我们回到炼金术。在赫尔墨斯主义的影响下产生的可能是最著名的一个炼金家就是帕拉塞尔苏斯（公元1493年—1541年，图12.5.1）。
帕拉塞尔苏斯全名菲利普·奥里奥卢斯·特奥弗拉斯图斯·波姆巴斯图斯·冯·霍恩海姆，因为他要超越罗马时期的著名医生塞尔苏斯，所以自称帕拉塞尔苏斯，帕拉是超越的意思（在中国大概类似于赛华佗、赛扁鹊之类）。
在某种意义上他的职业不是一个炼金术士，而是一个医生。但他对炼金术的理论有深刻的阐发，建立了在整个科学革命时期与机械论哲学分庭抗礼的“化学论哲学”，并把炼金术思想融入医学。他相信医师用药去净化人的身体这件事情与炼金术士用火去净化金属是一样的。
帕拉塞尔苏斯在1527年治愈了巴塞尔的著名出版商弗洛本，随后被任命为巴塞尔的市政医生，从而有权在大学开讲座。他的性格非常张扬，藐视权威，不用拉丁语而用瑞士德语讲座，经常有惊人之语，还把阿维森纳的《医典》和盖伦的著作放在铜盘里用硫磺和硝酸钾公开焚毁，最后激怒了许多人，被赶出大学，然后流浪到另一个地方，再重复类似的经历……[9]
他言辞激烈地批判传统的经院学者，比如他说“你们懂得什么……你们懂得的不过像痢疾粪便上的一只西班牙苍蝇一样多！”“你们这些卑躬屈膝、卑鄙无耻的诡辩家，你们把我这个神秘世界的君主看成仅仅是一个不学无术、愚昧无知、挥霍浪费的江湖医生。”[10]
他强调求知不能固守传统，而要走出学院，不耻下问：“医生不应只依赖于其学派教给他的知识，而应了解老妪、埃及人以及诸如此类人的说法；因为在这些事物上，他们比所有学院派更有经验。”[11]他的格言是：“学习再学习，追问再追问，不要觉得难为情。”
图12.5.1 帕拉塞尔苏斯
他的追随者，丹麦御医塞韦里努斯说得更加动情：“卖掉你的土地、房子、衣物和珠宝；烧掉你的书本，为你自己买双结实的鞋子，到山林中去旅行；探索那些峡谷、沙漠、海洋和地球的最深处；记下各种动物、植物和矿物的不同特征——去向农夫学习关于天空和地球的知识，不必感到难为情。最后，买来煤炭，建起炉灶，点起炉火。只有这样，你才能获得关于事物及其属性的知识。”[12]
帕拉塞尔苏斯及其追随者的哲学立场明显与当时的机械论者不同（见表12.5.1），我们不妨把这类哲学称作化学论。
不同于机械论者把上帝看作一个用圆规创世的几何学家，化学论哲学把上帝看作一个炼金术士，他通过“提取、分离、升华和结合”等炼金过程创造世界。
而这个宇宙好比是一个大坩埚而不是一架大钟表，例如地球上的火山和雨水正是通过“蒸馏”的过程让水循环。
机械论哲学只承认物质粒子之间的外在的碰撞关系，而化学论哲学认为万物有灵，事物之间能够互相感应。炼金过程不只是物质粒子之间的碰撞，炼金产物不只取决于原材料和仪器，更要求天时地利人和，时机和精神状态都与炼金有关。
帕拉塞尔苏斯学派的“武器药膏”例示了一种超距作用的理论，帕拉塞尔苏斯的追随者认为把药膏涂抹在伤人的武器上（而不是人的伤口上） 能够治愈伤痛。[13]
化学论哲学认为人体这一“小宇宙”与“大宇宙”相呼应，帕拉塞尔苏斯说道：“你应当知道，所有这一切都存在于人之中，并且意识到，天穹在人的内部，天穹连通其身体行星和恒星的伟大运动产生了呼气、相合、相冲等你所理解和所谓的这些现象……（天文学知识） 教给你关于身体天穹的知识……你知道地球的存在仅仅是为了给人出产果实。根据同样的逻辑，身体存在也仅仅是出于同一理由。于是，从身体内部长出各种食物以供属于身体的肢体所使用，肢体就像地球的果实一样生长。”[14]
表12.5.1 化学论哲学与机械论哲学对比
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