一个新成立的孵化器本身就应该看成是一个新创企业，孵化器的总经理应该扮演的是创业者的角色。创业的核心是在不占有足够资源的情况下追求企业的发展的机会。追求企业的发展机会往往是高风险的，具有高度的不确定性和迅速的变化节奏。
绝大多数孵化器的发起人都是有相当长历史的政府部门、大学或者大型企业，这些发起人虽然在管理一个现有的大规模机构时经验颇丰，但是对从无到有创办企业却往往了解甚微，甚至一无所知。当这些发起人挑选的总经理只具有项目管理和房地产管理的经验时，问题就出现了。因为一个已有的项目管理和设施管理的技巧迥然不同于支持创业者所需的技能。
一个孵化器总经理应该具备的理想素质包括：
①创业者的个性特征，如旺盛的精力、毅力、追求成就感和卓越、从失误中学习的能力、充分的适应性和灵活性、自信心，在没有先例可循的情况下独立运作的能力。
②真正关心他人，具有正直的品格。
③具有和创业者打交道的经验、技巧和智慧，以及失败的经历（因为失败是成功之母，是创业的伴侣）。
④对创业者有充分的耐心和包容的能力。创业者往往是在试错中寻找成功的机会的，在山重水复之后豁然开朗的，而且创业者往往特立独行，不循常规。
⑤具备优秀的沟通、销售、谈判、决策和关系网络处理的技巧。
⑥是优秀的导师、智囊和顾问。
⑦具有激励和领导才能。
⑧具有支持企业发展的实际企业运作能力，如财务管理、班子组织、市场营销、产品开发和战略策划等方面的实际经验。
⑨能够管理孵化器的早期初创阶段，并使孵化器在财务上能够盈亏平衡。
⑩具有拓展孵化器的关系网络并加强整个社区内部联系的能力。
作为一个企业孵化器的总经理，最好还能具备以下一些工作经验。
1．学术经验
企业孵化器孵化的是高新技术中小企业，作为企业孵化器的总经理，必须具备一定的科技知识基础，了解有关先进技术的问题，以及具有大学和科研院所管理工作的经历，这样才能合理选择孵化项目和孵化企业，把握好孵化企业和企业孵化器的发展方向。
2．政府经验
企业孵化器内的企业一般都是处于初创期的小企业，实力较弱，依赖性强，需要外界特别是政府的有利支持。所以，孵化器的总经理应当了解政府运作程序和政府支持小企业发展的政策，从而能够为孵化企业创造一个良好的外部环境。
3．社团计划的经验
孵化器的总经理必须熟悉企业发展战略、策略以及计划的推进和分析，特别是要具有财政经验，这样才能从战略高度把握企业的发展趋势和发展方向，为企业及时提供相应的服务，加速企业的孵化。
虽然理想的孵化器总经理非常难找，但是总经理人选对孵化器的成功至为重要。总经理应该把所有的精力都集中在帮助房客的发展上，确保建立高效的职能部门保证提供房客需要的支持，用最少的资源达到孵化器的目标。孵化器的总经理应该能够清醒地意识到，孵化器的发展取决于管理新创企业的高风险和高度不确定性的能力。孵化器总经理必须面对成功地发展孵化器自身和房客双重的挑战，因为孵化器和房客是共生的关系。而且，孵化器的总经理要对不同行业的新创企业在其不同发展阶段的需求的特殊性具有敏感性，以帮助他们获取相应的资源。
当然，孵化器总经理也必须接受创业的现实：尽管孵化器的经营班子以及关系网络投入了大量的时间和精力，大多数新创企业能够成功地得到发展，但是一些新创企业的失败是不可避免的。新创企业的成功和失败只能是相对意义上的。成功的新创企业可能是迅速成长壮大的“超级明星”企业，也可以是规模相对稳定却利润丰厚的中小企业，以及能够提供就业机会但利润相对微薄的“夫妻老婆店”。如果孵化器帮助原先生存困难的新创企业保证了生存，使创业者得以有机会学习和增长创业管理的技能谋求将来的发展机会，也就是说使新创企业实现了自立，这应该也是孵化器的成功。孵化器的成功还可以体现在帮助创业者避免损失惨重的灾难性失败上，帮助创业者从失败中汲取经验教训以寻求东山再起的机会上。
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