基础，就必须在一生中对这些知识和判断有一次严肃的普遍怀疑，以抛弃人心中旧有的假设和偏见(6)。他把这些知识和判断按照认识能力的层次分为三种类型，并指出：(一)要怀疑对可感事物的认识即感觉。他认为迄今通过感觉获得的知识可归纳为存在判断、属性判断和关系判断，它们有时欺骗我们。如在梦中看到的和清醒时幻觉到的东西并不真实；一座方塔远看却是圆形的；我们坐在向前行驶的船上，却觉得两岸在往后倒退。(二)要怀疑依靠演绎或推理而获得的知识即理性知识。他认为物理学、医学、天文学等，人们围绕它们往往争论不休；即使是自明的几何学命题(如正方形从不多于四条边等)也应予以怀疑，“一些恶神，既具大能，又喜骗人”，说不定在数正方形的边时它就叫我出错。(三)还要怀疑宗教神学中那些想象出来的感性存在物和观念即介于感性和理性之间的知识。他认为如埃及的狮身人面像等，尽管它的各组成要素是真实的，但整个来说是虚构的、可疑的。当然，从原则上讲笛卡尔的普遍怀疑并没有规定的界限，他甚至宣称可以怀疑自己“没有手、没有脚，最后竟没有身体”。但他主要是怀疑“我以前信以为真的”一切旧意见所依据的那些原则，否则就将是无止境的工作了。
笛卡尔对自己的普遍怀疑曾作过形象的描述说，“我就像突然掉进很深的水里，惊慌失措，以致既不能用脚在水底站稳，也无法浮出水面”(7)。不过，真正说来，他所提倡的普遍怀疑与以往怀疑论者的怀疑是不相同的。他的怀疑不是“为怀疑而怀疑”，以怀疑为目的或结局，永远得不出肯定的结论，否定真理并消极厌世；而是出于对真理的信心，以怀疑为手段或方法，通过怀疑仅在于否定假的肯定真的，即“使自己得到确信的根据，把浮土和沙子挖掉，以便找出磐石和硬土”，为建立知识体系确立一个可靠的“据点”或基础。他的怀疑不是完全的抛弃一切，不是对人类全部知识的一种形而上学否定；在他那里，被怀疑的东西经“放在理性的尺度上校正之后”，本身还是有用的，是真知识的胚胎，犹如“在拆除旧房屋时通常总把拆下的材料保存起来，以便用它来建造一座新的房屋”(8)。总之，笛卡尔的普遍怀疑是认识论上的必然假定；他之谈论怀疑，“除了关心寻求真理以外，并不追求任何目的”。
笛卡尔提出的作为方法的怀疑，像培根提出的要认识自然必须清除假相一样具有强烈的反经院哲学的启蒙性质。多少世纪以来，人们凭藉着感觉确信太阳围绕地球旋转，地球本身则不动；托勒密的地心说具有广泛的影响不无认识论上的原因。笛卡尔是哥白尼日心说的拥护者，他对感官认识的怀疑实际上向人们提出了一个严肃的问题：光凭感觉能力不足以认识世界。这对于把日心说视为异端邪说的经院哲学和宗教神学无疑是重大的打击。同样，他对理性认识的怀疑也等于宣告了中世纪以来关于“实体的形式”、“隐秘的质”等观念和原理的陈腐和荒谬；其矛头所向更为明确。当然，笛卡尔的普遍怀疑仍只停留在个人的冥思苦想活动上；他还表白自己是虔诚的天主教徒，其怀疑仅限于“思维真理”方面，不涉及“立身行事”方面，与神学、政治、社会无干。但整个地看，它主张把一切既有的知识放到人类理性面前审查、批判，反对盲从和迷信，这在当时显然冲击着僵化的经院哲学思维方式，起着解放思想的进步作用；它推动了人们“重新开始从根本做起”去建立可靠的新哲学体系，也为笛卡尔自己重建新的哲学体系寻找和确立了一个“据点”，就如阿基米德为重建宇宙需要一个“固定不动的支点”一样。
笛卡尔哲学的“据点”或“第一原理”即“我思想，所以我存在”。这个著名原理涉及我思和我在的关系，就是笛卡尔通过普遍怀疑对思维自身作不断的“抽象”(9)而获得的肯定性结论。按照他的看法，我怀疑一切，可以假定没有神、没有天、没有形体等等，但我不能怀疑“我在怀疑”本身；只要我一怀疑“我在怀疑”这个当下的事实，就恰好证实了“我在怀疑”。我在怀疑即意味着我在思想，这又是自明的；即使我在做梦，也确实是在思想。既然我在思想，这个在思想的“我”的存在也就是无可怀疑的；“必须存在，才能思想”，没有思想者，怎会有思想本身?(10)笛卡尔在这里不同意说“我看故我在”、“我玩故我在”。在他看来，我的感觉(如看)或运动(如玩)并非是无可怀疑的确定的事实，或许这就是我的梦幻。因此根据我在看、玩就不能证明我的存在。甚至也不能说“我想象故我在”。他强调惟有用思想才能真正确定“我”的存在。
笛卡尔认为，他把“我思想，所以我存在”当作他重建哲学体系的基石即“第一原理”，其理由就在于它是清楚明白的，并且从它出发能推演出其他命题来。他着重指出，这个原理本身没有大前提(“凡思想者均存在”)，不是推论；它只是表示判断“我思想”已包含了思想者“我”在内，判断“我存在”并没有扩大前一判断的内容，仅仅肯定了前一判断中已包含的东西。因此这个原理只不过是通过直觉的活动承认一个简单地给与的事实，如数学的公理一样是不证自明的。笛卡尔说，“‘我思想，所以我存在’这条真理是这样确实，这样可靠，连怀疑派的任何一种最狂妄的假定都不能使它发生动摇，于是我就立刻断定，我可以毫无疑虑地接受这条真理，把它当作我所研求的哲学的第一条原理”(11)。而笛卡尔正是凭借着这条绝对真实的原理推演出种种其他原理，推演出他的“形而上学”、他的整个哲学体系来的。
笛卡尔把“我思想，所以我存在”当作其哲学体系的第一原理表明，他推崇人的思想、理性，把人的思想、理性放在哲学的首位，突出了人的思想、理性的重要性。在他的眼光里，思想、理性是根本的。思想、理性或良知“是惟一使我们成为人并且使我们与禽兽有区别的东西”；它使我们具有正确地作判断和辨别真假的能力；它使我们所看到的、听到的能够成为知识。他还指出，思想、理性或良知“是人人天然地均等的”；“它在每一个人身上都是完整的”(12)。如所周知，在中世纪，宗教信仰在各个领域里高于一切，处于至尊的地位。尽管在经院哲学内部围绕信仰和理性的关系问题唯名论者和唯实论者展开过种种争论，从“先信仰，再理解”到“理解了，再信仰”，以及人文主义对人的经验、理性的提倡，理性的地位渐渐提高，但信仰至上的局面远没有从根本上获得突破和改变。在这种背景下，笛卡尔在近代最早起来推崇人的思想、理性，把思想、理性放在哲学的首位，并宣扬理性平等的观点，从而使哲学和神学对立起来，从神学中独立出来，其反经院哲学的启蒙意义是显然的。
尤应指出，笛卡尔在推崇思想、理性时又并非是在作抽象的孤立的谈论，而是强调“我在思想”即把思想和思想者内在地联系起来，把思想者“我”作为思想、认识确实存在的根据。这即提出了思想、认识的主体性问题。这样，他把“我思想，所以我存在”当作其哲学体系的第一原理，也就意味着他从思想、认识的主体性出发来重建其“形而上学”。他已不像古代希腊哲学家那样把主体与客体不加区分，单纯地考察客体；而是把主体与客体区分开来，欲从主体的角度去看待“人—自然”结构中的另一端自然即客体。换句话说，他之确立主体性在哲学认识中逻辑在先的地位，表明他将从认识论着手转而引出本体论问题，把“形而上学”认识论化。无疑，这显示了近代哲学的一般特点，也显示了他与从自然出发探究哲学的培根的不同之点，是他对哲学发展的重大推动。对此海森伯说得中肯：“笛卡尔哲学的这个基础与古希腊哲学家的基础根本不同，这里的出发点不是基本的本原或实体，而是一种基本知识的尝试。”(13)
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