“911”事件发生以后，巴基斯坦政府出于国家利益的考虑对美国发动的反恐斗争予以配合。但是随着近年来巴基斯坦塔利班化浪潮越演越烈，越来越多巴基斯坦人意识到，单纯的军事手段不足以应对巴基斯坦面临的严峻形势，唯有促进经济与社会发展才能消除滋生恐怖主义的土壤。2008年巴基斯坦人民党政府上台以后，采纳了这一观点，主张奉行综合性措施进行反恐斗争，采取“对话、发展、威慑”的反恐政策。巴基斯坦政府表示：愿意与放弃暴力者和睦相处，努力促进经济社会发展和人民生活水平提高，但会对拒绝放下武器、挑战巴基斯坦政府权威和袭击巴基斯坦政府军的武装分子进行军事打击。巴基斯坦政府新反恐政策的主旨是促进发展，优先选择对话，必要时才进行军事打击。[135]
与此类似，美国的奥巴马政府上台也给美国的反恐政策调整提供了契机。在小布什总统的第二任期，越来越多美国人相信，美国要赢得阿富汗战争的胜利，必须先在巴基斯坦取得进展。但是这一观点在小布什政府的反恐政策中没有得到充分体现。奥巴马入主白宫以后，这个观点开始受到重视。2009年3月27日，美国出台阿—巴新反恐战略，将巴基斯坦视为与阿富汗一体的战场。[136]在奥巴马总统的阿—巴反恐新战略中，巴基斯坦的地位和作用均发生了巨大变化。鉴于塔利班和基地组织已经在巴基斯坦与阿富汗的边境地区坐大，巴基斯坦将从反恐斗争前线国家转变为反恐斗争主战场。美国希望巴基斯坦充当主力打击西北边省和联邦直辖部落区的恐怖分子。美国将在军备和训练方面加强对巴基斯坦政府军的支持以增强其反恐能力。美国还寻求开展美国、巴基斯坦与阿富汗三边合作以及该地区国家的多边合作。
尽管美国试图将巴基斯坦变为反恐斗争战场，但巴基斯坦显然更倾向于采取对话的方式应对恐怖主义威胁。美国与巴基斯坦在此问题上存在一定歧见，最终巴基斯坦塔利班咄咄逼人的攻势弥合了美国与巴基斯坦在此问题上的分歧。2009年4月23日，数百名巴基斯坦塔利班的分支武装分子从斯瓦特地区南下，进入距离巴基斯坦首都伊斯兰堡只有60英里的西北边省布内尔县，占领布内尔县政府大楼，还将布内尔县国际援助机构一些雇员扣为人质。巴基斯坦政府与他们于2009年2月签署的和平协议并没有让其停止前进的脚步。以斯瓦特地区为基地，逐步南下，日益逼近首都伊斯兰堡。扎尔达里总统对巴基斯坦政府受到巴基斯坦塔利班的严重威胁有极为清醒的认识。扎尔达里总统在2009年2月15日接受美国哥伦比亚广播公司（CBS）访问时指出：“巴基斯坦塔利班确实存在于巴基斯坦大片国土上。我们注意到巴基斯坦塔利班正在试图夺取巴基斯坦政权。因此，巴基斯坦正在进行的战争并非是为别人的生存，而是为巴基斯坦的生存而战。”[137]巴基斯坦塔利班的势力和影响力不断壮大，甚至外溢到首都伊斯兰堡附近的现实，让巴基斯坦政府感受到政权倾覆的危险，大力清剿拒绝放下武器的巴基斯坦塔利班成为维系政府有效统治的必要措施。
2009年5月7日，吉拉尼总理在面向全巴基斯坦播出的电视讲话中，下令巴基斯坦政府军清剿巴基斯坦西北部的激进武装。[138]以清剿斯瓦特地区巴基斯坦塔利班为目标的“黑雷”军事行动由此正式开始。“黑雷”军事行动是美国、巴基斯坦、阿富汗三国协同反对恐怖主义的一个组成部分，标志着反恐斗争的主战场正式从阿富汗战场向阿富汗—巴基斯坦战场转变。5月10日，正在美国访问的巴基斯坦总统扎尔达里表示：在斯瓦特地区盘踞着约3000名巴基斯坦塔利班武装分子，巴基斯坦政府一定要把他们全部消灭。这是巴基斯坦政府发出的反恐最强音。5月23日，巴基斯坦政府军经过猛攻进入具有战略意义的明戈拉市，并同巴基斯坦塔利班展开巷战。[139]5月30日，巴基斯坦政府军少将阿巴斯宣称：尽管巴基斯坦政府军仍然在城镇的郊区和一些反叛组织发生零星冲突，但是巴基斯坦政府军现在已经完全掌控明戈拉。[140]此后，巴基斯坦政府军持续在斯瓦特地区进行小规模清剿，以维持斯瓦特地区的社会秩序，保证斯瓦特地区重建的顺利进行。
自从巴基斯坦政府军在西北边省斯瓦特地区展开清剿行动以后，巴基斯坦塔利班在巴基斯坦境内制造大量恐怖袭击作为报复。2009年10月5日，巴基斯坦塔利班向位于首都伊斯兰堡的联合国世界粮食计划署办事处发动自杀式袭击，导致5人死亡。10月9日，至少49人在白沙瓦发生的自杀式汽车炸弹袭击中丧生，一百余人受伤。10月10日发生了更让人震惊的恐怖袭击。巴基斯坦塔利班在光天化日之下，袭击位于拉瓦尔品第的戒备森严的巴基斯坦陆军总部。10月16日，巴基斯坦陆军参谋长基亚尼将军向巴基斯坦政府官员和政党领导人作汇报。总理府会后发表声明指出：与会者一致认为，巴基斯坦塔利班等武装组织“对巴基斯坦主权和领土完整构成严重威胁”，“全国上下再次确认一致立场”，要将这些势力“彻底铲除”。[141]巴基斯坦政府军预定对巴基斯坦恐怖主义心脏南瓦济里斯坦部落区的军事打击已经箭在弦上，蓄势待发。
2009年10月17日，巴基斯坦政府军发动“拯救之路”军事行动，出兵3万对南瓦济里斯坦部落区的约1．1万名巴基斯坦塔利班武装分子和约1500名外籍武装分子展开大规模军事清剿。巴基斯坦政府军的目标是巴基斯坦塔利班的大本营南瓦济里斯坦部落区马哈苏德部落。此前，巴基斯坦政府军已经对南瓦济里斯坦部落区展开了为期数月的空袭和炮击。巴基斯坦政府军从三面向巴基斯坦在南瓦济里斯坦部落区的“首都”马基恩推进。10月24日，巴基斯坦政府军占领科特卡伊。科特卡伊既是巴基斯坦塔利班新埃米尔哈基姆拉·马哈苏德以及著名的自杀式袭击者训练师卡里·侯赛因的老家，也是巴基斯坦塔利班苦心经营的战略据点。[142]11月2日，巴基斯坦政府军占领巴基斯坦塔利班重要据点卡尼古拉姆。卡尼古拉姆是奉行强硬路线的乌兹别克斯坦伊斯兰运动领导的数百名乌兹别克武装分子的大本营。[143]11月3日，巴基斯坦政府军攻占巴基斯坦塔利班的军事神经中枢萨拉罗卡。萨拉罗卡是巴基斯坦塔利班举行舒拉会议和领导人召开新闻发布会的地点。[144]11月6日，巴基斯坦政府军攻入巴基斯坦塔利班前埃米尔拜图拉·马哈苏德的家乡马基恩。[145]11月17日，巴基斯坦军方首席发言人阿富汗塔利班尔·阿巴斯少将指出：巴基斯坦政府军已经控制了大约50%的马哈苏德部落地区，包括主要的城镇和公路，巴基斯坦政府军很快就要进军塔利班藏身的乡村。[146]此后，巴基斯坦政府军与巴基斯坦塔利班的大规模战事宣告结束，南瓦济里斯坦部落区转入控制和重建阶段。由于南瓦济里斯坦部落区的许多巴基斯坦塔利班成员逃到周边的部落区，巴基斯坦政府军趁势攻入奥拉克扎伊部落区、库拉姆部落区、莫哈曼德部落区和巴焦尔部落区等地，将巴基斯坦塔利班击溃。虽然巴基斯坦政府军已经在多个地区宣布取得胜利，重建行动也陆续展开，但小规模的清剿行动依然在这些部落区继续。
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