我国人均和耕地亩均水资源量只有2100立方米和1400立方米，仅为世界平均水平的28%和50%；水资源时空分布不均，年内降水主要集中在6～9月，降水量和河川径流量的60%～80%主要集中在汛期，连续几个丰水年或枯水年的情况时常发生，春耕和秋冬种期间用水矛盾突出；水土资源匹配不佳，淮河以北地区耕地面积约占全国的2/3，但水资源量不足全国的1/5。
现有的灌溉排水设施大多建于20世纪50年代至70年代，由于管护经费短缺，工程坏损率高，大型灌区的骨干建筑物坏损率近40%，因水利设施老化损坏年均减少有效灌溉面积约300万亩。二是配套不全、标准不高。农田水利建设中大中型骨干灌区设施发挥作用需要微小型水利末级渠系设施的配套建设。目前大型灌区田间工程配套率仅约50%，不少低洼易涝地区排涝标准不足3年一遇，灌溉面积中有1/3是中低产田，旱涝保收田面积仅占现有耕地面积的23%。
20世纪90年代以来，全国平均每年因旱受灾的耕地面积近4亿亩，比70年代增长2.3倍，现在全国灌区每年缺水300亿立方米左右。目前，我国有灌溉条件的耕地仅为一半左右，全国农田年均受旱面积达3亿亩以上。北方地区水资源短缺矛盾尤为突出。东北和黄淮海地区粮食产量占全国的53%，商品粮占全国的66%，但黑龙江三江平原和华北平原很多地区超采地下水灌溉，三江平原近10年来地下水位平均下降2～3米，部分区域下降3～5米，华北平原已形成12万多平方公里的世界最大地下水开采漏斗区（包括浅层地下水和深层承压水）。今后受全球气候变暖影响，我国旱涝灾害特别是干旱缺水状况呈加重趋势，可能会给农业生产带来诸多不利影响，将对我国中长期粮食安全构成极大威胁。
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