1．按写作目的可分学术论文与学位论文
学术论文：是某一学术课题在实验性、理论性或观测性上，具有新的科学研究成果，或创新见解和知识的科学记录；或是某种已知原理引用于实际中取得新进展的科学总结；可以在学术会议上宣读、交流或讨论；或在学术刊物上公开发表；或以其他形式报告。
学位论文：是为取得各级学位而撰写的论文，表明作者从事科学研究取得创造性的结果或者说创新。包括学士论文、硕士论文、博士论文。
2．按论文的学科性质可分为基础医学研究论文和应用医学研究论文
基础医学研究论文：是对医学基础理论问题进行研究、分析，进而阐明生命或疾病本质规律的论文。研究手段以实验室研究和现场研究为主，包括生理学、生物化学、病理学、药理学、遗传学等医学基础科学研究。
应用医学研究论文：包括临床医学研究论文和预防医学研究论文。通过分析疾病病因、诊断治疗、预后等现象，阐明疾病发生、发展规律，为疾病防治提供科学依据。
临床医学研究论文分为：临床经验体会、病例报告、病例报告、病例分析、病案讨论、临床经验总结、专题研究报告、新技术新方法等。
3．按论文的研究手段可分为调查研究性论文、观察研究性论文、实验研究性论文
（1）调查研究性论文：通过调查方法获取数据而撰写的医学论文。
（2）观察性研究论文：通过观察方法获得资料而撰写的医学论文。
（3）实验研究性论文：通过实验手段获得资料而撰写的医学论文。
4．按论文内容和发表形式可分为论著、综述、短篇报道、病例报告、讲座、指南等，基本上按期刊栏目进行划分
（1）论著：又称原始论文，多为基础或临床前瞻性研究和回顾性研究论文。
（2）综述：是作者根据某一专题研究或学术问题所掌握的历史背景、研究现状、前景展望、争论焦点、已经解决或尚未解决的问题，结合自己工作实践中总结的观点或评论而撰写的论文。
（3）短篇报道：是对某一有价值或有苗头的重要研究的初步成果而撰写的论文。
（4）病例报告：对罕见病、少见病或个别疑难疾病的临床诊断治疗报道，通常仅有一例或几例。
（5）调查报告：针对某种疾病，如传染病、地方病、职业病或某种致病因素，如传染源、污染源、放射源或致病微生物等所进行的调查而撰写的分析、评估等。
（6）经验交流：结一定时期内积累的临床资料经回顾性分析、整理面而撰写的论文。
（7）讲座：主要是在某一领域学术造诣较深的专家受杂志编辑部之约，就某些专题内容，结合自己的研究成果或实践经验而撰写的论文。
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