要想成为一个合法的市场经济主体，必须进行设立登记，农民专业合作社在设立登记的过程中，一般要经过以下几个主要程序。
（一）召开设立大会
在农民专业合作社进行注册登记之前，首先要召开设立大会。设立大会由全体愿意加入农民专业合作社的成员参加。在召开设立大会的过程中，需要完成以下事项：
（1）通过全体设立人一致同意的章程。章程是规定农民专业合作社相关主体共同遵守的规定或协议。因为农民专业合作社绝大多数成员是农民，如何起草章程就成为摆在农民专业合作社成员面前的一道难题，为了解决这一问题，也为了使章程做到规范，农业部专门出台了《农民专业合作社示范章程》，这给各个农民专业合作社提供了一个样本或范本，减少了起草成本和难度。因此，从总体上来说，各个农民专业合作社的章程基本内容都是一致的，只不过在有些条款中不同合作社各有侧重。召开设立大会，全体设立人要对章程进行认真审议，最后由所有设立人在起草好的章程后面签字、盖章，表明所有设立人将在农民专业合作社运行过程中承认章程规定的所有条款，履行赋予的义务。
（2）选举产生理事长、理事、执行监事或者监事会成员。设立大会召开的过程，也是选举产生农民专业合作社主要管理成员的过程。首先要由全体设立人选举产生理事长，因为理事长是合作社的法定代表人，后期的一系列活动都要由理事长来主持。此外，如果农民专业合作社中设立理事会、执行监事或者监事会，那么在召开设立大会的时候也要一并由全体设立人选举产生。
（3）形成设立大会纪要。整个设立大会是如何进行的，经过了哪几个程序，形成了哪些决定，对于这些事项都要做完整的记录，这个记录就是设立大会纪要。设立大会纪要要保存完好，因为在到登记机关进行注册登记的时候，需要提交该纪要。一般情况下，设立大会纪要要有两份，一份原件和一份复印件，其中一份自己保存留作档案，另一份交登记机关。
（二）进行设立登记
按照《农民专业合作社法》及《农民专业合作社登记管理条例》的规定，工商行政管理部门（工商局）是农民专业合作社登记机关。国务院工商行政管理部门负责全国的农民专业合作社登记管理工作。县（旗）、县级市工商行政管理局和地区（州、盟）、地级市工商行政管理局的分局，以及直辖市的工商行政管理分局负责本辖区内农民专业合作社的登记。
1.登记项目 农民专业合作社需要登记的事项包括以下几项：
（1）名称。工商登记机关主要审核名称是否合适、是否和本辖区内已登记的同类合作社的名称相同、是否需要预先核准等。凡是涉及“种子生产经营”“种畜禽生产经营”“化肥、农药等生产资料的生产经营”等需要进行登记前置许可的农民专业合作社，都需要进行名称预先核准。
（2）住所。工商登记机关主要审核住所是否具备，是否有住所使用证明。农民专业合作社应当标明住所所在县（市、区）、乡（镇）及村、街道的门牌号码。
（3）出资额。登记机关审核农民专业合作社的出资清单，并以出资清单上载明的出资总额作为农民专业合作社的出资额。
（4）业务范围。工商登记机关主要审核农民专业合作社章程中规定的业务范围是否适宜其真实的业务实际，是否有需要进行前置许可的义务范围，如“种子生产经营”等。
（5）法定代表人姓名。也就是理事长的姓名。工商登记机关要审核该法定代表人是否有任职资格，是否还担任其他同类农民专业合作社的理事长或管理职务，因为在法律中规定，农民专业合作社的理事长不得担任同类性质农民专业合作社的理事长、理事、监事等。
2.登记需提交的文件 普通情况下，农民专业合作社登记时需要提交的文件有八项：
（1）登记申请书。在申请的过程中需要填写设立登记申请书（见表1-1）。
表1-1 农民专业合作社设立登记申请书
（2）全体设立人签名、盖章的设立大会纪要。
（3）全体设立人签名、盖章的章程。
注：（2）和（3）中，如果设立人是自然人，则需要用钢笔、毛笔或签字笔在设立大会纪要、章程上签名，自然人以外的设立人要加盖公章。
（4）法定代表人、理事的任职文件及身份证明。例如，法定代表人要填写下表，以证明其身份（见表1-2）。
表1-2 农民专业合作社法定代表人登记表
（5）载明成员姓名或者名称、出资方式、出资额以及成员出资总额，并经出资成员签名、盖章予以确认的出资清单（见表1-3）。其中的出资方式可以是货币、实物或知识产权等。以货币作为出资的填写“货币”，以实物、知识产权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作为出资的，填写非货币财产的具体种类，如房屋、农业机械、注册商标等。对于出资额，如果成员以货币出资，则为出资的实际数额，如果成员以非货币财产出资，则是由全体成员评估作价的货币数额。
表1-3 农民专业合作社成员出资清单
（6）载明成员姓名或名称、公民身份证号码或者登记证书号码和住所的成员名册，以及成员身份证明（见表1-4、表1-5）。《农民专业合作社登记管理条例》第十五条规定，农民专业合作社的成员为农民的，成员身份证明为农业人口户口簿；无农业人口户口簿的，成员身份证明为居民身份证和土地承包经营权证或者村民委员会（居民委员会）出具的身份证明。农民专业合作社的成员不属于农民的，成员身份证明为居民身份证。农民专业合作社的成员为企业、事业单位或者社会团体的，成员身份证明为企业法人营业执照或者其他登记证书。
表1-4 农民专业合作社成员名册
表1-5 农民专业合作社成员身份证明复印件
（7）住所使用证明。如果农民专业合作社以成员自有场所作为住所的，应当提交该农民专业合作社有权使用的证明及场所的产权证明；租用他人场所的，应当提交租赁协议及场所的产权证明；因场所在农村没有房管部门颁发的产权证明的，可提交场所所在地村民委员会出具的证明。
（8）全体设立人指定代表或者委托代理人的证明。办理农民专业合作社登记事项需要指定代表或委托代理人。为此，全体设立人要出具证明，并在证明上标注是否同意该代表或委托代理人修改有关表格的填写错误，写清指定或者委托的有效期限，在证明上粘贴该代表或委托代理人的身份证复印件。
（三）取得营业执照
《农民专业合作社登记管理条例》第十六条规定，“申请人提交的登记申请材料齐全、符合法定形式，登记机关能够当场登记的，应予当场登记，发给营业执照。”也就是说，只要农民专业合作社提交的申请材料符合法律法规的要求，登记机关就应该无条件地给予登记并发给营业执照，而且按照规定，农民专业合作社登记不收取任何登记费。此外，如果农民专业合作社申请过程中有些条件不符合，或有瑕疵，登记机关也应当就是否给予登记作出说明，按照要求，受理机关应当自受理申请之日起20日内，作出是否登记的决定。予以登记的，发给营业执照；不予登记的，应当给予书面答复，并说明理由。营业执照签发日期即为农民专业合作社成立日期。营业执照有正本和副本之分，并具有同等的法律效力。正本应置于住所的醒目位置。自取得营业执照之日起，农民专业合作社就成为合法的市场经营主体，就可以从事合法的生产经营活动了。获取营业执照之后，为了使生产经营顺利地进行，农民专业合作社还需到税务部门办理税务登记，取得税务登记证明，以便税务部门进行监管。随后，农民专业合作社拿着营业执照和税务登记证明，到银行开立农民专业合作社专有的银行账户，以便进行存贷款业务以及货款的往来。
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