我国对于村镇银行安全性的监管，主要是通过主发起银行这一关键性制度来实现的，即由具有成熟业务能力的商业银行控股来保证村镇银行的专业性和稳定性。《村镇银行管理暂行规定》第25条对此作了详细规定：“村镇银行最大股东或唯一股东必须是银行业金融机构。最大银行业金融机构股东持股比例不得低于村镇银行股本总额的20%，单个自然人股东及关联方持股比例不得超过村镇银行股本总额的10%，单一非银行金融机构或单一非金融机构企业法人及其关联方持股比例不得超过村镇银行股本总额的10%。”该项规定实际上保证了作为发起人或主要投资人的银行业金融机构成为村镇银行最大的股东，进而保证了它是村镇银行的主要决策者。银行业监管部门也将主银行作为其监管的关注点，主要体现为：第一，加大了主银行的责任。2007年5月银监会规定：“引导村镇银行与持股银行建立流动性风险管理支持机制，确保持股银行对村镇银行必要的流动性支持”，当村镇银行出现支付风险时，“要求村镇银行启动流动性风险管理支持机制，协助处置支付风险”。同时要督促村镇银行“借鉴持股银行内部控制要求，建立与其业务性质、规模及复杂程度相适应的内部控制制度”。“切实履行大股东职责”，“帮助村镇银行完善公司治理、健全内部控制，在信息科技、支付结算、风险管理、制度建设和人员培训等方面给予必要的支持和帮助”。2012年6月银监会提出要“强化主发起行的风险处置责任”，“加强对主发起行履行股东职责监管”，同时“确保村镇银行独立性”，“切实加强联动监管”，对村镇银行的风险进行及时有效处置。2012年7月银监会在《村镇银行风险处置办法》中，明确提出主发起行全面负责村镇银行风险处置工作。第二，引入了并表监管。并表监管通常运用在跨国银行监管和集团控股公司的监管中，在村镇银行监管中特别引入了并表监管原则，主要是基于村镇银行的控股股东和母公司是银行业金融机构，有必要在实施村镇银行法人监管上，从集团范围强化对控股银行及其村镇银行防范金融风险，并强化控股银行对村镇银行履行的义务。按照规定，对符合并表监管要求的，持股银行所在地的银行业监管机构负责对村镇银行实行并表监管。持股银行应按照非现场监管信息系统并表监管要求，向属地监管机构报送监管信息。负责并表监管的银行业监管机构要与村镇银行的属地监管机构建立每月对话机制，加强监管信息沟通，实施对持股银行有效监管。并表监管可以提高村镇银行控股股东的责任感，使监管者全面掌握监管信息，强化管理，有助于村镇银行规范健康地运行。
在村镇银行的起步阶段，主银行制有其积极的一面。一方面，发起银行为村镇银行的发展提供重要支撑。发起银行可以提供专业性的服务，帮助村镇银行培养合格的人才，输送成熟的技术和理念；也可以提供成本优势，将一些单一村镇银行做不了、做不好或不合成本的事情承担起来，实现相对的集约化。[11]另一方面，主银行制对于防范金融风险也具有积极意义。由于中国目前没有存款保险制度，发起银行为村镇银行的最终风险买单，从而防止村镇银行经营风险对金融系统的冲击。在承认主银行制积极一面的同时，也必须认识到其消极的一面，具体表现为：首先，极少数发起银行把村镇银行当成实施监管套利的一个工具。让村镇银行大规模购买母银行的信贷资产，为母银行的票据提供转贴现，违背小额、分散的放款原则，发放单笔上千万元的贷款。其次，由于村镇银行资本主要来源于银行业金融机构，单个农民或农民企业仍难以成为主要股东，农民的金融自主权仍未充分体现。在主银行制下，发起行具备强大的资源支持和影响，村镇银行独立法人自主决策无法体现出来，分支机构管理式的倾向明显。在这种情况下，村镇银行就缺乏向所在社区投资的积极性。与此形成鲜明对比的是，美国的社区银行其股权资本主要来源于社区居民和中小企业，银行的股东和董事也都由当地居民或中小企业组成，这种产权结构和治理机制确保了社区银行依托社区并在社区中发展的市场定位。[12]
因此当前在坚持主银行制的前提下，要加大对新型农村金融机构控股股东的监管，防范关联交易风险。严禁村镇银行以各种形式承接主发起行和其他银行贷款。主发起银行要充分尊重村镇银行的独立法人地位，不得将其等同于分支机构来管理，更不能将其作为规避监管政策、实施监管套利的通道和载体。[13]从长期看，逐渐减少主发起行的持股比例，落实农民、农户或村镇企业对乡村金融机构产权占比的最大化，保证他们对自己投入资金的自主权和控制权，将有助于突出村镇银行在乡镇提供金融服务的社区性质。[14]
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