从人文科学、社会科学的角度来看，源于人文科学与自然科学之间的冲突的方法论争论，直到今天一直吸引人们产生浓厚的兴趣。如果说每种学问都运用一定的方法，并遵循特定的方式来答复自己提出的问题，那么人文社会科学能不能拥有适当的方法呢？大概在一百多年以前，当时人文社会科学家们还不怎么怀疑他们拥有适当的方法。今天则不然，大家会提及人文社会科学的信誉正在丧失，会认为选择何种方法多少具有任意性，不再期待恰当的答案，只满足于“马马虎虎可以接受”或“勉勉强强可以同意”。相比于古典时代，使用科学理论在技术占统治地位后和世界毁灭的时代可能变得更不可判定。
如果说今天自然科学取得了日新月异的进步，人文社会科学领域却存在着广泛的认同危机，特别是在方法的安全感方面。个别人甚至认为，这个领域经常成为外行胡言乱语的场所。事情看上去似乎是，目的论（自然）科学矛盾地变成了关乎事实的经验陈述。自然界所有的色彩都将由科学最终转换成一种色彩全无的盲目法则的网络，转换成一种不可解开的原因与结果的齿轮联动机制（比如，现代物理学家试图把大自然缤纷的色彩还原为振动），这与个人意念的价值判断是不相干的。因为自然根本不知道什么价值，自然根本没有什么目的。科学理论没有指出该如何使用它，但人文社会科学却关乎个人的观点。比如，有人指责马克思“以穷人的名义”说话，它只与个人意念的价值判断相干。循着这一思路会发现，“人文科学”与“社会科学”、“真科学”与“伪科学”、“规范科学”与“经验科学”、“规范”与“实然”、“规范逻辑”与“事实”、“主观意向”与“客观实证”、“评价式表述”与“经验的陈述”、“概念的哲学含义”与“经验含义”之间有着深刻的差别。
我们相信，问题不在于历数差别，而在于确定差别。经验科学使研究客体可以量化，因此是可测量或可计数的学问，从这个角度看，社会学的大部分都不算在这个领域内。因为，它们绝非仅仅要求就事实做出因果说明，亦非仅仅依据统计的方式计算出事实的概率。法学也应该如是看。那么，经济学、心理学呢？质言之，自然科学以事实判断为根据，以感官的知觉为基础，因此也是以观察和实验的方法来证明的。人文社会科学中的大部分都须以价值判断为基础。而一般认为，对于价值判断是不能用科学的方法来审查的，它也规定了只能使用某些方法和理论。譬如，仅仅是判断者个人的确信或康德美学意义上可遵循的模式，但不会给出法则。这也加固了人文社会科学理论和阶级或阶层的双重权利。有些人认为，这种差异既不是“真”或“不真”的差异，也不是人类随着所谓文化的进步可以消除的。这是因为，研究对象、方法和目标处于互相限定的境况中。
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