随着分子标记技术的飞速发展，对三疣梭子蟹的群体遗传学分析得到深入开展，主要包括同工酶标记、线粒体DNA分子标记、AFLP标记和RAPD标记（王国良等，2005；余红卫等，2005；刘爽等，2008；罗云等，2009），但目前尚未有利用SSR技术分析野生三疣梭子蟹群体遗传结构的研究报道。微卫星分子标记（SSR），由于具有共显性、多态信息含量高、遗传稳定、重复性好、较易操作等优势，在家系鉴定、遗传作图、群体遗传分析、育种计划及系统发生研究等多个领域得到广泛应用（Nichols et al，2003）。三疣梭子蟹作为我国重要的渔业经济品种，由于人工蟹苗短缺，长期过度捕捞野生资源导致环境日益恶化，各种病害相继爆发，出于保护野生资源及种质开发的需要，本书拟采用SSR标记对三疣梭子蟹野生群体的遗传多样性进行分析，同时也为人工选择育种提供数据支持。
本实验所用5个群体野生的三疣梭子蟹样品共120个个体，分别取自我国沿海的五个不同区域（图13）。舟山野生群体（ZS）采自浙江舟山群岛近海、海州湾野生群体（HZ）采自江苏连云港市海州湾近海、莱州湾野生群体（LZ）采自山东省莱州、鸭绿江口野生群体（YL）采自辽宁省鸭绿江口近海，每个群体24只，活体运回实验室，取大螯于280 ℃冰箱中保存用于提取DNA。
表27 8对微卫星引物的特征
微卫星引物8对，来自本实验室筛选的微卫星序列，引物序列见表27，引物由上海生工生物工程有限公司合成。采用PopGene（Version 3.2）、Cervus、Genepop V4 软件统计各微卫星位点的等位基因数（A）、有效等位基因数（Ne）、观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、Hardy-Weinberg 平衡χ2检验概率值（P）、遗传距离（genetic distance，D）、遗传相似性指数（I）。参照Botstein等（1980）的方法计算多态性信息含量（PIC）：
，式中：pi、pj分别为群体中第i个和第j个等位基因频率，m为等位基因数。群体遗传分化指数（Fst值）使用软件FSTAT2.9.2完成，根据遗传距离采用Mega3.1构建5个群体的UPGMA聚类树。
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