目前，甘肃省在非物质文化遗产的申报与保护中存在诸多问题。比如因为申报材料准备得不恰当而导致难以立项；“重申报、轻保护”的问题不同程度地存在；以单纯的“不要出问题”式的“管理”去代替保护，有的地方组织机构不健全，经费不足，等等。
（一）申报中存在的问题
甘肃省各地区或单位在进行非物质文化遗产代表作名录的申报工作中虽然取得了可喜成绩，但是也存在一些问题。
1.调研工作不细，材料粗糙，缺乏说服力
申报者在进行非物质文化遗产项目申报时需要提交以下资料：
申请报告：对申报项目名称、申报者、申报目的和意义进行简要说明；项目申报书：对申报项目的历史、现状、价值和濒危状况等进行说明；保护计划：对未来几年内的保护目标、措施、步骤和管理机制等进行说明；其他有助于说明申报项目的必要材料。
其中写作难度最大的是项目申报书，需要申请者填写的内容包括该项目的基本信息、项目说明、项目论证、项目管理和保护计划，每一项内容都需要充分论述。只有这样才能把这个项目栩栩如生地展现在评审委员的面前，体现它的独特意义与价值所在，使它在同类待审项目中脱颖而出。
2.对申报条件不了解，导致项目落选
关于项目的申报条件在省市各级政府下发的“非物质文化遗产保护工作的意见”中都有所说明，如《甘肃省人民政府关于进一步加强文化遗产保护工作的意见》（甘政发〔2006〕48号），《白银市人民政府关于加强全市非物质文化遗产保护工作的意见》（市政发〔2008〕134号文件）。但是申报者在进行申报时还是会因为马虎大意或侥幸心理而进行误报。比如，在项目评审中有一条标准是要求所报项目当前存在一种因社会变革或缺乏保护措施而面临消失的危险，也就是说它濒临灭绝亟须扶持。但如果它在当下的民众生活中已经死亡，并且缺乏相关传承人进行技艺教习，那么这样的非物质文化遗产资源就不能列入保护项目，只能作为普查中的一条数据忠实记录。那些步入耄耋之龄的知情者即使能回忆起曾经有这么回事，却不知道仪式过程具体怎么操作，使得这种非物质文化遗产无法根据口述史回复原貌。
另外，在非物质文化遗产项目申报中还存在其他一些问题，如有的申报者没有耐心去了解、领会项目申报的深刻意义，而只是为了争取经费，不能做到切实可行地保护非物质文化遗产。也有的申报者在申报工作中表现积极，但是申报成功后在保护工作中则处于“等、靠、要”的状态。
（二）保护中存在的问题
1.自然灾害对非物质文化遗产项目的破坏
自然灾害的频繁发生使甘肃的非物质文化遗产遭受到严重破坏。谨以“5·12”地震为例，甘肃省在这次灾害中有3个非物质文化遗产专题博物馆受损，其中195件珍贵的非物质文化遗产项目实物被毁损。
2.文化生态变化影响非物质文化遗产项目代际传承
非物质文化遗产是其流行区域民众的一种口头传统与生活方式，当地的文化生态是它得以生存的根本。缺少了这一文化生态，非物质文化遗产传承的文化活水便会成为一潭死水。而民众的价值判断、当下的教育体制以及社会的经济发展水平是影响其文化生态的三个重要因素。
（1）民众的价值判断
下面一段访谈，反映了传统价值观念对群众上台亮相展示非物质文化遗产技能的束缚。
歌手代表：我们动员，乡政府因为把我都熟悉，给我一通知，你再动员几个，多少人，我就动员去。有些媳妇哪都不去。
笔者：为啥不去？
歌手代表：嫌烧脸呢。
笔者：动员了她们也不去？
歌手代表：不去。
笔者：一般动员年纪多大的？
歌手代表：三十岁左右。
笔者：没有年纪大的女的花儿把式？
歌手代表：年纪大的更不去了，
笔者：为什么？
村长：害怕去了烧脸呢。
歌手代表：儿子也三四十岁了，孙子们都那么大的了嘛。
笔者：去是去比赛，去了还能拿奖多光荣，那为啥不去呢。
歌手代表：看法不同。
笔者：他们是怎么看的呢？
歌手代表：孩子们太多，因为我们农村风俗习惯就是唱花儿就不是好事情，因为是在爱情方面的事情，他们老下了，上年纪了再不好唱了。
（2）教育体制
非物质文化遗产在传统生活中是通过耳濡目染、日复一日程式化地反复练习后习得的。校园环境下的精英教育要求实行全日制教育制度，这样一来，适龄儿童接受知识和技能便主要依赖于校园。如果在校园环境下没有学习非物质文化遗产的机会，那么这些孩童长大后就缺少相应的非物质文化遗产创作、享用的能力，难以把非物质文化遗产传承下去。
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