16世纪的波兰因为地处东西欧的交通要塞，所以较早地受到了从意大利传播而来的文艺复兴运动的影响。在这种相对宽松、自由的文化环境中，哥白尼决定将自己多年来的研究与发现详尽地总结归纳出来。
因为此事，哥白尼与舅舅之间产生了难以调和的矛盾。瓦兹洛德主教深知教会的严厉与顽固，外甥的新学说一旦公开发表，等待他的就不再会是眼前的似锦前程。教会对待“异端邪说”的酷刑令人毛骨悚然。但舅舅的苦心规劝并没有动摇哥白尼对真理的执著追求。
1507年春天，哥白尼开始撰写他的第一篇天文学论文《浅说关于天体运动的假设》（简称《浅说》）。从标题我们可以看出这位科学家严谨的科学信念，他不依据权威，不依据直观，而是把它建立在证据的基础上。
潜心于天文学研究的同时，哥白尼经常会想起与舅舅之间发生的冲突，这令他十分不安。尽管两人对科学与世俗之间没有统一的意见，但哥白尼仍然非常敬爱这位带领自己走上科学之路的老人。于是，他花了很多时间大量翻译舅舅喜欢的文学作品。1509年，以这些译文为内容，他出版了一本拉丁文的拜占廷作家泰奥菲拉克特斯·西莫卡塔的名为《道德、田园与爱情信札》的书。这部作品风格自由、清新，轻松与严肃并存，放纵与苛求融为一体。这本新出版的书被作为礼物送给了舅舅。
1512年3月，噩耗从利兹巴克城堡传来，哥白尼的舅舅去世了。舅舅的去世，对哥白尼产生了巨大的影响。他不仅失去了一位严慈的长辈，而且也失去了一位强有力的庇护者。
1510年年底，作为哥白尼早期科学研究的成果，《浅说》终于完成了。这篇天文学论文是以书信形式撰写而成的，其内容宣扬了一种与托勒密理论背道而驰的思想。书中哥白尼首先就早年观测到的行星的不均匀现象发出了疑问，如果用托勒密的偏心圆、本轮、均轮来解释的话均不合理。对此，哥白尼提出了天体及其轨道和运动的七项原则：
1.对所有的天体及其轨道而言，不存在一个共同的中心；
3.宇宙的中心处于太阳附近，所有天体都围绕太阳运转；
4.地球到太阳的距离同天穹高度之比，就如同地球半径同地球与太阳间距之比一样悬殊；
5.地球每日在作24小时的周日运动（自转）；
6.太阳运动的现象，并非自身造成，而是由地球及大气层的运动所引起；
7.地球运动的本身造成了人们的观测错觉，引发了行星的视顺行或视逆行运动。
《浅说》中地球自转与公转理论可谓是一种骇世惊俗的观点。它使地球成为了一颗不断运动的行星，它打破了亚里士多德物理学中天地截然有别的界限，以及亚里士多德的绝对运动概念，引入了运动相对性的观念。这样一来，基督教神学中赋予人类在宇宙间的重要地位便很难再像以前那样归结到人类身上了。
哥白尼在波兰东北部波罗的海海边的弗龙堡度过了一生中的大部分时光。1510年秋天，哥白尼离开了主教官邸来到了瓦尔米亚神父会所在地弗龙堡，作为一名神父在这里度过了30余年的时间。这里记录着他对科学的执著与追求。与其他神父们悠然、轻松的工作不同，哥白尼先后在这里担任了多个重要的教会职务。他是神父会会员之一，神父会由16位成员组成。在当时“政教合一”的制度下，这里掌握着整个瓦尔米亚主教区的行政、司法、赋税以及各种宗教事务等大权。
1510年年底，哥白尼开始负责神父会的两大庄园——奥尔什丁与皮耶宁日诺（包含了119个自然村庄）的财产收缴和管理工作。哥白尼在管理与经济方面采取的一种宽松、人道的政策吸引了更多的移民来耕种空闲的土地，然后向对粮食及农副产品需求极大的西欧各国出口，使瓦尔米亚的经济状况得到了良好的改善。哥白尼对工作的兢兢业业得到了神父会的高度评价。
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