生态系统管理起源于传统的自然资源管理和利用领域，形成于20世纪90年代。它是指基于对生态系统组成、结构和功能过程的最佳理解，在一定的时空度范围内将人类价值和社会经济条件整合到生态系统经营中，以恢复或维持生态系统整体性和可持续性。生态系统管理要求收集被管理系统核心层次的生态学数据并监测生态系统的变化过程。生态系统管理的要素包括：有明确的管理目标，有确定的系统边界和单元，基于对生态系统的深刻理解，有适宜的尺度和等级结构，理解生态系统的不确定性，可适应性管理，强调部门与个人间的合作，把人类及其价值取向作为生态系统的一个成分等。生态系统管理的目标是实现生态系统的可持续性。[28]
Christensen（1996）等发表了一系列著作，奠定了生态系统规划的理论基础。其认为生态系统规划是建立在以下10条原则的基础上的：要整体趋近生态系统；要以尊重生态系统过程和相关景观整体因子的方式趋近生态系统；要尽可能多目标经营；要整合生态的、经济的和社会的各种诉求；要尊重相邻生态系统；要在空间（生境、景观和地区）和时间（短期、中期和长期）尺度上进行整合；要由所有利益相关者参与决策；要有一个适宜的实施监控系统；要预设根据在实施过程中获得的信息进行调整的适应机制；要遵循预防的原则。[29]
Pavlikakis等（2000）认为生态系统管理的主要原则包括四个方面：必须强调生态系统管理所涉及的相互协作；考虑生态系统管理所涉及区域内居民的特性、目标和行为的敏感性；必须允许和鼓励局部水平的多种利用和行为，以达到区域的长期管理；同时需要进行生态系统规划，以保持生态系统的生产能力和产出可用资源。而利用生物资源要对个人利用加以法律约束，必要时禁止个人利用；在规划、设计和决策过程中，需要收集关于区域的高质量的科学信息，以便对整个管理过程提供帮助。[30]
1996年6月在英国皇家霍洛威环境研究所（Royal Holloway Institute for Environmental Resear[31]h）召开的第一届Sibthorp研讨会上总结了生态系统管理的10项原则（其中①～⑤为指导性原则，⑥～⑩为操作性原则）c：① 管理目标是社会的选择；② 生态系统管理必须考虑人的因素；③ 生态系统必须在自然的分界内管理；④ 管理必须认识到变化是必然的；⑤ 生态系统管理必须在适当的尺度内进行，保护必须利用各级保护区；⑥ 生态系统管理需要从全球考虑，从局部着手；⑦ 生态系统管理必须维持或加强生态系统结构与功能；⑧ 决策者应当以合适的科学工具为指导；⑨ 生态系统管理必须谨慎行事；⑩ 多学科交叉的途径是必要的。[32]
综合国内外研究，总结出生态系统管理的主要原则：① 生态完整性原则；② 自然边界原则；③ 生物多样性原则；④ 生态系统的动态性原则；⑤ 人类是生态系统重要成分原则；⑥ 适应性管理和预防原则；⑦ 多部门协作原则、多学科交叉原则、循环利用原则、管理尺度原则等其他生态系统管理原则。生态系统管理方法论一般包括9个步骤：① 调查确定系统的主要问题；② 当地居民的认知和参与；③ 政策、法律和经济分析；④ 确认管理的目标和对象；⑤ 生态系统管理边界的确定，尤其是确定等级系统结构，以核心层次为主，适当考虑相邻层次内容；⑥ 制订管理计划，将社会经济数据和生态数据在一个适宜的模型中关联；⑦ 实施和调控；⑧ 评价、明确管理方案的缺陷和局限性；⑨ 制订矫正措施，通过反馈机制进一步促进适应性管理的进行。[33]
生态系统途径的管理，重视人类活动对生态系统的干扰以及生态系统为人类持续提供服务功能的能力。CBD于2000年制定的生态系统管理的5项行动指南进一步明确了EA（Ecosystem Approach，EA；是西方发达国家的生态学家提出的一个术语，可译为生态系统途径或生态系统方法等）的科学内涵和实施办法。① 关注生态系统的各种功能关系和过程。在生态系统管理的过程中，必须充分理解生态系统结构、功能以及系统各组分之间的重复作用，特别是生态系统恢复能力及生物多样性丧失和生境破碎化所造成的影响。② 促进利益共享。生态系统的生物多样性及其他组分的功能所产生的效益是人类生存环境的安全及其可持续性的基础。EA正是要确保这些功能效益得以恢复和维持，特别要保证能使承担生产和管理责任的部门或个人从中获益，并加强实施生态系统管理的基层单位的能力建设。③ 不断调整管理措施。生态系统的过程和功能是复杂的、多变的，其不确定性的程度随生态系统与社会结构的相互作用程度而增加。因此，制订生态系统管理的长期计划应考虑这些复杂性、多边性和人为因素所产生的影响以及各种意外情况，必须适时进行调整。通过对各种管理措施结果的监测和评估实现“边干边学”。④ 根据具体问题为生态系统管理选定适当的时空尺度，由基层单位承担管理任务。管理决策和行动首先应确定适当的层次。EA要求基层单位更直接地参与生态系统管理的决策和行动。基层单位的参与首先要得到适当的授权，使之既有机会承担责任，又有能力实施合理的管理行动，而且需要得到政策和法律方面的支持。⑤ 确保有关部门之间相互协作。按照EA理念，生态系统管理要求增加各部门之间在一系列层次上的信息交流和相互协作。这可以通过在政府内部建立部门之间的协调机构，或建立共享信息和经验的网络来实现（L[34]ffoley，2004）。a
对于CBD于2000年提出的EA的12条原则，Wiken于2002年将其归纳修改为9条原则：① 加强陆地、水域以及生物资源管理等机构和部门之间的合作与协调；② 寻求生态系统保护与生物资源可持续利用之间的适度平衡，以及在这些方面的公平和公正的利益共享；③ 确保生态系统的产品和服务功能的可持续供应；④ 生态系统管理活动应主要由具体实施管理措施的基层单位来完成；⑤ 管理决策应建立在有效利用有关信息的基础上（包括本地的知识和经验、传统的方法和创新措施，各个学科所提供的知识）；⑥ 生态系统管理必须考虑相关的经济价值、困难和机遇，包括消除降低生物多样性价值的市场因素；推广促进生物多样性保护及其可持续利用的措施；尽可能地在实施管理活动的范围内，用管理活动所带来的经济利益治理由此产生的种种环境问题；⑦ 生态系统管理应在管理目标相适应的时间和空间尺度上进行，但同时要考虑到该管理活动对附近地域或相邻生态系统的影响；⑧ 生态系统管理应设定长期目标，充分认识到每一个生态系统所持续的时间及其所产生的后果和影响；⑨ 充分认识生态系统的内在动力学特征及其不确定性，适时调整生态系统的管理对策和措施。[35]
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