高校和科研院所产出的相当部分研究成果被长期闲置，高新技术成果难以通过与企业合作真正转化为现实生产力。有统计数据表明，目前我国高校科技成果能够签约转化的不到30%，转化后能产生经济效益的成果大约只占被转化成果的30%。另据上海交通大学原校长谢绳武透露，“上海交大的教师申请专利每年都在1000项以上，但其中只有不到10%转化成了现实的生产力”，10%的转化比例显然比美国、日本等发达国家的平均成果转化水平60%—70%要小得多。[2]究其原因，有以下几方面：
（一）研发技术与市场实际需求之间存在脱节，高校和科研机构科研选题立项盲目
我国目前大部分采用“国家计划立项—政府财政拨款—高校和科研机构申请研究”的选题或立项的基本模式，由于我国专利意识相对淡薄，市场信息不充分，研究过程中缺乏企业参与、必要市场调研以及根据市场需求对科研方向的及时调整，致使研究结果一般是实验室原理样机或理论性的论文、专著，很少涉及工程性和工艺性问题，而与生产结合相对紧密的横向课题往往又因应用面过窄，难以被委托单位以外的大量企业推广及再次转化。
（二）高校和科研机构科研成果评价机制不完善，成果转化体制不顺
高校和科研机构科研成果的评价一般以科研人员个人承担的科研项目、发表的论文和获得的奖项作为科研考核的内容，过分强调量化指标，形成了重学术、轻市场的科研氛围，一定程度上刺激增加了短期行为，淡化了科研队伍的社会服务意识，制约了重大原创性成果的产生。此外，受历史原因的影响，我国高校和科研机构实行的是倚重行政手段的集中型科研管理体制，缺乏兼懂技术和管理的复合型管理人才，科技成果转化体制不顺。
（三）科技转化企业对高新技术与成果转化存在风险顾虑，高校及科研机构和企业之间往往存在着不同程度的利益矛盾
高校和科研机构的部分研究成果是适于产业化的，但需要调整生产过程或是进行二次开发才能实现真正的产业化，不确定性所带来的巨大风险是阻碍企业出资实行科技转化的最大障碍。面对我国现行科技创新项目风险共担机制不完善的现状，多数企业只愿意购买直接投产的新技术，而无力问津需要二次开发、见效周期长但更有前景的高投入、高风险、高回报的高新技术成果。
高校和科研机构与科技转化实体之间往往存在着经济方面的利益冲突以及实际操作过程中的合作障碍，如技术评估作价、资金比例等诸多方面。企业往往争抢利润丰厚、技术上好处理的环节，而把成本高、周期长、回报低的硬骨头扔给科研院所，长此以往高校和科研院所就不愿参与此类合作。另一方面是产权的归属问题，在一项科技成果出来之前，合作方早已开始考虑成果的归属问题，各谋所利，合作存在重重利益障碍。
（四）部分转制后科研院所深陷生存困境，宝贵的科技资源濒临损失
以2001年上海转制的90家各部委或市属科研院所为例，目前已有20几家倒闭，其余大部分勉强维持，只有部委的10多家转制院所发展趋势尚可。转制院所尤其是挂靠到企业的院所，一般得不到企业的任何投入，却背负上交一定比例年利润的负担，实力不强的院所面对市场濒临绝境。
科研院所改制的初衷是加紧科研与市场需求之间的衔接，加速科研成果的产业化，提高科技成果利用率，使之更好地面对市场，提高科技资源的利用效率。但是，目前科研院所转制后的机制应该说很大程度上与初衷不符。对此，某转制院所所长在访谈中表示：在院所直接面对市场的情况下，研发周期长的基础工作难以开展，经济利益和生存压力迫使院所采用买方案、买成果的短线运营机制，研发和盈利两条线分道而驰。建议重新考虑用工业经济的衡量体系来考核研究所的合理程度，改制后院所经济效益的下降直接导致了优秀人才的流失，来自市场的压力使各院所无心从事研发，从院所领导到科研人员的浮躁很不利于创新体系的建设。大院大所在业内明显的技术支撑效应和对中小企业的号召力是很多大规模企业所无法企及的，因此，这些院所是国家宝贵的无法替代的科技力量，对于其发展模式应重新予以权衡。
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