基于生态系统的管理不同于传统的管理。基于生态系统的管理融入了可持续发展观念和生态系统管理方法，其管理政策更加注重生物多样性和环境保护，以实现经济、社会的可持续发展。其区别如表1-2所示。
表1-2 基于生态系统的管理与传统管理的比较
两种管理理念的主要区别与理论依据主要体现在以下方面。
1）管理方式不同
中共十八大报告提出，建设生态文明，是关系人民福祉、关乎民族未来的长远大计，必须树立尊重自然、顺应自然、保护自然的生态文明理念。生态文明建设的成效，主要取决于资源环境问题的系统解决。生态文明建设要求我们必须充分认识自然资源与经济社会的相互联系，在此基础上把对自然资源和生态环境的开发利用与人类经济社会的进步发展作为一个统一的整体系统加以考虑，最终实现人与自然的和谐发展。
目前各发达国家对于资源管理的主要经验表明：人们对于资源管理的认识主要是随着经济发展和社会进步而不断深化的。对资源的认识逐步从单纯向自然索取资源为主到发展相关资源产业，再到由于过度的资源开发导致生态问题日益突出，基于整体生态系统视角的可持续发展理论被提出并作为当前指导资源开发利用管理的基本理念。因此，可持续发展的理论就是要求以维护整个生态系统的健康稳定为前提，开展对自然资源的开发。不仅强调加强对于传统资源的管理，而且强调对于资源资产管理的重视，促进自然资源的全球配置。
随着可持续发展理论的提出，政府部门对于资源管理的综合化趋势愈发明显，管理的方式开始由数量管理向质量管理再到生态管理转变。主要表现为：管理的基础为各类资源的共性，管理的对象为可开发利用的自然资源整体，通过对不同种类自然资源的开发利用进行相互协调，形成资源开发利用的一体化综合运行机制，最终实现对不同自然资源的统一管理。具体到各国的自然资源管理实践中，各主要发达国家在将各类资源作为统一有机整体的基础上，通过从对整个生态系统的影响出发考虑各类资源的开发利用，不断推动各类资源实现生态上的耦合，强调不同种类资源开发利用的统一性和综合性，力求实现在更大尺度范围内保证资源开发利用的协调统一。在管理方式上，主要是采用市场调节为主，以自然资源管理的产权归属为基础，借助行政管理的结合和实物管理、价值管理的配套以及技术监督和经济监督相协调的管理模式。
2）资源利用方式不同
传统工业社会的生产模式是一种“资源—产品—污染物”单向流动的线性经济。随着经济的增长，资源瓶颈日益突出，经济系统需要从数量型增长转变到质量型发展。生态文明社会的生产模式是以资源合理利用、减少废弃物的排放为特征，在物质循环中最大限度地利用资源，是一种非线性的、循环的生产模式。因此，转变资源利用方式，是在生态系统管理理念下转变自然资源管理的重点所在。
首先，要坚持资源节约优先。节约资源是保护生态环境的根本之策。要坚持供需双向调节，以资源总量控制、倒逼资源开发利用方式的转变。其中，资源开发利用不仅要考虑技术经济条件的制约，而且要更加关注自然资源开发利用的连锁生态效应，追求适度资源开发承载力。
其次，要加强资源循环利用。当前，我国的资源循环利用还存在较大发展空间。要加强资源综合利用，不断提高资源保障程度，以对环境友好的方式利用自然资源，实现资源开发利用的生态化。
再次，要实施资源保障多元化战略。在立足国内的前提下，要充分利用“两种资源，两个市场”，积极参与全球矿产资源配置，拓展境外资源利用的空间和能力，同时加强矿产资源储备。
此外，还要加强技术创新。通过加强科技创新，提高资源利用的水平和效率，加强非常规资源的勘查与开发，如非常规油气资源（油页岩、煤层气、页岩气等），促进战略性新兴产业发展。
3）资源评价不同
在一定空间和区域内同时赋存有多种自然资源，在传统管理下对自然资源单一的或单方面的评价已不能满足当今社会的要求，要从更广的角度和尺度上对自然资源进行综合评价。按照生态系统管理的要求，对自然资源的评价体系应包括以下三个方面的内容。
一是对自然资源系统的评价。对自然资源系统进行评价，既有益于加深对区域发展基础的认识，更可为优先开发和利用自然资源的决策服务。自然资源系统评价的核心内容应包括：自然资源价值评估和自然资源核算体系；自然资源系统的适应性评价。
二是对自然资源开发的环境影响评价。自然资源开发环境评价，就是以实现资源可持续利用为目的，科学论证资源环境的承载力，确定资源开发的环境可行性和合理性。它可从局部性的或单一性的影响、区域性的影响、全球性的影响三个层面考虑。
三是对自然资源开发的关联评价。对资源开发作关联评价，就是要全面揭示资源开发可能造成的后果。自然资源开发的关联评价包含两个方面，即自然资源开发对其他某些资源的正面效应和负面效应，对其进行定性的或定量的评价。[38]
综合以上论述以及学界各种观点，可以看出生态系统管理概念的提出是科学家对全球规模的生态、环境和资源危机的一种响应。生态系统管理作为生态学、环境学和资源科学的复合领域，是涉及自然科学、人文科学和技术科学的新型交叉学科，不仅具有丰富的科学内涵，而且具有广阔的应用前景。在里约热内卢地球高峰会议上形成的21世纪议程中，明确指出自然资源的综合管理是维持生态系统和它们所提供的基本服务的关键。生态系统管理正是这种综合管理的体现。生态系统管理相对于传统的资源管理来讲首先是思维方式的转变，它提出了一体化管理的新框架，将人类作为其中的一个组成部分考虑进来，生态系统管理已经成为自然资源管理的一种新的综合途径。总结各种对生态系统管理的研究，可以发现生态系统管理本质就是维持自然资源与维持依赖于自然资源的社会经济系统之间的一种平衡。因此，所谓生态系统管理是在社会—经济—自然（生态）复合生态系统的视角下进行的管理活动，与传统的自然资源管理有着本质的区别。[39]
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