《手稿》在马克思主义理论中占有极为重要的地位，它被认为是“马克思主义形成的真正诞生地和秘密”。学界普遍承认《手稿》是创立马克思主义科学理论体系的起点，是实现人类思想史上伟大革命变革的开端。正是由于《手稿》作为马克思主义形成的决定性时期的作品，具有继往开来的意义，所以引起马克思主义理论的研究者们对它的强烈关注。
《手稿》的意义就在于，它改变了由英国古典政治经济学、德国古典哲学和法国空想社会主义所表现的三者分离状态，试图把政治经济学、哲学、科学社会主义学说结合在一起，形成一个相互论证、相互补充的整体。在《手稿》中，马克思第一次从经济上论证共产主义必然要代替资本主义的伟大尝试；马克思第一次在研究资本主义社会经济运动的规律中，把唯物主义和辩证法结合起来；同时也是马克思第一部由哲学转向研究政治经济学的成果著作。总之，马克思以对资本主义社会的研究作为基础，在初步阐发他的新世界观基本特征的前提下，第一次从哲学、经济学、社会主义学说三个方面有机地结合起来，进行了探讨、批判和论证，系统地、完整地阐明了自己的理论构架。这是无产阶级的伟大革命家、思想家马克思站在无产阶级的革命立场上，沿着新唯物主义路线，在剖析资本主义制度，批判资产阶级经济学说中，自觉创立无产阶级科学理论体系的开端，是在人类思想发展史上实现伟大革命变革的开端。
尽管《手稿》不是一部完全成熟的著作，但是把《手稿》放在整个历史过程中来考察，无论它的成熟和不成熟之处，对于说明马克思的思想发展都是重要的。我们不能因为它的不成熟之处，而贬低它的意义。任何人的思想都不是一蹴而就的，同样马克思的成熟思想不是一次完成的；他的哲学思想、经济学思想、科学社会主义思想发展也是不平衡的。尽管在马克思以后的理论和方法上摒弃或彻底改造了《手稿》中的某些观点，但包含了《手稿》已经取得成就，是沿着《手稿》开辟的从生产劳动中寻找历史根源的方向前进的。尤其是这部著作里面的对异化劳动概念的规定及其阐述，更是反映了当时马克思的思想蕴涵，以及所达到的理论水平的历史高度。
所以，《手稿》是马克思主义理论形成过程中的一部关键性的文献，它是马克思思想发生重大转变的标志性著作之一。尤其是其中的异化劳动理论，在马克思以后的研究中以各种形式融入到马克思主义经济学政治学、哲学等不同学科之中，从而成为马克思自己对哲学、政治经济学，以及共产主义等进行考察的基本的理论上的依据。因此，有学者还把异化劳动理论看成是一把解开历史之谜的钥匙。因为离开了《手稿》和异化劳动的理论，我们是无法理解马克思如何创立唯物史观的。
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