一是全省产业创新能力较弱，缺乏成长性好、产业链长、带动性强的新兴产业及重点优势产业，骨干产业产品处于产业链和价值链低端，缺乏竞争力和高附加值的产品，有效供给不足。2015年1～11月，全省六大战略性新兴工业产业累计实现增加值319.33亿元，同比增长5.3%，低于规模以上工业增速0.9个百分点，其中，节能环保产业增长0.6%，生物产业增长4.8%、新材料产业增长3.0%。六大战略性新兴产业占全部规模以上工业增加值的比重仅为9.6%。
二是全省产业服务 “四化”水平不高，产业配套不足，生产性服务业发展滞后。全省产业结构失衡等深层次矛盾和问题日益凸显，长期依赖拼资源、拼规模的发展模式使云南比其他省区市在转型发展上面临的困难更多，难度更大。
三是云南产业结构单一，“一烟独大”的产业格局还将持续一段时间。2015年，仅烟草制品业就拉动全省规模以上工业增加值增长1.6个百分点，增加值增幅贡献率高达23.5%，增幅贡献率较上年提升3个百分点，实现利润总额占全部规模以上工业利润总额的比重达55.0%，而规模以上非烟工业实现利润总额占全部利润总额的比重仅为45.0%，且非烟工业利润总额同比大幅下降，降幅高达28.4%，降幅高于全省规模以上工业行业18.9个百分点，高于烟草行业43.9个百分点。全省非烟工业占比低，效益差，阻碍全省产业结构优化升级，不利于云南整体经济提质增效。
四是产业聚集发展程度依然较低。云南除烟草、电力、化工、有色、钢铁5大行业集中度较高外，其他行业大企业 （集团）少，产业集中度低、竞争力不强，大企业、大集团培育不足，目前全省只有9家企业进入全国500强；轻工领域除两大烟草集团外，没有一家进入全国500强。全国民营企业500强中，云南只有5家企业进入。同时，云南产业发展聚集程度不够，突出表现在高端产业园区数量少，园区多以初级加工企业为主，产业链上下游延伸体系尚未建立；缺乏国家级产业园区，区内项目不多，处于 “散、小、弱”状态，导致云南引进大项目、培育大产业的载体缺失，园区发展同质化现象突出，配套协作化程度低，同质性竞争激烈，制约了园区的健康快速发展，难于有效形成产业聚集与集群发展。现阶段，云南产业聚集发展程度依然较低，产业聚集规模与产出效益与周边的重庆、贵州、广西等省区市相比仍存在不小差距，一定程度上影响了云南经济发展的速度。
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