由于中国士人热衷参加科举，科举制对中国士人的强大吸引力是19世纪在华传教士对中国士人进行传教的最大障碍。在1869年的传教士大会上，还讨论过“是否应鼓励中国的基督教徒参加获得科名的科举考试竞争”的问题。由于乡试和会试前后皆历时九天，参加科举不仅从时间上会与做礼拜相冲突，而且还会成为信仰基督教真义的障碍，因此传教士多不赞成中国的基督教徒参加科举考试[2]。
然而，在华传教士又深知中国的士人皆参加科举，要影响中国就不能不影响这些精英人士，一些传教士力图影响中国的士阶层而苦于无计可施。因此，后来许多省份的传教士都采取在乡试出场时向应举者分发《圣经》等读物[3]，以期在此关键场域对全省儒士做出广宣流布的有效影响。
在清末批判科举的浪潮中，一些传教士也推波助澜，发出改革科举的呼声，其中有的是出于对中国的好意，有的则动机可疑。例如，过去批判科举制的论者常常举出清末将八股与鸦片、缠足一起列为中国的三大祸害或三大恶俗的例子，在日本至今还存在着将科举与宦官、缠足嘲讽为中国古代三大“奇习”的说法。但并没有人认真考证此说的由来。
因为研究科举对西方文官考试制度的影响，我偶然发现了一些珍贵的史料。1895年，有位叫做Fryer的西方人曾将鸦片、缠足和科举考试列为中国的“三大祸害”，并以此作为主题在中国出版的英文刊物《中国文库》上进行有奖征文，奖金8～50美元不等。结果到1895年9月18日的截止日期，收到了150篇的应征文章[4]。我现在还没找出“三大祸害”说的最早出处，按一般中国人的流行说法，三大祸害之一是八股文而非科举制，但传教士的征文要求却明确说是“科举考试制度”（literary exam ination system）[5]，而不是说八股文（eight-legged essay）。中国人批判科举不足为奇，一个西方传教士那么热衷于宣传科举制的恶行，出发点似乎与中国士人不太一样。由此看来，关于清末对科举的批判，将科举（应该是八股）与鸦片、缠足相提并论的问题，还应该仔细加以辨析[6]。
科举制废止之后，维系儒学的制度支撑不复存在，随之而来的礼崩乐坏，使传教士获得了前所未有的自由和空间，因此对废科举一事，最高兴的可能是当时一些西方在华传教士。因为科举制是儒学得以盛行的制度支撑，一旦科举制被废止，儒学的根基就产生动摇，基督教和天主教便可以在中国真正畅行无阻了。
在清末西方来华传教士中，既有对科举称赞有加、力主本国政府仿效中国科举实行考试选官者，也有人对科举制进行激烈批评或提出改革建议者。这些来华西人的观点曾部分影响到清末算学科举和经济特科的设立，也在一定程度上影响到科举制的废止。来华西方传教士先是看到科举制度的公平竞争的优越性，后来也看到科举考试内容空疏无用的弊端。尤其是到19世纪末，八股科举学非所用的弊病日益突出，于是许多传教士提出了改革科举的建议。1882年8月，美国传教士林乐知在《万国公报》第704卷上发表《中国专尚举业论》一文，批评分析了科举取士的弊端，指出“天下智能才艺之士一一束缚于举业、制业、试律之中，而不知变计之为，可惜也”。他认为当时科举考试的内容空疏无用，“所举非所用，所用非所举”，专尚举业有害而无利，林乐知还建议设立机构，仿照西方之法学习科学技术。他自称“余西士也，本不欲妄参末议，为越俎之谋。特居中国久，不无杞人之忧。因西学为当务之急”。传教士狄考文认为科举考试有不能辨真假、不能断舞弊、启人干禄心、不暇及他学等弊端，并得出“考试之典，利少而弊多”，应该变革的结论[7]。
至于说要如何变革科举，一般西方传教士开始多主张复古，采用唐代科举多设科目的办法，或参照古代乡举里选的办法。更多的是建议在科举考试中引入西方科学。例如从1865年起担任京师同文馆英文教习，1869年起任总教习（校长）前后达31年之久的丁韪良是一位典型的西儒，曾翻译引进了许多西方著作，他主持的同文馆成为清末算学科举的评卷处和及第者的归宿，是算学科举的创意出发点和实际落脚点。他还再三向清朝内阁各大臣建议改革科举考试内容，力陈科举采用科学的必要[8]。
此外，还有许多西方传教士提出各种改革科举的动议，不再详论。在提议改革科举的同时，传教士创办的教会学校传授西学，对中国传统科举教育也形成了冲击和挑战，加速了科举制的解体。清末康有为、梁启超等人改革科举兴办学堂的建议和构想，曾明显受到过西方传教士改革科举言论的影响[9]。
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