五脏辨证是钱乙《小儿药证直诀》的核心内容。从其学术渊源看，钱乙精通古代哲学中的五行学说，并以《黄帝内经》、《难经》中的脏腑理论和病机为依据，以张仲景《伤寒杂病论》脏腑辨证的精神为指导，吸收了《中藏经》和《千金要方》等书中脏腑虚实寒热辨证的内容，又结合自己丰富的临床实践，首先提出了儿科的五脏辨证纲领和治疗基本法则，为儿科正式成为一门独立的学科奠定了基础。
一、五脏主病
在《小儿药证直诀》中，钱乙用“五脏所主”和“五脏病”概括了五脏辨证的大纲，具体如下：
1.五脏所主 “心主惊。实则叫哭发热，饮水而摇（一作搐）；虚则卧而悸动不安。肝主风。实则目直，大叫，呵欠，项急，顿闷；虚则咬牙，多欠气。热则外生气；湿则内生气。脾主困。实则困睡，身热，饮水；虚则吐泻，生风。肺主喘。实则闷乱喘促，有饮水者，有不饮水者；虚则哽气，长出气。肾主虚，无实也。惟疮疹，肾实则变黑陷。”
2.五脏病 “肝病，哭叫，目直，呵欠，顿闷，项急。心病，多叫哭，惊悸，手足动摇，发热饮水。脾病，困睡，泄泻，不思饮食。肺病，闷乱哽气，长出气，气短喘息。肾病，无精光，畏明，体骨重。”
这个辨证大纲，以五脏和虚实互为经纬，将“风、惊、困、喘、虚”归纳为肝、心、脾、肺、肾五脏的主要病变特点，又将小儿的常见证候分门别类，形成了临床辨证的原则，有很强的指导意义。
（1）肝主风：肝在五行中属木，在季节中属春，在体主筋，在声主呼，开窍于目。它的生理功能就像春天的树木一样，具有生长升发、生机勃勃的特性。其病理主风、主动，一切变动不宁的症状都与肝有关。小儿真阴不足，若受外邪，易引动内风，易化热伤阴，而发作抽搐、惊风等证，因此钱乙用“风”来概括肝的病理特性。小儿肝实证为肝郁不畅，气机不利，经脉流行受阻，或郁而化火，可见两眼发直、哭喊大叫、呵欠频作、颈项强直、胸闷气阻等症；肝虚证多为肝阴不足，筋脉失于濡养，故见咬牙或牙关紧闭，多叹气等症。
（2）心主惊：心在五行中属火，在季节中属夏，主人体的血脉和神志。小儿神气怯弱，容易受外界刺激，引发惊悸，因此钱乙用“惊”来概括心的病理特点。心的病证寒热虚实皆可出现。实证包括心火、痰热、气滞、血瘀等，在小儿热证更为多见，故出现哭叫、发热、惊搐、口渴欲饮水等症；心虚证包括气、血、阴、阳的虚损，无论阳气还是阴血不足皆可出现心悸的症状。
（3）脾主困：脾在五行中属土，在季节中属于潮湿的长夏。其坐镇中焦，主运化水谷，主四肢肌肉。由于其性喜燥恶湿，病理状态便是湿邪困扰。因此钱乙用“困”来概括脾的病理特点。小儿运化功能尚未完善，感受外邪或饮食不节，皆可诱发脾的疾病。脾的实证多为湿、食内阻，导致清阳不能上升头目，可兼有化热，故见困倦、喜睡、不欲饮食、发热欲饮水等症；脾的虚证多为脾阳不足，寒湿内阻，运化功能减弱，见呕吐、泄泻、不欲饮食，严重者可导致慢惊风。
（4）肺主喘：肺在五行中属金，在季节中属秋，在体主皮毛，开窍于鼻，生理功能主气、司呼吸。小儿肺气娇嫩、肌肤不密，外邪容易从体表、口鼻内侵入肺，影响人体的呼吸功能，而发作咳喘。因此钱乙用“喘”来概括肺的病理特性。肺的实证为肺气郁闭不通，可见胸闷、喘急、呼吸不畅或没有规律，化热则口渴欲饮水，未化热则口不渴；肺的虚证为肺气不足，症见呼吸短促不畅、伴有长出气。
（5）肾主虚：肾在五行中属水，在季节中属冬，在体主骨生髓。生理功能主藏精、主生殖、主水液的代谢。肾为小儿先天之本，内藏真阴真阳，体现了先天的体质禀赋，以封藏不泻为正常。一旦出现虚证，即为病态，因此钱乙用“虚”来概括肾的病理特点。临床上肾的病证绝大多数是虚证，小儿如果出现双目无神、瞳仁白多黑少、怕光、身体沉重、发育迟缓、囟门迟闭等症状，皆属肾虚。除疮疹黑陷一症，钱乙认为是热毒内陷，属于肾实，但由于肾易虚的特点，治疗仍不可泻肾，只能泻其对应的腑，即膀胱，来祛除实邪。
二、病分五脏
除五脏的辨证纲领外，钱乙将小儿临床常见病证根据发作特点归纳到五脏这个大系统之中，并充分考虑到五脏之间的联系性，用五行生克理论指导治疗、判断预后。如：
（1）发搐：早晨潮热发搐属于肝旺，治疗应补肾阴、泻肝热；中午潮热发搐属于心旺，治疗应补肝肾之阴、泻心火；傍晚潮热发搐属于肺旺，治疗应补脾、泻心肝之火；夜间潮热发搐属于脾虚心实，当补脾、泻心火。
（2）疮疹：水疱属肝，脓疱属肺，斑属心，疹属脾，黑陷属肾。春季出现脓疱为逆证，因为春季本为肝所主，却出现肺的病证，肺金能克肝木，说明病情较重。由此类推，夏季出现黑陷、秋季出现斑、冬季出现疹，均是克己的逆证，即预后不良的征象。
（3）伤风：本证应当根据情况用发散法或攻下法。如兼有手足冷、自利或腹胀，属于脾虚；兼有惊悸，属于心虚；兼有闷乱、喘息、哽气、长出气、咳嗽，属于肺虚；兼有怕光，属于肾虚。治疗应贯彻五行相生的原则，采用“虚则补其母”的方法。
（4）新生儿吐泻：本证为上实下虚，治疗以健脾益气为主。如兼肺病，见睡眠露睛、气喘；兼心病，见惊悸、口渴欲饮水；兼脾病，见困倦、嗜睡；兼肝病，见哈欠、顿闷；兼肾病，见不语、怕光。治疗原则以补脾为主，见兼脏的实证则采用“实则泻其子”的原则。
（5）疳（慢性消化不良及营养失调）：钱乙认为疳证总体上属脾胃虚弱、津液受损所致。根据主症又分为：肝疳，白膜遮睛，当补肝，地黄丸主之；心疳，面黄颊赤，身壮热，当补心，安神丸主之；脾疳，体黄腹大，食泥土，当补脾，益黄散主之；肾疳，极瘦，身有疮疥，当补肾，地黄丸主之；筋疳，泻血而瘦，当补肝，地黄丸主之；肺疳，气喘，口鼻生疮，当补脾肺，益黄散主之；骨疳，喜卧冷地，当补肾，地黄丸主之。治疗除补益本脏和母脏外，可配合治疳专方，寒证用木香丸，热证用胡黄连丸。
三、五脏相胜轻重
钱乙根据五脏所主季节和五行相生相克原理提出了五脏病在不同时令发生的轻重和预后。虽然不免流于机械，但对于今日仍有一定临床参考价值，可供参考。
（1）肝病见秋：木旺肝强，肝木胜肺。宜补肺泻肝。轻者肝病退，肺气盛；重者肺气更虚，见唇白，预后不良。
（2）肺病见春：金旺，肺胜肝。治当泻肺。轻者肺病退；重者肝气更虚，见目淡青，可由于肝阴不足诱发惊悸。如出现目赤，为肝阴不足，肝阳上亢，可能导致抽搐。
（3）心病见冬：火旺，心强胜肾。当补肾治心。轻者病退；重者抽搐、不语，为肾虚有热，心肾不交。
（4）肾病见夏：水胜火，肾胜心。当治肾。轻者病退；重者出现悸动、抽搐，为心虚之证。
（5）脾病见每季最后一月：亦根据以上原则治疗。出现己克之证为顺，易治；出现克己之证为逆，难治。脾虚明显见面色赤黄。如见五脏兼证，则随证治之。
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