对“为科举制平反”有所怀疑的论者，最常说的一个观点，便是指责科举制有利于巩固封建统治秩序，所以罪大恶极，不应为之平反。其实，这又是对科举的一个误解，而且可能是最严重的一个误解。
许多人都谈到科举制对君主专制制度的支撑作用，有的人甚至直接称科举制为“科举专制制度”。这种论点背后实际上潜藏着一种对中国历史的假设或前提，即如果没有科举制，古代君主专制统治就很难维持下去。这就像指责科举造成16世纪以后科技落后于西方的看法，背后实际上隐藏着“如果没有科举制中国也会在当时产生近代工业”的观点一样。
其实，科举制不等于专制制度。人类文明是多元的，不宜以近代化或西化后的尺度来衡量古代的东方文明形态。中国如果没有外来因素的介入，可能在相当长的时期中都很难走出古代的历史空间，也不见得会自动产生共和体制。没有科举制，专制统治照样存在，只是其选拔官员的方式更混乱，官场更为腐败，通过世袭或买官跑官、讨好有荐举权力的权贵而走上仕途的人，可能更贪婪，对黎民百姓可能更无情。
记得我于1977年考上厦门大学历史系以后，当时所学的《中国古代史》课程，采用的是另一所重点大学历史系编撰的全国广泛流通的教材，还带有浓厚的“文化大革命”痕迹，十分偏重农民起义的内容。在不厌其烦地叙述每个朝代末的农民起义之后，总要分析几点起义失败的原因，其中无一例外的都有一条“因为没有无产阶级领导”。现在看来这种模式化的分析套路相当可笑，当时怎么可能有无产阶级领导呢？就是取得了胜利又怎么样呢？按照那种历史逻辑，不是成王败寇，而是“胜者成罪恶，败者应歌颂”。元末朱元璋领导的起义大军，因为成功了，便成为罪恶的统治者；若他失败了，恐怕就变成值得歌颂的农民起义。其实，在唐宋以后，即使是农民起义军掌握了政权，或者说取得了胜利，所建立的也只能是君主体制，而且也自然而然地会跟着采用科举制度。如明末李自成建立的农民政权和清代太平天国政权，也都实行科举制度。辽、金、元、清朝等少数民族政权也不例外，或迟或早都实行了科举制度。这说明科举这种人才选拔方式，在隋唐以后的中国历史上，具有普遍存在的理由和必然性。
而且，如果将科举制等同于专制制度的话，那么1905年清朝政府废科举，不是自己“革”了专制制度的命了吗？如果说实行科举就是实行专制制度的话，那么李自成政权和太平天国政权都实行科举制度，那就是说农民起义军也都实行专制制度吧？如果凡是有利于维护君主统治和古代社会秩序的东西都该否定，那么，中国历史上的学校、书院、儒学等，哪一样不是为当时的君主统治服务的呢？是不是也都该否定呢？
只是，否定了作为中国传统文化的主干的儒学，否定了科举及其选拔出来的百十万举人和进士，中国历史到底还剩下多少东西呢？大概给人的印象便只有阶级斗争和吃人的历史。然而许多地方的政府和民众出于对本地历史上优秀人才的尊重，出于敬重先贤的朴素感情，近年来已经自动自发地保护科举文物、建立纪念进士和举人出身的先贤的场馆，以本地曾产生过众多的进士和举人为荣，他们才不管那些痛骂科举的理论说教。
科举从制度设计上说，并不是一种恶制。梁启超认为：“科举弊政乎？科举，法之最善者也。古者世卿，春秋讥之。讥世卿，所以立科举也。世卿之弊，世家之子，不必读书，不必知学，虽骏愚淫佚，亦循例入政，则求读书求知学者必少，如是故上无才。齐民之裔，虽复读书，虽复知学，而格于品第，未从得官，则求读书求知学者亦少，如是故下无才。上下无才，国之大患也。科举立，斯二弊革矣。故世卿为据乱世之政，科举为升平世之政。”[8]他还在1910年说，“科举，非恶制也”，并提出恢复科举制的呼吁[9]。梁启超力主恢复科举制的1910年，正是他政治上最激进、主张采用革命手段推翻清朝帝制的时候[10]。
任何时代、任何社会、任何国家都有一个人才选拔的问题，专制时代如此，民主共和社会亦然。但采用什么方式来选才，则大不一样，考试选才是采用较为公平客观的竞争方式。领导中国建立共和体制的孙中山，是对科举制评价最高的著名人物。民国甫一建立，孙中山就在临时政府有关参议院议决“文官考试令”的咨文中指出：“任官授职，必赖贤能；尚公去私，厥唯考试。”[11]1918年，孙中山甚至直接指出废科举是因噎废食，他说，科举考试为“中国良好之旧法”，“往年罢废科举，未免因噎废食。其实考试之法极良，不过当日考试之材料不良也”[12]。看到中国共和体制的缔造者孙中山如此直截了当为科举制平反的言论，你还能说科举制就只是维护专制统治的工具吗？
考试选官方式与专制统治制度之间并没有必然的联系，它既可以为帝制时代所采用，也可以为共和体制所采用，还可以为当代中国所采用。科举制是帝制时代的考试取士制度，走出君主体制，就不可能恢复科举制度了。但后来实行的考试选才办法从公平竞争原则和平等择优的方式来看，是与科举一脉相承的。科举制百年祭的2005年，也是中国公务员考试热到顶点的年份，部分职位报考与录取比例最高达到1∶1000。从考试内容来看，科举考试与公务员考试当然不可同日而语，但从公开报名、考试竞争、择优录取的原则来说，两者实际上是一致的。说到底，考试选才就是公平竞争的手段，并非中国帝制时代的专利。难能可贵的是，我们的祖先在那么早就发明了这种先进的选拔方式。
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