元朝重建的大一统不同于汉唐，元朝统治集团以边疆民族入主中原，其政权的性格与政治文化不同于各汉族王朝，所采取的巩固统一及促进统合的政策亦与前代颇有歧异。植根于草原家产分配和黄金氏族共权原则的分封制，是蒙古游牧国家的三项基本制度之一，由于成吉思汗及其继承者的悉心经营，该制曾发展为以宗王、贵戚、功臣为封授对象，包括兀鲁思封国、五户丝食邑、投下私属等分封实体的一代通制，而且推行于蒙古征服所及的广阔地区。这项制度经历了蒙古草原国家、大蒙古国、元王朝等三个不同时期，并始终与蒙古征服以及随之而来的草原文明和农耕文明间的交融、冲突相联系。广大的西北地区正是分封制推行的地区之一，受封于这一地区的有窝阔台系诸王、察合台系诸王，贵戚有弘吉剌部赤窟驸马系、高昌畏兀儿亦都护系等。宗王将兵出镇也是元代的一项重要制度，《经世大典·序录·屯戍》言：“国初征伐，驻兵不常。其地视山川险易、事机变化而位置之，前却进退无定制。及天下平，命宗王将兵镇边徼襟喉之地。如和林、云南、回回、畏兀、河西、辽东、扬州之类。”西北方面，忽必烈第三子忙哥剌受封安西王，开府京兆，第七子奥鲁赤受封西平王出镇吐蕃地区，第六子爱牙赤也曾一度驻军瓜沙。世官世侯制度是元代政治体制的又一个特色，《元史》卷八《世祖纪》载至元十年(1273)，“大司农请罢西夏世官，括诸色户，从之”。似乎迁转法就此成为西北地区行政仕进的主流，实际情形并非如此，世官世侯制度在西北地区始终得到保持，世袭肃州达鲁花赤的唐兀昔李氏，世袭巩昌都总帅的汪氏，临洮世官吐蕃赵氏以及礼店文州的汪古族按竺迩家族等，都是世官世侯制度的体现者。
元代对边疆的控制方式也多有创新，兼具蒙、汉等多元色彩，并且极具刚性。蒙古统治者自认受长生天之命征服世界，所到之处，虽有因俗而治，多制并举的一面，“成吉思皇帝降生，日出至没，尽收诸国，各依风俗”[1]，但必须是在遵守蒙古“旧制六事”——“纳质、助军、输粮、设驿、编户籍、置长官”[2]的前提之下。不论是什么种族，在元朝统治范围内，“见住处与民一体当差”[3]，很少考虑华夏夷狄之类的文化差别。有学者指出，蒙元统治的一个特点是“全民皆差户”，因为从草原习惯看，全体人民都是皇帝、贵族吃粮当差的被役使的人户[4]。正是基于此，元代在边疆民族地区取消了以往的羁縻州府制度，而代之以宣政院、行省、宣慰司、安抚司、长官司等各级行政机构。有学者称之为直接治理型官司[5]。在岭北、东北和西北，行省及宣慰司是直接治理边疆的主要官府形式。在西南，除云南设行省和宣政院主管吐蕃外，主要是宣慰司、宣抚司、安抚司、长官司等土官设置。李治安指出，直接治理型官司取代羁縻州大抵是蒙古统治者视边疆各民族地区为一般被征服区域理念的产物，蒙古统治者在上述地区重新组建官府秩序之际，将草原万户、千户、百户的传统塞了进来，隐藏着蒙古草原旧俗的政治文化背景。换句话说，这些管理形式以蒙古法为主，杂糅了汉地、各民族地区的习惯法，形成了新型的边疆民族管理体制。因此，元朝时期边疆地区与内地的联系更为密切。前代有统治之名而无行政之实的所谓羁縻地区，在元朝版图内则因政、因俗、因教的不同，分别受到不同形式的统治和管理，在元朝统治范围内，漠北草原设立岭北行省，大理国改设云南行省，吐蕃三道设三宣慰使司归宣政院统领，东北极边诸族纳入辽阳行省辖治，西南民族地区则设土官土司管辖。正如《元史·地理志》所说：“盖岭北、辽阳与甘肃、四川、云南、湖广之边，唐所谓羁縻之州，往往在是，今皆赋役之，比于内地。”这是中国历史上前所未有的创制，也是对古代藩属或羁縻体制的超越，是更加积极有效的统治方式。
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