《温疫论》通过观察和比较的方法在对急性传染病的发病规律和临床特点有了一系列新的发现之后，对外感六淫致病和伤寒六经辨证的经典模式大胆挑战，提出了一种新的假说，即后世所说的“戾气学说”。这种假说认为：产生温疫病的原因，不是风、寒、暑、温、燥火等气候变化所致，而是天地之间别有一种异气所感，异气又称作戾气或杂气。此气进入人体后，潜伏在膜原，膜原的部位外不在经络，内不在脏腑，处于半表半里之间，所以治疗上不可汗下，只能透达。伏邪传变的方式有9种，总的途径不出乎表里之间。如果邪从肌表外出，则出现斑疹，或战汗，或自汗；如果内传阳明，则出现腑实证，惟有攻下，而且必须一攻再攻，务使从膜原传入之邪逐渐消尽。作者详细描述了瘟疫的发热、战汗、舌诊、大便等许多独有的证候特点，附载了许多治疗病案，并且创制了20余首新方，从理法方药各个环节使这一假说初具规模。
《温疫论》中的假说对传统理论产生了巨大冲击，在17世纪下半叶的中国医学界引起强烈反响。当时的医家评价说：“独出心裁，并未引古经一语”；“议论宏阔，实发前人所未发”；“推究病源，参考医案，著成此书瘟疫一证，才有绳墨可守”。在此书之后，戴北山《广温疫论》、刘奎《松峰说疫》、杨栗山《寒温条辨》、陈耕道《疫痧草》、熊立品《治疫全书》和余霖《疫疹一得》等书相继问世，或扩展《温疫论》的影响，或完善它的理论，或充实它的治法，最终使得“戾气学说”由一种假说成为从病因、病机到诊断、治疗都比较完备的新的学说。
除此之外，吴有性注重临床实践，善于观察，长于比较，勇于突破前人窠臼的精神，对当时的温病学家是一种很大的鼓舞，在其影响下，长期依附于伤寒羽翼之下的温病学说，终于在清代初期脱颖而出，成为一门与伤寒学说并立的温病学说。如果说科学理论需要以假说作为铺垫和桥梁的话，那么，《温病论》提出的戾气学说，就是架设在伤寒六经辨证与温病卫气营血、三焦辨证这两大成熟的中医辨证体系之间的一座桥梁。
最后，还应当指出在《温疫论·论气所伤不同》这篇文章中，吴有性不仅指出致病的杂气是一种用肉眼看不见的物质，而且根据“生克制化”的原理，相信一定能够找到制服这些物质的药物。他认为传统的汗吐下三法只能将病邪逐出体外，具有一定的局限性，如果能够针对各种不同的病原体一一对应地找到制服它们的特效药，即“一病只有一药，药到病已，不烦君臣佐使，品味加减之劳矣”才是最理想的。历史的发展证实了这位杰出医家的预见性：西方科学家在其100余年之后，从显微镜下观察到了“杂气”确实是一些细小的病原微生物；300余年后，人类发明了磺胺、抗生素等可以制服病原微生物的特效药物，进一步实现了这位古代传染病学家的理想。
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