1.自贸试验区负面清单透明度的界定
在讨论自贸试验区负面清单的透明度之前应当先明确几个需要注意的问题：
（1）衡量透明度的参照性：“横向比较”与“纵向比较”；
（2）透明度的内容，包括“特别管理措施的限制”与“立法规定”（梳理工作）；
（3）透明度衡量指标，即“公众参与”具有两面性；
（4）应明确透明度与开放度之间的关系；
（5）自贸试验区的负面清单不同于BIT中的负面清单；
（6）未来四个自贸试验区的负面清单可能采取：“基础”+“补充”的模式。
国际上，负面清单原本是作为BIT附件的形式出现的。移植到国内立法中，负面清单的制订属于国家事权。自贸试验区的负面清单不同于BIT中的负面清单。除了调整对象不同，做出主体不同以外，其显著的区别还在于BIT负面清单本身并不体现开放的全部。因为一些禁止，如军工领域，是在BIT正文中就明确了的，故不用再体现于BIT负面清单之中。
随着自贸试验区的建立，国家授权上海开展先期探索并编制负面清单，目的是为日后出台国家层面的负面清单奠定基础。在这样的背景下，逻辑的前提是上海负面清单的编制需要受到“上位法”的约束与限制。从某种程度上讲，在现行法律体系下，负面清单中的每一条，都是在符合国家层面立法（包括法律、行政法规、部门规章）规定前提下才最终确定。
以2013版负面清单为例，外界当时的关注重点在于开放度够不够，对于透明度的关注其实是有限的。谈自贸试验区负面清单的透明度有一个参照系的问题。由于上海也在摸索，因此应遵循事务发展的一般规律，即从不透明，到改进，再到更透明。目前，负面清单的透明度正处于改进阶段。自贸试验区负面清单最重要的价值在于树立“模式”与推广“理念”，就好比从无到有，先造出一辆性能一般的汽车；不断提升透明度的过程，就好比在这辆普通汽车的基础上不断改进一样。
影响透明度的因素很多，包括“特别管理措施的限制”，以及负面清单内容背后的“立法规定”。上海所面临的难题在于，这些“立法规定”难以梳理甚至难以确定。一方面，中国的法律规范层级多，内容繁杂，这其中大量涉及主管部门的事权。自贸试验区客观上无法对其全部知悉，并于负面清单中列明所有规范。因此目前可行的做法是只看“法律”层级的规范，并在这个层面增强透明度。另一方面，“立法规定”本身就可能存在模糊性，甚至主管部门自身也不太了解有多少存有内在冲突的法律规范。
衡量透明度的指标，还有公众参与的问题。从正面看，这是透明度的体现；从反面看，这是给予外资游说的空间。我们需要明确透明度与开放之间的关系，有时候“不透明”的潜台词是“不开放”，即将“不透明”作为“不开放”的手段。应明确增强透明度不应背离国家利益，由于负面清单通常涉及国家利益，因此并非一味透明就好。如果某领域的透明公开符合竞争与效率，遵循市场经济的一般规律，便应该加强其透明度。例如，食盐领域应该开放，这样百姓就可以消费到更健康的食用盐。如果某领域的透明公开将危害到国家利益，那么就不适宜一味增加透明度。有时候，刻意不开放一些本可以开放的事项是出于谈判筹码储备的考虑。如需要之时通过“内国开放”换“外国开放”等。再比如，上海负面清单对于服务业的透明与开放，不意味着就适用于其他地区，例如影视产业等。
2.自贸试验区负面清单透明度的检验指标
（1）信息的透明度。
第一，信息直接公开（内容；对象；时间；方式），例如，直接在负面清单中明示投资限制的规定。
第二，信息易于获得（内容；对象；时间；方式），例如，在负面清单中告知投资限制的规定在哪里可以获得。
（2）信息透明度的质量。
第一，信息是否清晰、明确、准确；
第二，根据信息能够做出明确的判断。
（3）透明度与“法无明文禁止即可入”的关系判断。
第一，两者之间是否存在必然联系；
第二，上海作为地方政府能否协调两者之间的关系。
（4）过程的透明度。
第一，公众参与。除了涉及国家秘密等需要保留信息的部分外，应当允许公众（如，利害关系方代表）参与负面清单制定过程。
第二，解释与回应。负面清单公布后，对于公众，尤其利害关系方的质疑与评论应予以解释与回应，并公之于众。
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