阿伽西指出，“科学是文化的一个内在组成部分”，“科学是最富合理性的理智活动，但不是唯一的一种理智活动。科学的独特性在于它系统地理解事物，并且对自身创造的成果保持坚忍不拔的批判态度。科学正是通过这种方式在人类文化中发挥多种多样的作用，它对人类文化做出的贡献值得人们对之进行特别研究”[20]。因此，偏执地寻求科学确定性或其他确定性的一切学说都是错误的，会妨碍科学的自由，不利于科学与文化总体的融合。
因此，阿伽西旗帜鲜明地反对科学主义。一方面，批判科学主义是一种传统的科学内在论观点，想当然地孤立看待科学，赋予科学以完美无缺、确定可靠的特质，把科学看作是文化中具有理智重要性的唯一部分，认为科学并且只有科学才具有合理性，而不去考虑科学的背景情境和与文化其他部分的相互影响，否认或者忽视文化的其他部分，但是这样做无论对文化总体还是对科学本身都具有深层次的危害。阿伽西肯定了科学主义在过去曾经推动了科学的发展和促进人们接受科学，但尖锐地指出：“科学主义寄生于科学，然而它有助于支持科学。它在传统社会让人心悦诚服，因为它有力地推动个体从迷信走向科学。但是死守科学主义就是无批判地接受当前的文化和现存科学社会的价值观念，让他们变成了家中的陌生人。”[21]阿伽西认为，科学主义貌似支持科学，实际上却非如此。因为科学主义主张科学的权威优先于个人的自治，实质上是一种独裁，科学主义因此是反科学的。因为它将科学看作是既定的事物，而不是茁壮发展的事业。另一方面，阿伽西批判了科学主义理论基础的脆弱性。他说科学主义是两个庸俗、危险、彼此不相容的科学观的结合——“它们就是理性信念与常规科学。理性信念理论认为，研究共同体所支持的理论是最理性的理论，因此对它们的信任不是建立在任何人的权威之上，而是建立在事实和理性的权威之上。常规科学理论或科学的范式理论把科学人描述为技术上高度能干、勤勉有加的专业研究员，遵守严格的强制纪律。他们相信他们的领导人要求他们相信的东西。但这两个理论是相互冲突的：一个把信念建立在合理性上，另一个把信念建立在领导人的权威之上”[22]。
阿伽西因而反对将科学与宗教、艺术等非科学对立或割裂的做法，认为科学是置身于各种具体情境、镶嵌于文化中的科学，在科学与其他文化之间没有分界线。科学不是人类文化中孤立的岛屿，科学与文化的其他部分发生着密切和持久的相互作用，而且文化的各个方面相互映射彼此的特征。科学极其有用，也极有趣味，它有助于我们反思许多原来被人们错误地不加批判地接受的事物。
阿伽西考察了科学在20世纪从“小科学”变成“大科学”、由与公共利益关系不大变成与公共利益密切相关的历史变迁，担忧我们自此拥有了毁灭人类的能力，却在实际上对于如何拯救人类安危和应当如何规避实际风险茫然无知，最后把自己的科学文化观落脚到人类对于“太空船地球”的责任上。阿伽西认为：“科学与文化相关联的最重要的方式是经由科学的基本公理。这个公理是，科学是一项公共事业，它对一切人敞开：它没有隐秘的部分。”[23]而科学的根本开放性正是建立在阿伽西所言的“人类的亲缘关系”之上。
阿伽西批判科学，反对科学崇拜，但又对科学持谨慎的乐观态度。他警示说虽然科学给人类社会带来了许多问题，但是我们可以披露科学的灾难，但不要对科学带有敌意，不要恐惧。科学虽然不能解决当代全球问题，但是通过鼓励个人自治、培育公众意识、加强公众讨论，有望有效传播最低限度的科学文化；通过运用科学史、社会科学等各种途径，打破科学与其他文化之间的隔离状态；通过建立拒绝科学主义、拒斥科学对理性具有垄断权的全新的科学教育，促进科学文化、大众民主和个人自治的结合，有助于形成一种全面综合的全球局势概观，从而促成一种民主的和科学的大众运动。[24]
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