转换生成语言学开辟的语义研究的道路，为语言学的发展迈向其哲学的本体论境界提供了可能性，但这仅仅是一种可能性。到目前为止，语言学建设虽然向着更为广阔的领域开拓，但最终没有开辟出走向其哲学的途径；另一方面，语言学的语义学研究仍只是局限在研究语言符号与它代表的对象之间的结构关系，而不能获得更开阔的视界。探究这种状况生成的直接原因，应该是转换生成语言学对语义问题的看待所形成的那种思维、观念、方法对语义学研究的制约。
转换生成语言学认为，语言学的中心任务是制定语法规则系统，以此来解释语言(运用和生成)现象。乔姆斯基指出，语法规则系统是由句法规则系统、语音规则系统和语义规则系统共同组成。在这个语法规则系统中，语义规则系统和语音规则系统是纯粹解释性的，在语言行为中，它既不具有转换性，也不具有生成性。语言的转换生成功能均由句法规则系统来实现和完成。而句法规则系统却由基础规则和转换规则组成，前者的主要功能是生成，后者的主要功能是转换。语言的生成是朝着纵横两轴而展开：在纵向生成轴上，语言符号(语词或词素)按照重写规则生成语言链，符号(即语词或词素)由此获得“前后”或“上下文”语境空档(即语言张力)；在其横向生成轴向上，语言符号(语词或词素)一方面按照“范畴部分的分支规则而生成确定的句法关系”，另一方面则按照“次范畴规则而生成语法特征”。在句法的基础规则的指控下，语言符号的横向生成运动产生了具句法关系和语法特征的词汇表；而语言符号的纵向生成运动却产生了语言的深层结构，进入语义并接受语义解释；而转换规则则是在语言生成的基础上，通过“替换”、“省略”、“添加”、“换位”等程序把其深层结构转换为表层结构，从而派生出新的语言形式，以此进入语音并接受语音解释。
以此不难明了，转换生成语言学对语法规则系统的建立的兴趣基点是句法，而不是语义和语音，这也可以从乔姆斯基的几部主要语言学著作的书名中反映出来。因为乔姆斯基把语言的生成与转换动力现实地规定为是句法规则。在乔姆斯基看来，这是人类关于语言的知识，它不是人后天的习得，是人类生命的天赋能力，它是人类生存后天习得(掌握、运用、创造)语言的先天机制。因此，乔姆斯基把句法规则这种关于语言的纯粹(先天性遗传)知识命之为“语言习得机制”，又称“语言能力”。不仅如此，在乔姆斯基看来，“语言习得机制”(句法规则)生成转换语言的同时，也生成了语言的语义和语音(书面语中即是文字符号)，语义和语音(包括书面文字符号)是句法规则生成和转换语言的表里形态而已。所以乔姆斯基认为语义既无生成性，更无转换性，这是乔姆斯基对“语义”的基本看待。在这一基本看待的规范下，整个转换生成语言学中的“语义”获得了独特的内涵，即语言的形式语义，或者说语言的语法语义。
乔姆斯基指出，语言的语义是与句法既相联系又相区别的、并且是可以相对独立的系统，所以他认为“语法最好独立于语义学而成为自成系统的研究，成为一个公式系统”。[6]而语言的语音学和句法可以而且应该描写成无需涉及语义因素的纯粹形式体系。语言是表达意义的一种工具，至少起初描写这一工具时无需凭借人们使用这种工具的知识，这样做是可能的，也是合乎需要的。语义学是语言运用的描写的一部分，它从属于而且依赖于句法学，并且超出严格意义上的语言学的范围。[7]从严格的意义上讲，语义学是独立于语言学的，这不仅是转换生成语言学的看待，也是语言学的传统。乔姆斯基继承了这个传统，并做了前人所没有做的界定工作。他说：“从形式上对语法结构进行研究的一个结果是：把能有助于语义分析的句法框框显现出来。虽然语义学上系统的研究很明地显地对确定基本的句法框框，一开始就没有什么帮助，但是，在描写语义的过程中求助于这种基本句法框框，却是大有好处的。”[8]这是乔姆斯基之把语义划分为语法形式语义和语言指涉语义的根本考虑。
语言的语义问题是个非常复杂的问题，它最令人头痛的是难以做定量的把握和模式化的描述，索绪尔的结构主义语言学对语义问题所进行的探索之引来那样大的震动和非议，也就在于此。转换生成语言学确定自己的任务是建立语法规则(即公式)系统，公然断定语义学“不属于严格意义的语言学范围”，语义研究对语法形式(规则)研究“一开始就没有什么帮助”。但乔姆斯基又确实很注重于语义问题，学界亦把其注重语义研究视为是转换生成语言学的一大贡献和特点。这又做何解释呢？
其实，学界对转换生成语言学的“语义研究”太过于盲目结论，或者说对语言的语义问题的认识太浅尝辄止，清醒的倒还是乔姆斯基本人。乔姆斯基虽然并没有专门阐述这个问题，但是在他的整个语言学著述中却非常清晰地表达了这一基本思想，即“语义”问题有语法形式语义和语言内容（即指涉）语义之分，前者是语法学的研究对象，后者是语义学的研究课题，转换生成语言学却关注的是前者而非后者。换言之，乔姆斯基注重于研究语法形式语义的抽象(形式化)规则，即如何对词的形式语义特征进行分析。比如对于名词，先分析是否是普通名词；如果是普通名词，看是否可数；如果可数，看是否有生命；如果有生命，看是否指人；如果无生命，看是否抽象，等等。这即是语法形式语义的选择性规则，用抽象的形式符号表示则为：
1.N→±普通；2.±普通→±可数；3.±可数→±生物；4.±生物→±指人；5.±生物→±抽象……
对其他的词性进行语法形式语义特征的分析亦然。比如动词，先分析其是否动态，再分析是否及物，然后再运用分类规则，把作为这个动词的主语或宾语的名词做出分类，其抽象的形式符号表示为：
l.V→±动作；2±动作→±及物(a.主语，b.宾语)
乔姆斯基认为，运用这些形式规则就能在生成句子时避免语义错误(即语言歧义)。这些形式规则即是语义规则。这些语义规则的具体功能是对句子内成分间的组合予以明确限制，即词汇上的限制和结构上的限制，前者接受选择性规则，后者受制于次范畴规则。
转换生成语言学把语法规则系统视为是由句法规则、语义规则和语音规则部分组成。句法规则是生成和转换(派生)句子的形式规范，而语义规则是规范语义正确(即无歧性)表现的限制系统。换言之，语义规则是指语言的句法形式语义——即句子的深层结构，如何进入语义(即句子指涉的意义内容)领域而规范性地接受语义(语言指涉语义)解释的制约系统。换言之，当语词或词素这些纯粹的符号单位，按照句法结构的重写规则、分支规则和次范畴规则而生成句子，被生成的句子本身就获得了深层结构(即语法形式语义内容)。由于句子的产生必然是指向对具体事物(人、事、环境、观念、思想、情感等)的描写、陈述、解释、判断、评价，因而，句子的语法形式语义(深层结构)内容必然同时面临两种坐标指向，即横向坐标指向和纵向坐标指向：前者通过转换规则而指向声音(如话语)或文字符号(如书写)，这即是表层结构的实现，句子的表层结构负载了句子的语法形式语义而进入语音领域；后者直接指向句子(指涉)的内容领域而生成为解释(即规范)句子指涉的内容意义的规则，即解释语义。换言之，解释语义就是句子的语法形式语义，它对句子内容的意义(即语义)进行语法的语义解释，所以称之为语义规则。乔姆斯基的这种对语法形式语义的致力探讨，其目的是要为语义学的语义研究提供一种避免歧义性的形式规则。
乔姆斯基的努力可谓苦心孤诣。他希望通过创立一整套自足的语法形式规则系统来使语言学建设科学化，但科学化的本身的就是无限制的类比学模的实现和浅表化，它体现出对非人文化的操作主义观念的极端追求。这就是结构主义语言学更多的指向人文科学的建设——而转换生成语言学主要地辐射于自然科学(准确地讲，是自然科学中的技术性科学)的根本原因，亦是使其后来的语言学的语义学研究和语用学研究始终无法走出语法形式规则模式的桎梏——而徘徊于语言符号与它代表的对象(或使用者及环境之间)的结构关系的困境中不能自拔的直接根源。
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