（一）学科逻辑不够清晰
学科逻辑模糊、体系不完整是制约数字出版教育发展的决定性因素。每个学科都必须遵循自身特有的学科逻辑，系统地组织相关知识内容。但从数字出版的办学定位来看，各高校普遍认为该专业是一种通才教育，既要懂一点文史哲政经法和数理化，又要懂数字出版物的出版全流程，还要掌握各类实务操作。这就造成了数字出版专业受外部因素干扰过多，而使自身学科逻辑、培养规格等变得模糊不清，结果不仅是学生无法掌握坚实的出版理论和熟练的出版技能，还令数字出版成为传播学、情报学、图书馆学、新闻学等其他学科的附属物（如数字出版专业对新闻传播学院系的依附，数字出版课程对其他专业课程的依附等）。
学科逻辑模糊带来两个严重的后果：一是毕业生苦苦谋职，业界却招不到合适的人才；或毕业生什么都会但什么都不精，到企业后难以独当一面，企业还得重复培训；二是相较于其他稳固的传统学科，数字出版专业很难获得其所跨学科专家的一致认同，导致学科认同度低。
（二）行业结合仍需深入
数字出版业主要是由技术牵引发展的，这就不可避免地产生教育落后于产业、学校与业界关系不够紧密甚至脱节的现象。
首先是教学内容与行业需求的脱节。 目前大多数高校非常重视所传授知识的综合性、广泛性，却缺乏与数字出版实务相结合的实践性、实用性，致使高校培养出来的人才在从事具体工作时无所适从，短期内难以适应，无法圆满完成工作任务。即使有部分高校迫于行业现实压力，已经加强了教学内容的实践性，但那种非系统的、临时凑补的培养模式仍不能消除毕业生就业时的尴尬。
其次是教育理念与行业发展的脱节。近年来数字出版呈现全球化的趋势，尤其是加入WTO后，我国的出版业更多地参与到版权贸易、出版交易等活动中。但高校的教育管理者在思想上却没有跟进数字出版全球化、市场化、网络化的步伐，进而导致了学生在经营管理、市场营销等方面知识结构的不足。
（三）教学设施更新较慢
相较于体系稳固的传统学科，数字出版专业的学术认同度、学术声誉并不高，这就导致了资金等方面投入的不到位，进而数字出版专业的教学器材也无法得到及时更新。但相反的是，科技在不断发展，企业为了获得最大化利润，一般都会采用最新的设备来降低成本。这无疑形成了一个矛盾——学生在校所学的技能可能在业界已经过时或淘汰了，这给刚入社会的毕业生适应社会、适应工作带来了一定困难。
（四）教学体系需要规范
数字出版专业的教材明显存在体系混乱不健全、缺乏权威性、与出版实践相脱节等问题。具体表现为：有的教材内容陈旧、与其他教材重复，缺乏严谨性和科学性，观点缺乏创新；有的教材注重理论，脱离实际；学科前沿的、科技含量较高的新开课程教材严重缺乏等。
数字出版的课程方面主要存在三个问题：
1.逻辑模糊
课程是基于学科逻辑设置的，数字出版学科逻辑的模糊造成了课程逻辑的模糊与混乱。主要表现为：课程群结构不清，数字出版、网络出版、新媒体出版课程之间存在差异不明显，内核和外延的逻辑缺乏关联，因产业发展而仓促设置课程的现象时有发生。
2.两重两轻
即重文史轻科技、重理论轻实践。现开设数字出版的院校大多具有传统出版教育背景，因此在教学组织上，往往会根据已有的知识背景进行课程设置，概念、原理等理论构建的讲授漫天飞，却鲜对数字出版中的实践性、操作型问题给予关注。这就严重背离了数字出版业“应用型”的培养目标。当然，目前部分高校已开始重视学生实践能力的培养，但在具体安排上仍比较模糊，远远没有取得预期的效果。
3.缺乏前瞻性
大部分高校的数字出版人才培养未能紧跟时代发展趋势，开设注入信息管理系统、电子出版、跨媒体出版等课程，市场营销、财务管理类课程更是少之又少。即使开设了相关课程，也由于教师缺乏相应的数字出版实战经验而使教学水平大打折扣，这就使培养出来的学生在一些前沿技术性数字出版工作上很难达到企业标准。
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