税收优惠，是指政府根据国家法律、行政法规以及有关的方针政策，利用税收制度，减少特定纳税人应履行的纳税义务，以此来补贴纳税人的某些活动或者相应的纳税人行为。针对农民专业合作组织的税收优惠政策有两个方面：一是享受国家规定的对农业生产、加工、流通、服务和其他涉农经济活动相应的税收优惠；二是针对农民专业合作社发展的特别税收优惠扶持政策，特别规定主要是针对增值税。
1.所得税方面。
（1）财政部、国家税务总局《关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税字〔1994〕001号）规定，对农村的为农业生产的产前、产中、产后服务的行业，即农民专业技术协会、专业合作社等，对其提供的技术服务或劳务所取得的收入暂免征收所得税。
（2）财政部、国家税务总局《关于国有农口企事业单位征收企业所得税问题的通知》（财税字〔1997〕第049号），对国有农口企事业单位从事种植业、养殖业和农林产品初加工业取得的所得暂免征收企业所得税。
（3）国家税务总局《关于明确农业产业化国家重点龙头企业所得税征免问题的通知》（国税发〔2001〕124号）明确规定，对从事种植业、养殖业和农林产品初加工的农业产业化国家重点龙头企业暂免征收企业所得税。
（4）国家税务总局《关于贯彻＜中共中央、国务院关于促进农民增加收入若干政策的意见＞落实有关税收优惠的公告》明确规定，对专营种植业、养殖业、饲养业和捕捞业的个体工商户或个人，对其所得不再征收个人所得税。
（5）国家确定的贫困县的农村信用社可定期免征企业所得税。其他地区的微利农村信用社可按照一般微利企业减低税率征收企业所得税。
2.增值税方面。
（1）《中华人民共和国增值税暂行条例》第十六条免征增值税条款规定，农业生产者销售的自产农业产品免征增值税。
（2）财政部、国家税务总局《关于农业生产资料免征增值税政策的通知》（财税〔2001〕113号）明确了部分农业生产资料免征增值税的规定，生产销售农膜，除尿素以外的氮肥、除磷酸二铵以外的磷肥、钾肥以及以免税化肥为主要原料的复混肥，部分农药、除草剂，批发和零售的种子、种苗、化肥、农药、农机等免征增值税。
（3）财政部、国家税务总局《关于饲料产品免征增值税问题的通知》（财税〔2001〕121号）明确了部分饲料产品免征增值税的规定，免税饲料产品范围包括单一大宗饲料、混合饲料、配合饲料、复合预混料和浓缩饲料。
（4）对合作社销售的农产品，符合《中华人民共和国增值税暂行条例》第二条第二款规定范围的，按13%的税率计征增值税。
（5）部分省（区、市）的税务部门规定，合作社销售成员和非成员生产和初加工的农产品免征增值税。
（6）财政部、国家税务总局《关于农民专业合作社有关税收政策的通知》（财税〔2008〕81号），除对合作社农业产品和农资购销免征印花税外，还对增值税作出了优惠规定，对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税；增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额；对农民专业合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税。
3.营业税方面。
（1）《中华人民共和国营业税暂行条例》第八条规定，农业机耕、排灌、病虫害防治、植物保护、农牧保险以及相关技术培训业务，家禽、牧畜、水生动物的配种和疾病防治，免征营业税。
（2）1994年税改后营业税的免税项目规定，由国家社团主管部门批准成立的非营利性社会团体按规定标准收取的会费等，不征收营业税。
（3）财政部、国家税务总局《关于对若干项目免征营业税的通知》（财税字〔1994〕第2号）规定，将土地使用权转让给农业生产者用于农业生产，免征营业税。
（4）国家税务总局《关于农业土地出租征税问题的批复》规定，将土地承包（出租）给个人或公司用于农业生产收取的固定承包金（租金）免征营业税。
（5）国务院《关于调整金融保险业税收政策有关问题的通知》（国发〔1997〕5号）规定，对农村信用社营业税，在1997年12月31日前减按5%税率征收，1998年1月1日起恢复按8%的税率征收（注：后来实际是改为按6%税率征税）。
4.部分地方税收规定。
各地方政府重视发挥合作社的作用，扶持合作社发展的政策更加具体，税收更加优惠。
（1）免征房产税和城镇土地使用税。浙江、黑龙江、江西等省免征合作社部分房产税和城镇土地使用税。浙江省地方税务局《关于农民专业合作社若干税费政策问题的通知》规定，对合作社的经营用房，免征房产税和城镇土地使用税。黑龙江、江西等地也有类似规定出台。
（2）灵活抵扣增值税。江苏、广东等省规定，合作社普通发票具有与增值税发票相同的效力，广东省国家税务局《关于进一步加强农民专业合作社税收管理有关问题的通知》规定，增值税一般纳税人从农民专业合作社购进免税农业产品，凭合作社开具的农产品销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。
（3）扩大增值税优惠范围。浙江、江西等省扩大增值税优惠范围。浙江省制定的《浙江省农民专业合作社条例》规定，合作社销售非成员农产品不超过合作社成员自产农产品总额部分，视同农户自产自销。
（4）免征营业税。黑龙江、安徽、江西、四川、湖南、重庆等地免征合作社部分营业税。黑龙江省制定的《黑龙江省农民专业合作社条例》规定，合作社从事农业机耕、排灌、病虫害防治、植物保护、农牧保险以及相关技术培训业务，家禽、牲畜、水生动物的配种和疾病防治，免征营业税。四川、湖南、重庆等地也都作出类似规定。浙江省进一步对从事农业机耕、排灌、病虫害防治、植保、农牧保险以及相关技术培训业务，家禽、牲畜、水生动物的配种和疾病防治所取得的收入，免征营业税、城建税、教育费附加和地方教育附加。对农民个人发展农家乐休闲旅游、红色旅游、森林旅游和民俗风情旅游，按期纳税的营业税起征点提高到5000元。对为农村提供垃圾处理、污水处理和保洁服务取得的劳务收入，免征营业税、城建税、教育费附加、地方教育附加和水利建设专项资金。
（5）扩大免征印花税范围。江西省农业厅、财政厅等八部门联合印发的《关于加快农民专业合作社发展的若干意见》规定，被国家指定为收购部门的农民专业合作社，与村民委员会、农民个人订立的农副产品收购合同免纳印花税。
（6）免征税务登记证工本费。重庆、广东、山东、安徽、辽宁等地免征合作社税务登记证工本费。重庆市农委、国税局、地税局联合印发的《关于做好农民专业合作社税收优惠工作的通知》，要求重庆市各国税、地税部门要积极引导合作社按照税法的规定办理税务登记证，落实免收税务登记工本费的政策。广东、山东、安徽、辽宁等地也有类似规定出台。
（7）灵活核定纳税申报期限。重庆市《关于做好农民专业合作社税收有关工作的通知》规定，要从合作社生产销售的实际情况出发，注意区分季节性、临时性生产销售行为和不间断、经常性生产销售行为，根据税法规定，灵活核定合作社的纳税申报期限。
（8）提供税收咨询和服务。重庆市《关于做好农民专业合作社税收有关工作的通知》规定，各地国税、地税部门应有针对性的对本区域合作社开展办税辅导，解答有关合作社涉税规定的咨询，一次性告知办理发票领购、享受税收减免所需资料、办理流程等，对符合政策规定的合作社辅导其办理减免税手续，为农民提供便捷、高效的服务。
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