显宗8年（1667）7月，改修了宗庙内的别殿——永宁殿。宗庙中所供奉的超出五代成为远祖的神主，[1]或无后嗣的国王神主，或王业不显著的国王神主，都将移至永宁殿，这称为“祧迁”。永宁殿供奉着太祖的四代先祖的牌位，以及文宗、德宗、睿宗等的牌位。
永宁殿曾于倭乱期间被烧毁，光海君时期予以重建。因为室内较窄，所以需要扩修。显宗4年（1663）3月，决定撤去所有夹室，只建十室正殿。但因遇到旱灾，工程因而被拖延。显宗7年（1666）10月20日，在昌庆宫的内农圃设置修改都监，开始进行施工。
都监下设几个机构，以进行分工合作。一所负责与永宁殿的内部工程相关的木工及制作仪仗；二所负责采集石头，以及在永宁殿内铺垫石头等基础工程；三所负责制作瓦与丹青，以及祭祀道具。这时，动员了四个道的700名僧军，令其或在浮石所采集石头，或到汉城（今首尔）参与工程。这样，到了5月17日开始上梁。7月6日，一共12室的工程最终结束。随后，神主被供奉于此。这时，宗庙的围墙也得到了修理。
工程结束后，修改都监将其过程整理出来，编纂成1册的《永宁殿修改都监仪轨》。该仪轨共制作了5件，除御览本之外，其余的收藏于宗庙署、春秋馆、赤裳山及江华府。目前有4件尚存。外交通商部，上揭书，618-620页）。而关于藏书阁所藏仪轨，则请参考李康根的简单题解（韩国精神文化研究院，上揭书，749-752页）。" class="calibre10">[2]
补充说明一下，永宁殿于宪宗2年（1836）时再次扩建，增加到16室。
有关宗庙与永宁殿建筑的具体变化，请参考金东旭和李康根的研究成果。[3]
注释
[1]关于宗庙的神主，有所谓的“二昭二穆制度”这一原则。即太祖要供奉于中央，左侧行列要供奉第二代与第四代神主，这称为“二昭”，右侧行列要供奉第三代与第五代神主，这称为“二穆”。这样，便供奉了五代神主。
[2]御览本（153章）藏于法国，奎章阁藏有江华府本（173章），藏书阁藏有收藏处不详本2件〔2-3571（173章），2-3572（185章）〕。关于奎章阁所藏仪轨的详细题解，请参考Kim Jinyoung于2004年所撰写的“1667年（显宗8）永宁殿改修
永宁殿改修都监仪轨”《奎章阁所藏仪轨解题集（2）》（首尔大学奎章阁）495-510页。关于法国所藏仪轨，请参考金文植的简单题解（外交通商部，上揭书，618-620页）。而关于藏书阁所藏仪轨，则请参考李康根的简单题解（韩国精神文化研究院，上揭书，749-752页）。
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