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梭子蟹科遗传距离和聚类分析

时间:2022-02-09 理论教育 版权反馈
【摘要】:利用MEGA4.0软件中的Kumara2-parameter模型计算相对遗传距离和标准误差,分别见表19和表20。基于CO Ⅰ片段的分子进化树(图11)显示,梭子蟹科3个属也分为两大支,梭子蟹属和美青蟹属聚为一支,属三个种类聚为另一支。这与传统分类基本一致。分子标记不受外界条件影响,遗传稳定,结合 Genbank中丰富的基因序列信息,线粒体基因作为分子标记在蟹类系统发育重建以及分类学鉴定等方面有很好的应用前景。

利用MEGA4.0软件中的Kumara2-parameter模型计算相对遗传距离和标准误差,分别见表19和表20。表19中,基于16S rRNA基因片段的遗传距离介于0.0.8 ~ 0.228之间,其中美洲蓝蟹和巴西蓝蟹的遗传距离最小,为0.028,远海梭子蟹和三点圆趾蟹的遗传距离最大,为0.228。

表19 基于的Kumara2-parameter遗传距离(左下)

表20中基于COⅠ基因片段遗传距离介于0.1.2 ~ 0.237之间,其中巴西蓝蟹和美青蟹属(Callinectes arcuatus)的遗传距离最小,为0.162,远海梭子蟹和锐齿的遗传距离最大,为0.237。

表20 基于CO Ⅰ基因片段的Kumara2-parameter遗传距离(左下)

以中华绒螯蟹为外群,利用MEGA4.0软件中的NJ法构建分子进化树(图10,图11),进化树各分支的置信度由Boot Strap1000循环检验。中华绒螯蟹16S rRNA和COⅠ两个序列来自Genebank(AF105243,AF105247)。

基于16S rRNA片段的分子进化树(图10)显示,梭子蟹科5个属分为两大支,梭子蟹属与美青蟹属先聚在一起,然后与青蟹属聚在一起,再与属聚在一起,三个属聚为一大支,圆趾蟹属的两个种聚为另一支。

图10 基于16S rRNA基因片段的10种梭子蟹的NJ分子进化树

基于CO Ⅰ片段的分子进化树(图11)显示,梭子蟹科3个属也分为两大支,梭子蟹属和美青蟹属聚为一支,属三个种类聚为另一支。

图11 基于CO Ⅰ基因片段的10种梭子蟹的NJ分子进化树

可以看出,基于16S rRNA和 COⅠ片段的聚类结果具有一致性,同一个属的种类首先聚在一起,梭子蟹属与美青蟹属亲缘关系最近,聚为一支,然后再与属聚在一起,最后才与外群中华绒螯蟹聚在一起。这与传统分类基本一致。由于Genbank中16S rRNA和COⅠ基因片段的数据资源有限,或是有的物种片段较短,本研究收集的基于16S rRNA和COⅠ两个片段的序列不完全一致,不能完美地体现二者之间的一致性。但本研究仍正确地反映了系统间的进化关系,基于16S rRNA和 COⅠ片段的聚类结果均显示同一个属的种类分别聚在一起,梭子蟹属与美青蟹属亲缘关系最近,先聚在一起,然后再与属聚在一起,最后才与外群中华绒螯蟹聚在一起,符合传统分类学的结果。金姗等(2004)对梭子蟹科六种海产蟹的RAPD标记研究也得出类似的结论。

分子标记不受外界条件影响,遗传稳定,结合 Genbank中丰富的基因序列信息,线粒体基因作为分子标记在蟹类系统发育重建以及分类学鉴定等方面有很好的应用前景。

(作者:戴艳菊,刘萍,高保全,李健,王清印)

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