（一）管理目的
首先要全面提高课题完成质量，其次要加强科技人员素质的培养。另外，还要在监督检查过程中，及时发现有取得重大科技成果的课题的苗头并予以重点关注。
（二）管理内容
（1）全面的质量管理，贯穿于课题的整个执行过程，乃至结题后的跟踪调查。
（2）课题组成员的调整、培训，课题经费的使用监督。
（3）课题执行的后勤保障，如仪器设备、实验动物等。
（三）管理过程
1．落实计划，实行课题责任制 研究课题一经上级部门批准，就应迅速组织实施。管理部门和课题负责人要按要求上报“计划任务书”或“合同书”，抓好科研进度及人员、器材、经费与时间的落实。在实施过程中实行课题负责人制，具体明确分工，严格责任制。课题负责人要认真做好课题组的组织、协调工作，合理安排课题进度与经费使用，以保证研究工作有条不紊地顺利开展。科研管理部门是课题完成的保证单位，应负责监督、检查课题履行情况及后勤保障，并协调解决课题执行过程中出现的各种问题与矛盾。
2．定期检查，监督调整
（1）制定完善的课题检查制度，坚持定期对课题的执行情况进行检查，及时掌握课题进展情况并发现问题和解决问题，这是保证科研计划顺利进行的有效手段。检查分自查、书面检查和管理部门现场检查三种。
（2）现场检查是课题检查中最为行之有效的方法，重点检查资助课题的计划实施、条件落实及经费使用情况，具体包括：①项目进展情况；②项目实施过程中，对原计划有无修改并说明原因；③当年经费使用情况及下一年度经费预算；④项目组人员落实情况；⑤项目实施过程中存在的主要问题。对项目实施过程中出现的问题，力争当场解决。不能当场解决的，由各单位管理人员与课题组讨论后定出相应的解决措施。
（3）科研管理部门根据检查结果，经过综合分析后，对课题进展良好，甚至有望取得重大突破的课题给予重点支持。对于课题进展差的要分析原因，如果是由于客观原因造成的，管理部门应尽量通过各种途径给予协调解决。如果是无故不完成计划的，除警告、调整课题组负责人之外，必要时可停止经费支持或撤销计划与合同，追查工作责任、经济责任，甚至法律责任。
3．认真做好年度报告 各类在研课题负责人每年要根据上级管理规定，认真填写年度进展报告或结题报告。承担科研管理部门单位在做好年度报告或结题报告的形式审查基础上，写出本单位年度管理工作报告。
（四）经费管理
各课题承担单位在课题经费到账后应及时将经费下拨到课题组。经费的使用原则上实行课题负责人制。科研经费的使用范围包括：科研业务费、实验材料费、仪器设备费、实验室改装费、协作费及管理费等，具体内容如下：
1．科研业务费 测试、计算、分析费；国内调研和学术会议费；业务资料费；论文印刷费、发表费，临时工工资等。
2．实验材料费 原材料、试剂、药品等消耗品购置费；实验动植物购置、种植、养殖费；标本、样品的采集加工费和包装运输费等。
3．仪器设备费 专用仪器设备购置、运输、安装费；自制专用仪器设备的材料、配件购置和加工费。但交通运输设备、声像录放设备、复制打印设备、冷藏空调设备及行政办公设备等费用不得列入开支。个别项目确需声像录放设备、冷藏空调设备，在申请项目时可列入经费预算内，根据项目评审批准结果，经单位领导与科研管理部门批准，按专控商品规定报批购买。
4．实验室改装费 为改善资助项目研究的实验条件，对实验室进行简易改装的费用，实验室扩建、土建、房屋维修费不得列入开支。
5．协作费 外单位协作承担资助项目研究实验工作的科研经费。
6．管理费 指课题承担单位在上级主管部门允许范围内按经费的一定比例提取的费用。主要用于项目组人员劳务酬金，项目申报费及管理部门在管理活动中的公用开支。
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