明朝，由于倭寇入侵，朝廷大力在沿海陆地上经营海防体系，虽然舟山的行政与军事级别不断降低，但是边防守御任务事实上则骤然上升，驻军也大幅度扩大，军事文化也影响深远。
朱元璋命信国公汤和大力建设沿海防御体系。“到洪武（1368 1396）末年，从广东到辽东的沿海防卫体系，包括卫所、巡检司、墩台烽堠，基本完备。据嘉靖年间（1522 1568）《筹海图编》所列，沿海（包括长江下游两岸共有卫54、所99、巡检司353、烽堠997。《筹海图编》所列不完全准确，但它基本反映了洪武末年沿海设防情况。如果按每卫5600人，每所1120人，每卫战船50艘，每所10艘计算，沿海的驻军就有41万余人，战船3600余艘。沿海星罗棋布地分布153个卫所，353个巡检司，3600余艘战船，百余座城池，再加上直属于大都府的24卫，1200艘战船，这就构成了比较完备的海防防御体系。敌人进犯，在海上有几千艘战船进行剿捕，在陆上有数十万大军进行堵截，倭寇要进行劫掠是困难的。因此，洪武年间倭寇虽然不时进犯，但并没有酿成大的祸患。”[4] 此间，舟山军事设置升格为守御千户所，后来又升格为昌国卫，有兵员上千。根据明天启《舟山志》记载，当时仅在舟山本岛及附近，就设有一关（舟山关）、六隘（螺头、碇齿、小沙、路口岭、岱山、大展），并且还在沈家门、西碶和干石览建起了三处水寨，另外还建有28处烽堠。
处处是要塞，几乎把舟山建设成了铜墙铁壁的海上堡垒。
其中沈家门水寨最为重要，从明朝初至清初，在长达近300年东南沿海抗倭战争年代中，沈家门港处于海防最前线，水寨南临乌沙门水道，东控莲花洋，西接旗头洋，形势险要。明弘治九年（1497）浙江按察使司副使曹时中就赋有两首《临沈家门水寨》：
（一）
才微身老一书生，水寨春深坐训兵。
山到极边看有色，潮回大海听无声。
分屯里堡三军肃，斗舰云旗五色轻。
击楫中流思共济，敢于生死负皇明。
（二）
扬旗秉钺上艨艟，帆挂鲸泪破晓风。
山势极临昌国迥，潮声犹带石门雄。
三军鼓锐唯闻令，诸将同心拟奏功。
幸遇远人宾服久，不烦天子顾留东。
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