唐君毅认为，古今中西的真正哲人所创立的各种相反相异的学说可以融会贯通，以成哲学教化之流行。这是宇宙天地间最深的秘密，而他本人就是这一秘密的发现者。甚至可以说，消解种种相反相异之义理之间的冲突和矛盾，就成了他的学问研究的任务和方向。他平生所向往的，就在于通过这样的研究来使各种学说在心本体的层面上得到定位和矛盾的消解，最后达到无滞无碍的圆融无执的形上境界。在《人文精神之重建》中，唐君毅阐论了他理想的人文世界：“我们理想的世界，不是无异之人与人同之世界，而是有异而兼容，相感，相通，以见至一之世界。异而相感相通之谓和。所以我们不名我们之理想世界为大同之世界，而名之为太和之世界。”[11]唐君毅的这段话，典型地体现了其道德形上学的融合中西之道。至于融通的依据，唐君毅曾这样写道：“吾人之心思，原有此不同之方向之运用，足以分别与种种不同之义理相契合。夫然，亦唯有人之善自旋转其心思之运用之方向，如天枢之自运于穆者，方能实见彼一一义理之各显于一一方向深度之运用之前，以成得其位，如日月星辰之在天，亦方能实见得一切真实不虚之义理，其宛然之冲突矛盾皆只是宛然而暂有，无不可终归于消解，以交光互映而并放一义理世界中。”[12]唐君毅以为，在人类历史上，曾产生过各种学派、思潮，它们彼此不同，有的甚至对立冲突。这种冲突和对立是由于人心表现深度和方向的不同所导致。因为，如果人们的视界仅局限于某一种深度和方向，而不能善会他人的深度和方向，就难免要产生矛盾和冲突。因而，在他看来，不同思想体系之间的矛盾和冲突，只是由于人们主观的局限性所致，由此可知，只要克服其局限性，就能彼此融会贯通。
正是基于上述认识，唐君毅在建构道德形上学体系时，在广泛吸收西方科学、逻辑学和知识论的基础上，重点关注尤其是巴特莱、休谟、康德、黑格尔等人的良心理论，并在基本理路、基本精神上深受黑格尔哲学的影响，从而实现了“对东方与西方空前全面的综合”。[13]他的这个庞大的道德形上学体系，以黑格尔精神现象学为理论基础，博采中西各派哲学之长，在儒家心性本体论的基础上扩张出宗教、哲学、政治、道德、历史、文学、艺术等人文精神的各个方面，创造出心通九境的精神现象学。其理论结晶就是他晚年出版的《生命存在与心灵境界》。该书要旨即在，从生命三向出发，依照生命心灵自身的活动韵律节奏，提出了“心灵九境”，将理性认知融于生命与心灵的升扬过程，通过对生命与心灵多层次的境界升进的解释，展现生命与心灵本身丰富的内涵与功能。就其“心灵九境”理论对黑格尔哲学基本精神和方法论的借鉴与运用而言，主要表现在以下两个方面：
首先，依照黑格尔哲学的三段式，根据心灵向外观照、自我反省和超越追求三个活动方面所观的不同体、相、用形成的不同境界，而建立了一个庞大的精神哲学体系。黑格尔以主观精神、客观精神、绝对精神正—反—合三段式的发展，展开了一幅绝对精神自我运动、自我认识的哲学画卷。唐君毅则以客观境界、主观境界和超主观境界连环相生，展现了一个人之生命与心灵次第上升、不断自我超越的历程。在黑格尔那里，绝对精神的每一期发展的第三阶段，都是前两个阶段的扬弃。在唐君毅这里，每一类境界的第三种境界也都是前两种境界的综合。
其次，唐君毅吸收黑格尔哲学的智慧，广泛地包含了中国、西方和印度历史上的自然科学、心理学、哲学、美学、伦理学和宗教等等知识体系，将这些知识体系分别作为表现人类心灵不同层次的精神产品，纳入到一个绝对体系当中。这与黑格尔将以往一切知识体系纳入其精神哲学的架构，作为绝对精神实现自身的一个逻辑环节，显然有异曲同工之妙。
尽管唐君毅在建构其形上学体系过程中受黑格尔哲学的影响是不争的事实；但是，我们也不应过于夸大这种影响。就其实际情况而言，这种影响主要是形式方面的，在内容方面，唐君毅与黑格尔则是大异其趣，对此，李维武先生曾有过具体的分析。[14]就其大端而言，主要表现在各自思想体系的出发点和体系的展开上的差异。从出发点来看，黑格尔体系的最原初的范畴是“纯有”，即纯粹的无规定性和空[15]。而唐君毅“心通九境”的形上学体系的最初境界是“万物散殊境”，是具体的、有自身规定性的个体物。这种差异，在唐君毅这里，是十分自觉的。唐君毅认为，黑格尔从“纯有”开始而引导出其体系的一切范畴，固然能使人由繁至简，开拓思想，但这思想的流行毕竟不是出自生命心灵的自身。要讲“心”对“境”的开辟、建构、创造，应当从实实在在的个体讲起。从其体系的展开来看，黑格尔体系是绝对精神自我运动、自我展开的结果。这种“绝对精神”从本质上讲是一种理性精神，是一种具有能动创造性作用的理性主体。唐君毅体系则是“心”开辟、建构、创造“境”的结果。这种“心”不是一种纯粹的理性精神，而是与“生命”、“存在”结合在一起的主体意识，首先是一种生命的创造力。它包含理性、道德，但又远不止理性、道德，而首先表现为人的生命活动。
从整体上看，唐君毅对中西文化的融通进行了相当深入的研究，并写过大量的文章和著述。归纳他这方面的思想，主要有这样几个方面：
第一，以人文精神概念为核心，对中西方文化进行比较，从中发现其差异。唐君毅认为，每种文化都有各自的人文精神。西方文化的精神包括：文化的分殊发展、超越精神、个体性之自由之尊重，与理智的理性之客观化四种精神，[16]在他看来，这四种精神实际体现了西方文化精神的两个层面，即“贯于希腊文化、罗马文化与中世纪文化之精神，是一种逐渐去追求，向往超越现实之普遍性者之拔孚流俗的精神”以及“贯于西方近代文化者，是一种求扩张生命力量于时空之现实世界，并实现普遍者于时空中现实事物，以改造俗世，而不惜精神之物化之精神”。这两种精神代表了科学的传统和宗教的传统。这也就是“任持客观超越理想之精神”的两种表现，它们分别用以成就了西方道德宗教和科学认知精神。而相对于西方文化的这种特点，中国文化亦有自身的精神价值。中国文化精神的特点主要包括：天人合一、内在超越的实践理性精神、道统意识。他认为，中国文化是“自觉地求实现的，而非自觉地求表现的”。与此相反，西方文化则是“自觉地求表现的，而未能真正成为自觉地求实现的”。所谓“自觉地求实现的”，其内在含义是指“精神理想，先全自觉为内在，而自觉的依精神之主宰自然生命力，以实现之于现实生活各个方面，以成文化，并转而直接以文化滋养吾人之精神生命、自然生命”。在另一方面，“自觉地求表现的”指的则是“精神先冒出一超越的理想，以为精神之表现，再另表现一企慕追求理想，求有所贡献于理想之精神活动，以将自己之自然生命力，耗竭于此精神理想前，以成就一精神之光荣，与客观人之世界之展开，而不直接以文化滋养吾人之精神生命、自然生命”。[17]
第二，认为中西文化精神都是植根于人超越的本心，是本心显发的两种势用。他分别用“圆而神”、“方以智”来表示。“圆而神”代表中国文化精神，“方以智”代表西方文化精神。他们是有执与无执、主观进路与客观进路的区别。“圆而神”作为一种无执的精神，体现了纯粹本体（本心）之生生精神，但却不等同于本体自身。而“方以智”虽为有执，无以观体，却非是离体而外在的，它也是植根于本体的，是本体的显发。从这里可以进一步看到，在唐君毅的心目中，体并不等于中国文化。因而，他对中西文化的比较已大致显现出摆脱了体用之争的端倪，中西文化的问题并不再是抽象的体用问题，而是本体两种势用，以及理想精神的主观进路与客观进路。
第三，中西文化比较的目的并不纯粹是一个理论问题，实际上是一个现实的抉择，即重建中国文化、重建中国人文精神的问题。因此，唐君毅提出了文化融通的方式——“纳圆于方”，即以中国文化之“圆而神”的精神来融摄西方文化的“方以智”精神。唐君毅并不讳言中国文化的缺失。他认为，中国文化的缺失在于没有从主观进路中开出客观进路。中国文化中科学与民主精神的缺少盖源于此。在中国文化精神中，缺乏一金字塔和十字架，将此精神撑开，这样精神就不免收敛和萎缩以至于无。而要撑开中国文化之伞，就需要接受西方文化之长，即需要“方以智”的精神。这样一种文化重建的方式，在他看来，就是“依于肯定客观超越理想之精神，伸引吾国固有文化中相同之绪，以全套而取之”。因而，这样的引进、吸收西方文化，在实质上就是“完成中国文化自身当有之发展，实现中国文化之理念之所涵之事”。[18]
综观上述唐君毅融通中西文化所作的努力，我们看到，他从人的本心本性出发比较中西文化，通过本体直透整体，既体现了整体性原则，又凸显了文化的主体性以及文化主体的创造性。它提示我们，中国文化有着前后相继的一以贯之的思想传统，在未来文化的建设中，不能割裂传统，进行无本的创造，必须弘扬中国传统文化的根本精神。同时，要立足中国文化的本根，超越“全盘西化”论，使中西文化融通共进，这样才能开创新的文化。进而，我们看到，把宗教和科学纳入人文精神之内并整合科学与宗教，是他哲学的一个独特贡献。他一方面在人的主体性、人的自本自根性的层面指示了一个整全的人文观；另一方面又在精神层面指示了人的全面发展的途径，整合了人的理性与信仰。这为对治现代人的片面发展，消除在科技宰制下的人的危机，发掘人的超越精神并使之客观化为各种社会文化的客观精神，指示了可能的途径。唐君毅对“一切文化活动都是道德活动”的阐述，让人们清楚地认识到，道德理性具有永恒的对治人的物化、异化的价值，一切人类的各种活动，包括政治、经济、教育、文学、艺术以及宗教等，都离不开道德理性的指引和激励。
更进一步言，虽然寻根护本是唐君毅思想的基本特色；但是，这种寻根护本，非指为原教旨主义的独断与偏狭。相反，它是奠定在对中西文化深透的理解、剖析、把握之上所作出的一种自觉选择。因此，在他的著作中表现出来的对西方文化的深透分析远超当代大陆新儒家之上。尤其是在对中西方人文精神的看法上，唐君毅对人文主义的理解，立足掘发中国人文精神自身之意涵，并以此为标尺量度西方人文主义，打破了欧洲文化中心论，摆脱了西方话语霸权，不再以西学量度剪裁中学，体现出对民族文化应有之自尊与自信。
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