第八届国际法委员会草拟的一项条款授权沿岸国把外国军舰的通过置于事前征得许可或事先通知的限制之下。但该提案和其他任何提案都没有在1958年日内瓦会议的全体会议上获得多数。奥康内尔和谢尔勒在《国际海洋法》一书中指出：“奇怪的结果……是日内瓦公约没有包含关于军舰通过领海的任何条文规定，但在公约的第二十三条中仍包含了国际法委员会所提供文本条文的痕迹，即如果军舰不遵守沿海国的规章，沿海国可要求该军舰离开领海。”[36]
对1958年公约的条文有三种可能的理解：（1）第十四条“所有船舶”的表述，如果没有相反的意思，应包括军舰，并在这种情况下，军舰应与所有其他船舶一样享有无害通过权；（2）第十四条“所有船舶”仅指商船，因为如果有清楚地给予军舰无害通过权的意思，则应予以明文规定；（3）公约对该事项没有作出规定，因此它仍然是一个习惯法问题。最后一种理解似乎是合理的答案；但是不幸的是，关于这一问题的习惯法本身也是不清楚和有争议的。[37]
签署或批准1958年公约的国家，就军舰无害通过的问题纷纷提出保留或声明。例如保加利亚的声明是，“保加利亚人民共和国政府认为，沿海国有权制定关于准许外国军舰通过其领海的秩序”。捷克斯洛伐克的声明是，“鉴于会议未通过关于军舰通过外国领水的专条，捷克斯洛伐克共和国政府认为有必要强调指出，第十四条和第二十三条在任何意义上都不能解释为确立了军舰无害通过领水的权利”[38]。哥伦比亚、匈牙利、苏联等国也作出了类似的声明或保留。
1958年公约关于军舰无害通过问题的模糊不清的规定也使各国在领海立法上各行其是。有的国家规定外国军舰未经许可不准通过其领海，如缅甸《领海和海洋区域法》（1977年）、巴基斯坦《领水和海域法》（1976年）、斯里兰卡《海洋区域法》（1976年）等。有的国家则规定，外国军舰通过领海必须事先通知或附有其他条件。如丹麦1976年2月27日关于外国军舰和军用飞机和平时期进入丹麦领土的法令第二部分规定，“外国军舰经事先通过外交途径发出通知，享有通过领海的权利”，“三艘以上同国籍的军舰同时通过领海，须通过外交途径事先获得许可”[39]。只有少数几个国家规定军舰享有无害通过权，如南斯拉夫1965年5月22日的法律。
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