新中国成立以后不久，我国在极短的时间内掀起了人民公社运动，变农业合作化的过程为集体化的过程，“大锅饭”体制切断了农民的生产劳动与生产成果的关系，农民的积极性受到挫伤。1978年以来，家庭、集体双层经营体制的出现再度承认了农民的财产权利，农民的生产积极性得到激发。但长期以来，家庭经营制度在农户经营层次上存在规模小、交易费用高、竞争力弱等问题，在集体服务的层次上存在功能不健全，难以发挥有效作用等问题。加入WTO之后，农业面临着更加激烈的国际和国内市场的竞争，普通农户在市场竞争中处于极度弱势的地位。农民合作经济组织按照国家产业发展政策，根据市场需求和农民意愿，把分散个体聚为合力的整体，提高农民在生产资料采购、社会化服务购买、产品销售等过程中的谈判能力，在提高农民市场参与能力方面具有非常重要的作用。与之同时，入社农民通过合作组织的保护价收购、优惠让利、二次返利、按股分红以及兴办适合市场需求的项目，往往可以获得更多利益。在科技信息服务、标准化生产、品牌建设等方面，农民合作经济组织往往具有不可替代的重要性。正因为如此，改革开放以来，我国一直鼓励和支持合作社的发展。
《当前农村经济政策的若干问题》（中发〔1983〕1号）一方面鲜明地肯定了以农户或小组为承包单位实行联产承包责任制在坚持土地等基本生产资料公有制和某些统一经营职能前提下扩大了农民自主权，发挥了小规模经营的长处和克服了管理过分集中、劳动“大呼隆”和平均主义弊病，另一方面也明确指出，分户承包的家庭经营只不过是合作经济中一个经营层次，经济联合是商品生产发展的必然要求，也是建设社会主义现代化农业的必由之路。为走出一条自然而然地毫不勉强地把众多分散生产者联结起来之路，这个文件突破了能否实行资金联合、能否有单位个人生产资料所有权、能否在生产以外的环节实行联合、能否跨地域联合等方面的教条式限制，提出只要遵守劳动者之间自愿互利原则，接受国家的计划指导，有民主管理制度，有公共提留，积累归集体所有，实行按劳分配，或以按劳分配为主，同时有一定比例的股金分红，就都属于社会主义性质的合作经济。在不同地区、生产类别和经济条件下，合作经济在生产资料公有化程度、按劳分配方式以及合作的内容和形式等方面可以各有不同。《中共中央关于一九八四年农村工作的通知》（中发〔1984〕1号）要求，一般应设置以土地公有为基础的地区性合作经济组织，农民还可不受地区限制，自愿参加或组成不同形式、不同规模的各种专业合作经济组织。《中共中央、国务院关于进一步活跃农村经济的十项政策》（中发〔1985〕1号）提出，要按照自愿互利原则和商品经济要求，积极发展和完善农村合作制。当时的合作社，主要是社区性、综合性合作，实质上多以村（大队或联队）、组（生产队）为范围设置，与村民委员会并没有真正分开，职能也主要以公共管理和服务为主，具有明显的内向性。对农村地区而言，这一组织系统显然不可或缺，但发展农村经济的职责则需要由外向性经济组织来承担了，《中共中央、国务院关于一九八六年农村工作的部署》（中发〔1986〕1号）在这一问题上实现了新的理论认识突破，提出农村商品生产发展要求生产服务社会化，将发展专业性合作经济组织作为一大专门任务提了出来。《把农村改革引向深入》（中发〔1987〕5号）提出，引导农民走合作经济道路，是我党坚定不移的方针。对包括专业合作社或协会在内的农民联合购销组织，各有关部门均应给予热情支持和帮助。针对合作经济发展过程的复杂性和艰巨性，该文件提出：合作经济的组合，要求平衡多方面利益并形成共同遵守的契约关系，需要有一定的发展过程，很难在短时期内覆盖一切地方和一切领域。诚如该文件所论断，我国真正意义上的合作经济组织的大发展，果然过了二十年之后才真正打开局面。
进入20世纪90年代，我国迈出了探索专业合作经济组织发展的步伐。《中共中央、国务院关于1991年农业和农村工作的通知》（国发〔1991〕59号）将农业专业技术协会、专业合作社作为农业社会化服务的形式之一，要求“各级政府对农民自办、联办服务组织要积极支持，保护他们的合法权益，同时要加强管理，引导他们健康发展”。《中共中央、国务院关于当前农业和农村经济发展的若干政策措施》（中发〔1993〕11号）指出，要“建立比较完备的农业社会化服务体系，……要逐步形成社区集体经济组织、国家经济技术部门、各种民办专业技术协会（研究会）等组织相结合的服务网络”。此后，农业部确定陕西、山西为借鉴日本农协经验的试点省，安徽为农民专业协会示范章程的试点省。在世界银行的指导下，黑龙江、四川等省还结合农业支持项目，开展了农民专业协会或农民合作组织的试点工作。1993年，中国科协开展了“百县千会”试点工作，在全国范围内重点扶持引导1000个农村专业技术协会开展典型示范。1994年，农业部和中国科协联合下发了《关于加强对农民专业技术协会指导和扶持工作的通知》。1997年财政部财商字〔1997〕156号文件规定，“专业合作社销售农业产品，应当免征增值税”。《中共中央、国务院关于1998年农业和农村工作的意见》（中发〔1998〕2号）提出了发展多种形式联合与合作的要求，指出农民自主建立的各种专业合作社、专业协会以及其他形式的合作与联合组织，多数是以农民的劳动联合和资本联合为主的集体经济，要加大鼓励和大力支持。姑且不论合作经济与集体经济在性质上是否有差别，有什么样的差别，但这个文件将农民的合作与联合行为归为“集体经济”，对形成利于合作社发展的政治氛围、舆论氛围具有重要作用。1998年10月，党的十五届三中全会通过的《中共中央关于农业和农村工作若干重大问题的决定》明确提出：“农民采取多种多样的股份合作制形式兴办经济实体，是改革中的新事物，要积极扶持，正确引导，逐步完善。以农民的劳动联合和农民的资本联合为主的集体经济，更应鼓励发展。”总体来看，在20世纪90年代，我国迈出了探索合作社发展路径的重要步伐，中央的态度相当开明，政策导向也相当明确，为合作社在新世纪形成突破性发展局面奠定了社会基础、制度基础。
围绕着11个优势农产品区域、35个主导产品以及名特优产品产业带的开发建设，农业部从2002年开始在全国选择100个专业合作组织进行试点，并在浙江省以及6个地市开展综合试点探索。2003年，中国科协组织开展了“全国百强农技协”创建活动。2003年，财政部专门下拨了2000万元，开启了财政扶持农民专业合作社建设的制度。
从2004年开始，中央每年发出的一号文件都根据农民发展合作社需要解决的问题有针对性地出台政策。党的十七届三中全会通过的《中共中央关于推进农村改革发展若干重大问题的决定》在明确要求家庭经营要向采用先进科技和生产手段的方向转变的基础上，鲜明提出了统一经营要向发展农户联合与合作的要求。着眼支持引导发展、规范组织和行为、保护合法权益、促进农业农村经济发展，2006年10月31日第十届全国人大常委会通过的《农民专业合作社法》从设立和登记，成员，组织机构，财务管理，合并、分立、解散和清算，扶持政策，法律责任等方面进行了规定。到目前为止，国家先后出台了涵盖注册、财政支持、清理收费、税务登记、贴息、开展资金互助、示范社建设、人员培训、发展加工、设施补助、直供直销等方面的系列扶持措施，初步构建了农民合作社发展的制度框架（表14-1）。
表14-1 2004～2015年中央文件中扶持农民联合与合作的主要政策
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