1.经营决策者观念落后，服务水平不高。连锁经营流通体系是商流、物流、信息流综合的庞大管理系统，客观条件要求必须运用现代化管理方法协调系统内各方面的关系。而目前有些农业生产资料超市是因为原单位经营困难，重组改造形成的，经营者的思想观念落后，热衷于粗放型经营方式的现象突出。近几年我国农业产业化进程一步步加快，特色农作物带状轮廓已基本形成，农作物栽培技术日益专业化，对农资的技术服务提出了更高的要求，很多农业生产资料连锁超市的科技服务水平与中国不断发展的农业产业化难以融合。
2.连锁经营层次不高，连而不锁。只注重连锁经营的外在表现形式，挂牌的多，运作规范的少，赶时髦追风作秀的多，重视内部经营管理的少。组织形式的联合化和标准化是连锁经营的前提条件，只有对门店实行统一采购配送，统一经营管理，统一财务管理，统一质量标准，统一服务规范，才能体现连锁经营的优势。如果只有相同的店名、店貌，而没有标准化的商品和服务，那就是连而不锁，形似而神不似。在体现连锁经营重要特征的统一性上，许多企业重形式、轻内容，一些农业生产资料超市的门店中，多数是加盟店，直营店的比例较低。对比例较高的众多加盟店，只实行了“三统一”，即标志、配送和管理的三统一，缺乏“统一核算”这个核心，连锁经营只是徒有虚名，连锁超市的总店在很大程度上只起到批发站的作用。
3.资本结构单一，资源单一，布局不合理。在经营中，经营者受资产所属关系限制，对企业投资回报和企业创新考虑少，大多数企业缺乏雄厚的资金，难以实现快速发展的目的。在门店网点布局上有不足和不尽合理处，很多连锁店只是共享了供货资源，缺乏资本纽带，不能做到统一文化内涵、统一信息服务。由于农民居住地高度分散，各地用药习惯、种植结构、天气状况、农民生活水平不同，所以，会出现消费需求及价格的差异，而连锁的特征要求各分店实行统一，这样，总店客观上对分店的需求难以完全适合每个连锁店，容易顾此失彼、无所适从，在一定程度上造成总店与分店供给与需求上的矛盾。
4.规模不大，物流不畅。连锁经营以规模取胜，以商品价廉见长，门店越多，商品经营成本就越低，就越具有竞争力。而目前农资连锁超市网点规模不大，很多超市只有店不见网，分散经营，成本高，效益低，流量有限，根本无规模效益可言。很多连锁经营企业没有真正建立起与其经营相适应、保证其商品运转的配送中心，有的企业虽然建立了自己的配送中心，但存在配送效益低、配送品种少、价格高等问题，严重阻碍了连锁企业的正常发展。
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