如何管理R413项目，实施什么样的管理模式？中铁二局经历了一个探索的过程。
2003年7月2日，项目部进驻上海，开始前期施工筹划。这时，中铁二局对该项目采取的是项目分级管理中的第二种，即“委托管理项目”：中铁二局为项目合同的主体；由四公司对该项目进行全权管理，负责项目的组织实施。
2003年9月，中铁二局在对项目进行反复调研的基础上，认为该项目的施工组织存在以下客观情况：
一是“两个不熟悉”。（1）对菲迪克（FIDIC）施工合同条件的履约不熟悉。而业主代表——港铁，又是国际化经验丰富的地铁项目管理“老手”，必然要严格按菲迪克条款进行监管。（2）施工技术不熟悉。如前所述，R413项目所要碰到的施工技术难度是上海市已建成的地铁施工中前所未有的。业主、设计不熟悉，作为第一次进军上海地铁市场的中铁二局更是不熟悉。
二是“两大风险”，包括巨大的工期履约风险和巨额的前期资金垫支风险。
鉴于以上客观情况，2003年9月20日，中铁二局决定：R413项目改为“中铁二局直管项目”，由中铁二局直接组织实施，项目作为成本决算单位，项目的盈亏由中铁二局与四公司合理分劈。
与此同时，中铁二局任命副总经理兼总工程师林原出任项目经理，任命刘向阳出任项目常务副经理，组成新的项目领导班子，并对R413项目在工程质量、施工安全、人才培养、管理模式、经济效益和市场拓展等方面寄予了厚望，提出了极高的管理目标。
在认真解读国家建设部颁布的《建设工程项目管理规范》中对项目管理的定义：“组织运用系统的理论和方法，对建设工程项目进行的计划、组织、指挥、协调和控制等专业化活动”的基础上，新的领导班子明确提出，项目管理的本质就是“运作系统”。
根据R413项目面临的客观形势和项目的实际情况，项目部以全方位构建项目管理运作系统为目标，明确了项目管理的工作方针：“遵循合约条款，保里程碑工期；强化科技攻关，打造地铁队伍；在合作中创新，在竞争中拓展”。在前期施工筹备中坚持三个“同时抓”，即一边抓员工的菲迪克（FIDIC）施工合同条件培训，一边抓开工前的现场准备，一边抓项目部的管理机制和管理制度建设。
在群雄逐鹿的上海地铁大舞台，占领市场并扩大份额是项目班子始终思考的重大课题。经过一段时间的市场调研和实践论证，项目部进行了项目管理的第一次“运作”：创造性提出并实施“六化”施工管理理念，即把施工人员、技术、工艺、工序、质量、安全、环保、成本、管理视为一个集合体，在施工组织中坚持做到：施工生产工厂化、施工手段机械化、施工控制数据化、施工队伍专业化、施工管理规范化、施工环境园林化。
要使正确的思路贯穿于项目还需要一个过程。在前期准备阶段，为适应业主代表的管理模式，项目部把了解、熟悉和掌握《菲迪克（FIDIC）施工合同条件》与《R413合同文件》作为了重中之重。按照《R413合同文件》规范要求，项目正式开工前，必须编制完成《项目管理实施规划》，包括安全健康计划、环保管理计划、质量管理计划、进度管理计划、档案管理计划、治安管理计划等。在编写这些计划时，参编人员参阅了大量的文件资料，“自我感觉”非常良好，但文稿到了业主那里却被一次又一次地被否定，有的否定次数高达五次。这些计划编写了三个月还没有被通过。
原因何在？
在2003年10月的一次原因分析会上，常务副经理刘向阳一语道破：参编人员没有吃透合同条款，编写的计划没有全部涵盖合同的规范要求。
怎么办？
港铁对项目管理的核心原则就是：“一切按合同办！”
《R413合同文件》是项目管理的“宪法”，其计划也必须一切按合同办！
得其要领后，各类计划重新编写。为尽快理解、熟悉和掌握《菲迪克（FIDIC）施工合同条件》和《R413合同文件》，R413项目部举办了专门的培训班，将合同文件人手一册发至每一位管理人员，同时聘请权威专家对合同文件进行逐条逐款、逐字逐句的讲解。上至经理，下至见习生，所有参建员工必须无条件全程参与培训，历时两个多月。通过培训，项目部员工在逐渐掌握菲迪克条款、合同规范的同时，也逐渐适应了业主代表的管理，最终完成并通过了《项目管理实施规划》所涉及的各类计划的编制和审核。
得益于正确的管理思路，到2003年年底，R413项目取得了阶段性的胜利。从现场管理来看，项目部高标准地完成了驻地建设。项目驻地成为整个地铁九号线上一道亮丽的风景线。2003年11月18日，西岔道井连续墙开钻，标志着R413项目正线工程提前开工。从机制制度建设来看，项目部建立了“六部一室”的组织机构，即：合约部、工程部、物资部、机电部、作业部、财务部、办公室；制定了明细的《部门职责》和《岗位职责》，建立了针对性和操作性极强的项目部内部管理制度，包括47个《管理办法》、4个《管理细则》，涵盖了合同管理、分包管理、技术管理、物资机电管理、财务管理、党群工作等。从施工组织方案的编制来看，完成了《R413项目实施性施工组织规划》，包括安全健康、环保管理、质量管理、进度管理、档案管理、治安管理等6个《管理计划手册》，以及《盾构隧道推进筹划方案》《东西岔道井及出入段实施性施工组织方案》《整体测量控制方案》等，并全部通过有关单位和部门的审查。从科技攻关来看，针对项目施工的重难点，R413项目确立了两个大项十个子项的科技攻关课题。从资源储备来看，建立了分包队伍选择、物资供应和机电设备采购等管理名录、管理程序和应急预案，签定并完善了相关合同。同时，采取“走出去”和“请进来”的方式，组织员工系统学习了盾构设备的管理、操作、维修等知识、技能，为后期的盾构施工储备了管理人员和操作工人。
工程总公司副书记兼纪委书记高树堂同志在检查完工地后高兴地说：“进入R413工地，让人感到‘眼前一亮、耳目一新、为之一震’”。中国中铁上海分公司主任梁永兴同志在上海片区施工现场观摩会上指出：中铁二局R413项目管理具有三个显著特点：一是高起点的“六化”理念体现了大企业的大家风范；二是从细处入手，从小事做起的务实作风；三是制度创新，执法严明，勇于加压的创新精神。
2003年，R413项目被授予上海地铁九号线“先进集体”、市级文明工地。
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