问卷设计的可靠性也就是问卷设计的合理性和科学性。关于这方面的要求，一些学者已从不同方面作过论述。王重鸣（1990）认为问卷量表的设计包含四个层次，即问卷的理论构思与目的、问卷格式、问卷项目的语句和问卷用词。在进行问卷设计时，问卷的内容和子量表构成要根据问卷设计的目的确定；问卷中应尽量注意避免复杂语句或带有引导性的问题，语句层次上要使项目用语明确、具体，尽可能避免多重含义或隐含某种假设；问卷用词要避免过于抽象以防止反应定势；同时要控制反应偏向。马庆国（2002）认为，正确设计问卷的要点是：问卷问题要根据研究目标设立；要依据调查对象的特点设置问题；不能设置得不到诚实回答的问题；对于有可能得不到诚实回答而又必须了解的数据可通过其他方法处理，如变换问题的提法，从而获得相关数据。
对于学者们提到的问卷设计需要注意的问题，本研究在问卷设计中都进行了考虑和处理。关于问卷中问题的表述方式，本研究是在借鉴相关文献原有表述基础上，通过两轮的项目访谈，反复征询被访谈者的意见后修正的。修正后的问题表述方式同时考虑了问题表述的明确性、客观性、容易理解和能体现复杂产品系统创新项目特征的要求；并避免了问卷设计中可能隐含某种对回答者有诱导性的假设，以及问卷回答过程中可能出现的一致性动机问题（consistency motif problem）。
按照Podsakoff和Organ（1986）以及Lee等人（2001）的建议，本研究在问卷设计中，没有说明研究的内容和逻辑，问卷中也没有出现中小企业与地方高校合作创新影响因素假设量表和创新绩效的题名，以防止回答者得到可能的因果关系暗示，进而在回答过程中受到这一暗示影响；对于有可能得不到诚实回答的问题，问卷中变换了问题的提法，以减轻回答者的主观倾向。对于一些可能涉及企业商业机密信息或敏感性的问题，企业可能不愿提供详细数字，出于操作性的考虑，问题的选择答案设计成区间范围供被访问者选择。在题项的安排上，中间变量问题放在问卷的最后面，提高回答者的响应率。
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