日本同样召开过讨论该如何看待对人类受精卵或生殖细胞进行基因组编辑的会议，也就是日本内阁府所召开的综合科学技术创新会议（Council for Science, Technology and Innovation, CSTI）中的生命伦理专门调查会。这次的专门调查会规范了日本该如何从规章准则的层面对基因组编辑进行把握。
其中最关键的一点在于，对受精卵或生殖细胞进行基因修饰，这在另一本尖端医疗指南中是被明确禁止的。《基因疗法临床研究指南》中的规定为：不得进行以人类生殖细胞的基因修饰为目的的基因疗法的临床研究，以及存在导致人类生殖细胞的基因发生改变的风险的基因疗法的临床研究。
如果把应用于人类的基因组编辑当作一种基因疗法，那么将接受过操作的受精卵或生殖细胞植入子宫，这种做法本就是被禁止的。即便如此，专门调查会还是以“中期报告”的形式公开发表了意见，在人类基因组编辑国际峰会的意见基础上，表现出了更为谨慎的立场。
对于基础研究，专门调查会遵循的是“某些情况下允许进行”原则。与人类基因组编辑国际峰会的“应该展开”相比，这种限制更多。并不是什么都能做，只有在经过充分调查，确定有必要的情况下才能做。对于临床应用，专门调查会在阐明了目前在技术方面仍存在问题的同时，亦提及了社会层面的考量。报告指出：“还应该考虑到，基因是来自人类祖先的宝贵遗产，比起因为在当今社会的生活有所不便就拒绝将其遗传给下一代，我们更应该做的，是创造出能坦然接受这些不便的社会。”因此他们不允许将这项技术应用于临床。另外，专门调查会还希望能通过公开这一讨论结果，进一步提高公众对这项技术的关注度，同时积极引导研究者社群从科学、伦理及社会的角度展开讨论。
希望在“改造人类的时代”到来之前，我们的社会能够完成一场成熟的讨论。
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