保持有效群体大小对育种核心种质延续具有指导意义。有效群体大小（Ne）为群体内所具有的相当于理想群体繁殖个体的数目（Nei，1975），在群体遗传学中占有十分重要的地位，这方面的研究在国外已有很多报道（Eknath et al，1990）。早期研究表明，为了避免近交衰退，确保群体短期内的生存能力，最小的Ne值应为50；如果要维持适当的遗传变异，进而确保长期的生存能力，Ne数量不应小于500（Soule et al，1980）。
对于水产物种总体适应性性状来说，10%的近交能引起3%～5%的衰退（马大勇等，2005）。迄今，水产养殖种类关于近交和近交衰退的研究主要集中在鱼类（Wang et al，2002）。在贝类养殖方面也有一些研究，如张海滨（2004）对海湾扇贝（Argopecten irradians）报道中，不同有效群体大小对海湾扇贝F1的生长和存活的影响，认为自交的确能对海湾扇贝的生长和存活带来明显不利的影响。因此在2008年经过家系选育结合群体选育建立了三疣梭子蟹快速生长品系，为了科学地指导种质保存和更新，以留种的有效繁殖群体为材料探讨三疣梭子蟹核心种质的保种数量，为今后核心育种群的种质可持续利用提供依据。
本实验在2008年9月选择发育良好快速生长品系第3代亲蟹696只，最小的158 g，最大的380 g，平均体重为240 g 6.12.4 g。亲蟹交配池的规格为：5m 35m 3.1.5 m，每个池子平均分为16个小网格，将挑选出的亲蟹按雌雄3：1的比例放到交配池中。雌蟹486只，雄蟹165只，交尾过程中由于雄蟹死亡，又补充45只。最终成功交配的雌蟹为292只，实际交配的雄蟹数为198只。亲蟹交配后，将交配成功的雌蟹转入越冬池中。越冬池规格为：4m 32m 31m，池底部分铺10 cm厚细沙，部分作为投饵区。每个水泥池放养50只，越冬饵料主要为沙蚕，投饵量按体重的5%。最终挑选186只抱卵亲蟹排幼，与之相对应的雄蟹为164只，产生22个半同胞家系。亲蟹排幼后，培育同常规方法。幼体达到Ⅱ期幼蟹，每个亲蟹培育的幼体等比例随机转移到室外120亩池塘中养殖。
计算公式：核心基础群体有效含量的计算公式（Eknath et al，1990）：
家系含量的均方和方差
群体有效含量（Ne）（Doyle and Talbot，1986）
式中：T：保种场父母本留种的总数，S：苗种生产中产卵的父母本个体数，Nn：新补充到保种群中的亲本数目。其中，Nnm：雄性亲本，Nnf：雌性亲本，Nr：新补充到保种群中产卵的亲本数目。其中，Nrm：雄性亲本，Nrf：雌性亲本，L：为世代间隔
近交系数增量的计算公式：
采用随机留种计算群体有效含量的公式：
其中：Ns为保种群中雄蟹的个数，Nd为保种群中雌蟹的个数
采用随机留种方法，计算需要雄蟹的公式：
在畜禽保种中，采用的留种方式有两种，随机留种和各家系等量留种。所谓随机留种就是将群体内所有公畜的后代放在一起，根据个体的表型值高低来选留后备种畜。而各家系等量留种是在每世代中，各家系选留的数量相等，而雌、雄保持原比例。群体雌、雄比例是影响保种效率的一个重要因素。对于一个保种数量一定的保种群，根据公式（3），当雌雄比例为1：1时群体有效含量最大。
根据关系式（5）可以看出，在近交系数增量（∆F）不变的情况下，延长世代间隔，可以使近交系数（Ft）变小。这一点对家畜、家禽来说比较重要，但是对三疣梭子蟹这些只能人工养殖一年的水产动物来说，延长世代间隔是不可能的。
近交系数Ft与近交增量∆F的关系式：
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