一、新鲜水果蔬菜中微生物的污染来源
一般情况下，正常果蔬内部组织是无菌的，但有时在水果内部组织中也有微生物。例如一些苹果、樱桃的组织内部可分离出酵母菌等，这些微生物在开花期已经侵入，如苹果通过花萼进入并生存在果实的心室内，但这种情况仅属少数。通常果蔬表面覆盖一层蜡质状物质，可阻止微生物的侵入。只有在收获、包装、运输、贮存等过程中果蔬表皮组织受机械损伤或昆虫刺伤，微生物就会从伤口进入并进行繁殖，从而导致果蔬的腐烂变质，尤其是成熟度高的果蔬更容易受损伤。
新鲜水果蔬菜及其制品中微生物的污染主要来源于土壤、水、空气、动物、人、设备和用具、包装材料和容器及原料和辅料。
（一）源于土壤的微生物
土壤是微生物最适宜的生长环境，土壤中微生物的数量和种类都很多。土壤微生物主要以细菌为主。果品蔬菜在生产及加工过程中接触到土壤，都会导致微生物的污染。因此，果品蔬菜加工过程中必须清洗，以除去其表面附着的微生物。
（二）源于栽培及加工用水
水是微生物广泛存在的第二个理想的天然环境。因为水中含有微生物生存所必需的各种营养物质。水中微生物主要来自于土壤、空气、人畜排泄物、生活污水、工业污水和动植物尸体等。
为避免加工用水对果蔬原料的污染，果蔬加工要求使用的水必须符合生活饮用水卫生标准，且不能重复使用。
（三）源于空气传播
由于空气中营养物质缺乏，且受阳光中紫外线照射与干燥的影响，故不利于微生物生长。但土壤飞起的尘埃，水面吹起的水滴，人和动物体表干燥脱落物与呼吸道排泄物等在进入空气的过程中，将微生物带入空气。人在咳嗽或谈话时产生的气溶胶也是空气中微生物的来源。
此外，人、动物、加工设备、器具、包装材料等也是微生物污染食品的主要途径。
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