1998年，按照国家政策，各高校扩大招生规模，缓解就业压力。而扩招就必须建新校区。河南中医学院也加入到了全国高校新校区建设的大潮之中，和其他高校一样经历了征地、贷款、建设的艰难曲折历程。学校开始有了第一笔2000万元的贷款。随着新校区建设的进展，银行贷款额逐年攀升，经济状况极其紧张。新校区建设时建时停，资金难以为继。
为加强融资工作力度，学校专门成立了融资工作小组，组长由主管财务副院长担任，副组长为财务处长张小平，融资办公室设在财务处，负责融资日常工作，成员有后勤集团副总经理王浩然等，财务处的李郑生兼融资办公室主任。
融资对高校来说是一项全新而又具有创造性和挑战性的工作。这项工作的“难、累、愁”，牵动着学校领导和教职员工的心，全校教职员工对新校区建设和融资贷款特别关注。学校的负债越来越多，到2007年，资产负债率高达75%以上。财务长期面临着几个困难：日常运转无力维持，几年累计挤占教育事业经费高达上亿元，正常的教学科研受到了严重影响；贷款利息最高时达四千多万元，占到了学校事业收入的50%左右；短期贷款多，还旧贷新压力大，周转资金严重不足，学校账上资金很少，连日常的水电费用都支付不起。
学校教职员工工资勉强可以发下来，但2007年底课时补贴没有着落。为还旧贷新，维系资金链不断裂，学校融资小组不得不四处借钱，从2006年的4月到2007年底先后向兄弟院校、社会企业、附属医院和部门借款。学校领导为渡过2007年年关，也都放下尊严先后分头到多个兄弟院校借钱。兄弟院校和一些企业也都向我们伸出了援助之手，在关键时拉了我们一把，这些筹借的款项让学校解了燃眉之急，暂时渡过了难关。不论到什么时候，学校的师生员工都不能忘记这些兄弟院校、附属医院和企业在学校最困难时的帮助。
2007年，在学校经济难以为继的情况下，银行对我校贷款又进一步收紧。这就使已经很脆弱的学校财务，经受着更加严峻的考验。学校的基本账户资金常常在警戒线内，和学校有贷款业务的银行对学校多次提出警告，更为可怕的是面对不断到期的贷款，学校财务实在没有能力应对。任何一笔出现问题，学校财务将会全面崩盘，后果不可想象。没有办法，只能贷新还旧，还旧再贷新。一年有十多笔贷款到期，处理好每笔贷款至少需要提前一个月做各项准备工作，特别是要与银行方面沟通好每一个细节，学校经不起任何一笔贷款闪失。当时的财务困难在全省高校名列第一。人人心情沉重，很多人感到学校没有了希望，有的已经开始向外联系单位，准备调走，人心涣散了。这种情况引起了省委、省政府领导的关注，对学校摆脱财务困境做出过多次批示和帮助，然而学校自身无力走出困境，时刻都面临着全面崩盘的危险，乌云笼罩着整个学校。
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