对4个群体的三疣梭子蟹总DNA进行扩增，均获得了特异性很好的PCR产物。通过BLAST分析比较，确认所得片段为16S rRNA和COⅠ基因片段。经Clutal X同源排序，除去引物及部分端部序列，分别得到了523 bp的16S rRNA基因片段和658 bp 的COⅠ基因片段。
利用MEGA4.0软件计算4个群体16S rRNA和COⅠ基因片段碱基组成。16S rRNA基因片段碱基组成平均为35.8%T、11.5%C、35.0%A、17.8%G和70.8%（A1T）。COⅠ基因片段碱基组成平均为 36.6%T、20.5%C、26.4%A、16.4%G和63%（A1T）。两个片段A1T含量均显著高于G1C含量，这一结果与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的16S rRNA和COⅠ基因片段研究结果相似。
线粒体基因已成为群体遗传学和进化生物学研究中的重要分子标记。目前蟹类中用得最多的线粒体基因为12S rRNA、16S rRNA和COⅠ等基因。线粒体基因上的不同基因具有不同的解析功能，同一基因在不同的物种间也具有不同的解析能力。一般来说，16S rRNA和COⅠ基因在同一种群变异程度较低，但不同种群之间16S rRNA基因较CO
Ⅰ基因明显保守（郭天慧等，2004；陈丽梅等，2005），本实验研究结果也证实了这一观点。由此可见，COⅠ更适于种群遗传学及种间差异的研究（马凌波等，2006；杨学明等，2006），而16S rRNA基因在系统发育研究中的适用性较好，被广泛应用于研究不同阶元的系统发育关系。本研究中，16S rRNA基因A1T平均含量为70.8%，COⅠ基因A1T平均含量为63%，两种基因片段均显示较高的A1T比例。
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