对个人账户基金管理引入信托制度，意味着会出现完全市场化的受托人，这些受托人对个人账户基金拥有相当大的投资决策权，从而导致管理风险加大。同时，在俱乐部产权制度中，对于人数众多的参保人而言，对受托人的监督和约束主要是通过申购和赎回机制实现的。但是，这种监督机制同样是一种公共品，不具有消费的排他性，很容易出现“搭便车”现象。在这种情况下，就需要在信托管理制度中把投资决策权和资产保管权进一步分离，从而形成受托人和托管人相互监督的治理结构，以保障参保人利益，这就是所谓的托管人独立机制。
托管人是安全保管个人账户基金的专业机构，主要负责个人账户基金的保管、资金清算、会计核算、财产估值、投资监督、内部控制等职责。“托管人独立机制”是指个人账户基金的托管人必须与受托人和投资管理人相互独立，不得相互兼任，也不得为利益关联方。托管人独立机制的重要性表现在以下几个方面:首先，托管人作为个人账户基金唯一的实际保管者，可以使得个人账户基金的保管权与受托人的投资决策权相互分离，形成真正意义上的相互制约的关系，任何一方的机会主义行为成本都会因此大大提高，从而可以有效保障参保人财产的安全和独立。其次，托管人作为个人账户基金的实际保管者，是受托人和投资管理人投资行为的第一监督者。可以在每日个人账户基金投资清算过程中及时发现受托人或投资管理人违反信托管理合同的行为，及时向监管机构和相关利益主体报告，从而可以控制委托他人理财可能引发的风险。再次，托管人多由经验丰富的专业机构担任，可以对个人账户基金产品进行经常性的会计核算和估值，以及时掌握资产状况，保障申购和赎回价格的公平，从而避免封闭式操作给信托资产带来的风险，保障参保人的利益。
由于托管人在个人账户基金风险控制中的重要地位，各国均对其实行严格的“市场准入”制度，并多由信誉较好的银行担任，我国四大国有银行和部分股份制银行都可以成为个人账户基金的托管人。同时，笔者认为，为强化监督机制，个人账户基金托管人的选择权不应交由受托人，否则在共同利益驱动下，两者存在“合谋”的可能。建议直接由监管机构选择托管人，但是这也会产生另一个层次的委托代理关系，也就是要强化监管机构的监管责任。具体而言，托管人的权限有:(1)接受监管机构委托，代为安全保管个人账户基金产品资产;(2)复核、审查受托人计算的个人账户基金产品净值及申购和赎回价格;(3)对受托人和投资管理人违反法律法规或契约协议，有损参保人的损害的赔偿请求权;(4)在一定条件下更换受托人的权利。这些权利使托管人可以对受托人和投资管理人进行有效的监督，提供更加准确的关于其努力程度的信息，从而降低个人账户基金信托管理制度的监督成本。
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