项目申报程序和要求主要有：首先，省级农村经营管理部门（以下简称“主管部门”）根据农业部颁布的《农民专业合作组织示范项目申报指南》要求，组织指导本地区农民专业合作组织项目申报工作。省级主管部门在组织项目申报工作中，要充分征求和听取种植、畜牧、水产等产业主管部门的意见。农民专业合作组织按照章程规定，经过民主程序，在资金使用范围内，集中申请1—2个项目建设内容，填报项目申报书。其次，项目申报书一式6份，经农民专业合作组织法定代表人签名后，留存1份，将其余5份送当地县级主管部门审核。县级主管部门审核并签署意见后，留存1份，将其余4份上报省级主管部门。最后，省级主管部门在申报数量限额内组织审核、筛选和排序，提出项目建议，连同项目申报书，以财（计财）字文件分别报送农业部农村经济体制与经营管理司（2份）和财务司（1份）。
申请项目的农民专业合作组织在按以上程序报送项目申报书的同时，须报送以下材料的复印件：合作组织章程；营业执照（注册登记证书）、组织机构代码证及工商登记机关登记在册的成员名单；管理制度（包括财务管理制度）；当年资产负债表和收益分配表；产品注册商标证书、获得的名特优产品证书，无公害农产品、绿色食品、有机食品或相应生产基地认证证书，地理标志认证证书，中国农业名牌等知名商标品牌证书，执行的生产质量安全标准文本，获得的省、市级示范专业合作组织（合作社）表彰的相关文件等。
一般来说，检查验收工作具体由各级农村经营管理部门牵头，组织相关专家、部门领导、合作社辅导员等组成检查验收小组负责。主要采取听取汇报、现场查看、查阅资料与走访成员相结合的办法，实行现场打分，综合评定。检查验收主要针对合作社所在省市的重视情况、合作社自身的建设情况、合作社对项目资金的利用情况，以及工作实施进展与成效。检查验收工作分三个阶段进行：第一阶段，由各合作社按照验收内容进行自查，形成合作社示范项目总结报告，并上报省级主管部门；第二阶段，由各省级主管部门对所辖区示范项目建设情况进行验收，并形成验收报告，报农业部；第三阶段（每年12月31日前），由农业部组织对示范组织建设情况进行检查验收。
此外，从2012年开始，农业部组织实施的农民专业合作组织示范项目已与财政部组织的农民专业合作组织项目合并为专项转移支付项目。尽管项目资金支付下拨渠道发生变化，但组织实施和管理的主体依然是各级农业主管（农村经营管理）部门，有关管理办法已在不断探索和完善之中，各级辅导员可根据当年下发的有关通知要求执行。
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