税负较重是中国企业尤其是民营中小企业发展中一个非常不利的因素。有专家估算，虽然按照税收收入占GDP的比重（小口径宏观税负率）和按照预算内政府收入占GDP的比重（中口径宏观税负率）来看，与全球其他发展中国家相比，我国的税负水平并不明显更重（根据国家税务总局的报告，1990～2005年发展中国家不含社会保障缴款的宏观税负水平为18.14%～19.33%，而2001～2006年我国小口径宏观税负水平分布在13.9%～16.5%之间，同期中口径宏观税负水平分布在14.9%～18.4%之间），但是，如果加上预算外的各种收入，按照政府总收入占GDP的比重（大口径宏观税负率）来衡量，则我国税负水平偏高便是一个不争的事实（2001～2006年分布在25.5%～30.6%之间）。考虑到我国近年来税收收入增长率大大高于GDP增长率的情形，从边际税负率来看，我国经济的宏观税负还要更重[24]。
由于缺乏政府预算外收入的数据，我们仅按照前两个口径来衡量无锡市企业的税负水平。从表4.3可以看出，最近5年来，无锡前两个口径计算的税负率都要比全国的平均水平高出1至4个百分点。按照小口径计算，无锡的税负水平与发展中国家的相当（2007年已经超出），如果按照中口径计算，则明显要高出发展中国家的税负水平。假如再加上预算外的收入来计算大口径的税负水平（全国的情况是大口径比中口径高10至12个百分点），显然，无锡市企业的税负会更加偏高。
通过计算边际税负率（即新增GDP中税负的比重），我们发现，2006年无锡市经济中边际税负率按照小口径和中口径计算分别高达22.40%和26.15%，这已经远远高于世界其他国家的水平。边际税负过高往往打击潜在的创业群体的创业意愿，从而扼杀创业活动。
表4.3 无锡市税负水平（亿元，%）
资料来源：《无锡统计年鉴》（各年）、无锡市国税局网站数据、无锡市地税局网站数据。
除了税负总水平偏高外，中国税负环境中的另一个问题是从产业构成看，第三产业的税负水平要高于第二产业。经济发展转型要求加快发展第三产业，理论上第三产业应享受更加优惠的税收政策。然而，根据不同时期不同专家的估算（按小口径估算），1996年中国第二产业的税负水平为11.02%，而第三产业为11.9%；到2002年，随着中国总的宏观税负水平的上升，两个产业的税负水平也分别提高到18.6%和18.76%，第三产业仍然更高。造成这一局面的主要原因在于在流转环节第二产业征收增值税，而第三产业征收营业税。由于增值税能够对部分进项税额进行抵扣（增值税改革之前，固定资产投资部分除外），而营业税除少部分行业外，都是按照营业额征收，从而导致了实际税负水平的偏高。
我们同样考察无锡市流转环节第二产业和第三产业的税负水平。2006年，无锡市第二产业（扣除建筑业并加上批发零售业）的增值税税率实际为8.98%，而第三产业（扣除了批发零售业和政府部门的增加值，加上建筑业的增加值）所交营业税占其增加值的比率实际为7.07%，流转环节第二产业的税负水平要比第三产业高出近2个百分点。这说明，无锡市服务业的税负比第二产业要略轻。[25]
除了税负偏高问题，中国的企业还面临税收征管机制不合理的问题。首先这个问题不利于中小企业、服务业和创新活动。对于中小企业发展不利的方面主要表现为对中小企业采用了歧视性征税方式。我国的企业中99%以上是中小企业，而中小企业中又是以税法中规定为小规模纳税人的企业为主。然而，根据税法的有关规定，小规模纳税人在缴纳增值税时实行简易征收办法，即直接对应税销售收入征收6%（工业企业）或4%（商业企业）的增值税。换言之，小规模纳税人的进项增值税不予抵扣。尽管6%或4%的征收率远远低于一般纳税人17%的征收率，但是，根据推算可知，对于属于工业企业的小规模纳税人而言，除非其毛利率达到35.5%，否则，6%的征收率所带来的负担实际要高于17%的征收率带给一般纳税人的负担。而对大部分中小企业而言，达到35.5%的毛利率显然有困难。2008年年底公布的增值税改革将小规模纳税人的征收率统一下调到3%，此举大大缓解了这部分企业的税收负担。
按照新的企业所得税法，对于年销售额500万元以下、财务核算不够健全的企业（实际上就是中小企业）实行所得税核定征收法。其具体计税方法为企业的销售收入乘以应税所得率再乘以25%的所得税率。核定征收法的关键是确定应税所得率，它实际上是对企业纯利润率的一种估算。如果该指标定得偏高，则会给企业带来过高的税收负担。表4.4是无锡市国税局公布的应税所得率。首先，从该表中可以看出，无锡市国税部门在确定应税所得率时是假定销售规模越大的企业其纯利润率越高，这样的规定对于企业扩大规模显然会产生负面的激励效应。其次，即便考察最低一档的应税所得率，除了4个行业的标准不到10%，其余行业多为10%，而娱乐业更是高达20%。在宏观经济形势良好时，这样的标准也许问题不是太大。但是当宏观经济形势逆转，许多中小企业不盈利或处于微利状态时，按照这种核定应税所得率进行的核定征收法便显得极不合理。
表4.4 无锡市核定征收企业所得税应税所得率执行标准一览表（%）
续 表
说明：1.其他行业中的计算机服务业、软件业、科技交流和推广服务业以及仓储业、居民服务业、文化艺术业、教育卫生业等暂按10%应税所得率标准执行。2.规模以上或者特定行业的企业不符合查账征收条件确需核定征收的，在总局规定的应税所得率范围内从高确定。
资料来源：无锡市国税局网站，http：//www.jswx-n-tax.gov.cn/bmzy/sanfj/ssgg/16665.shtml。
对于服务业发展极其不利的税收制度主要是原企业所得税法中的计税工资扣除制度。服务业属于劳动密集型行业，人力成本占据了企业成本的很大比重，知识密集型服务业企业尤其如此。然而，按照原来的税法规定，员工工资超过每人每月1 600元的部分除了要交个人所得税外，还要交企业所得税。2008年实施的新企业所得税法取消了计税工资扣除制度，这是对服务业发展障碍的一个重大突破。但是，新税法规定，企业的职工工资支出要参考同行业的“正常工资水平”，如果超出，则税务机构要进行纳税评估，一旦被认定为“非合理收入”，则仍然需要补交企业所得税。这样的规定实际上授予了税务部门一项“自由裁量权”，企业仍然面临着税负上的不确定性。其具体效果如何尚待观察。
不利于企业从事研发的一项税法规定是职工培训费用的税前列支规定。按照新企业所得税法的规定，职工教育经费支出不超过工资薪金总额的2.5%（原税法规定是按照计税工资总额的1.5%）部分准予扣除，超过部分可在以后纳税年度结转扣除。尽管相比于过去的规定，新的规定已经大大缓解了企业进行职工培训的税负成本，然而，2.5%的标准仍然偏低，而且超过部分结转扣除的安排实际上会落空，因为企业的培训安排每年都要持续，本年度的费用都难以全部扣除，又怎么可能结转扣除以前年度的费用呢？
另外，目前的税收制度中激励企业从事研发活动的税收优惠措施缺乏力度。通过税收优惠政策鼓励企业开展研发是国际上通行的一种做法。我国对此也有规定，那就是企业开发新技术、新产品和新工艺发生的研发费用可以从企业所得税中扣除，如果本年实际发生研发费用比上年增长10%以上，则可以按照150%的优惠比例进行扣除。但是，这一政策在执行中并未达到预期的效果，原因在于：一是中小企业的利润率本来就不高，从所得中扣除研发费用实际上得不到落实；二是税务部门对于研发费用的认定非常苛刻，导致企业难以享受该政策。
税收征管机制的第二个缺陷是容易导致税务腐败。税务腐败在中国正日益成为一个不可忽视的全国性问题，通常，它由于提高了一个地区内所有企业的运营成本而恶化了该地区的营商环境，然而，由于新创企业更加难以对抗税务部门部分人员所提出的不合理甚至非法要求，而且往往也承受不了由此带来的成本，所以税务腐败对于一个地区的创业活动所带来的打击尤为可怕。
关于税务腐败的原因，已有的研究着重指出了两个方面：一是当前国内的税法体系不健全，目前除了一部税收征收管理法和两部所得税法之外，其余的法律都是以法规或规章的形式发布的。在实际税收征管过程中，税务人员主要依据大量的解释性规章，而这些解释往往给执法人员留下很大的自由裁量空间。譬如，营业税的应税所得率设定的是变动区间（参见表4.4），实际操作时到底适用何种比率则由税务人员决定；对于违反税收法律行为给予处罚时，法律通常也只是规定了一个处罚范围供执法人员选择。除了税额核定和税务稽查处罚外，税务执法人员在增值税一般纳税人认定、减免缓税审批、出口退税审批、所得税税前列支审批，以及增值税专用发票和其他发票管理等税收执法权方面都拥有或大或小的自由裁量权[26]。这种制度安排实际上赋予了税务人员过大的行政执法权力，加上缺乏有力的外部监督机制[27]，这自然容易导致各种腐败现象，比如基于这种关系到纳税人重大利益的裁量权，税务人员往往对企业强行指定税务代理或参与税务代理活动收取费用。二是对税务人员的税收计划考核体制存在重大缺陷，税收计划的完成情况直接与税务系统人员的年度考核、职务升降和奖金发放有关。对税务人员而言，税收计划的刚性要强于税收执法的刚性。由此导致税务部门在经济形势好的时期有税不收、随意减税免税，以此压低下年基数；而经济形势不好的时期则收过头税，给税务人员压任务、派额度，设法“拉税”、“引税”。
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