总部经济聚集区归根结底是一种创新性集群。随着产业集聚对技术创新和非技术创新的作用越来越大，创新政策研究中逐渐用创新集群（innovative cluster）来替代产业集群，集群在这里用作科技政策或创新政策的术语。实际上，所谓创新集群，是区别于低成本的产业集群（即低端集群）而言的，是指创新性的产业集群或基于创新的产业集群。聚集区内大量企业总部及决策、研发、营销、结算等价值链高端功能环节的聚集，不仅带来了丰富的高素质人才和创新知识资源[2]，而且由于企业总部之间高效率的互动，能够形成强大的知识溢出效应，在企业家精神和总部经济聚集区内丰富的战略资源的催化下，这种效应能够转变成强大的创新能力，降低创新成本，提高创新效率，进而推动区域创新体系的完善和整体创新能力的提升。
根据熊彼得的研究，创新主要分为技术创新、工艺创新、市场创新、资源创新和管理创新等五种方式。总部经济聚集区从不同方面，以其独有的高端性为这些创新方式提供了强有力的支撑。
首先，总部经济聚集区为技术和工艺创新提供动力。在产业集群内，一些龙头企业的研发和创新具有巨大的示范效应。而在总部经济聚集区内，这种示范效应不仅促使本行业的提升，还通过聚集区内的“网络范式”和企业总部的乘数效应，实现了技术和工艺创新在不同行业间的整合，由此产生的技术扩散、成本节约和效益的提升（见图2-3），能够促使聚集区内的企业总部不断创新。在信息化和知识经济的背景下，这种创新的动力更加强劲。
图2-3 创新——扩散——创新周期
其次，总部经济聚集区为市场、资源和管理创新提供肥沃的土壤。现代产业在信息技术的支撑下，不断走向融合，高新技术的发展特别是信息技术的革命及其强大的渗透力，打破了不同产业的边界，使不同产业之间相互渗透、相互融合，形成新的融合产业。[3]在总部经济聚集区内，产业融合的趋势则更为明显，这种融合有可能形成一种新的边缘产业，从而开辟新的市场，如机械仿生、电子商务、网络银行等，都是新兴的边缘产业，同时电子商务的交易平台等也是一种新兴的资源。由信息技术对传统行业的流程管理改造，如ERP系统等，则带来了管理的革命。这些创新只有在总部经济尤其是聚集区透过企业总部间的业务、技术、人才等资源的互动和共享，才能更容易实现。
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