《自然体系》是林耐最重要的著作

林耐将生物体系化的理论发表在他1735年在荷兰莱登用拉丁文出版的《自然体系》（Systema Naturae）一书中。其第一版只有7页（有的文献说是8页）。其内容除植物外，还包括动物和矿物，故名之为“自然体系”。林耐将自然界分为三个界：矿物界、植物界和动物界。把自然界划分为三界的理由是：矿物和植物都能生长；动物除了生长，还有感觉。他独自进行研究的主要是植物界。林耐首先将植物界分成四个分类等级或范畴：由种（Species）开始，上面是属（Genus），再上面是目（Order）、纲（Class）。这是“林耐式等级分类体系”。在他的分类等级中没有设立科（Family），林耐就是用这四个等级将植物界体系化的。林耐说：“体系化是植物学中的阿里亚德妮（Ariadne）之线，没有它的话，植物学就会陷入混沌（chaos）。”^[1]

《自然体系》反复再版。到1758年已出到第10版。由第1版的7页纸扩充为2 500页的巨著。这一版包含了更为重要的内容。他在这一版中，不仅对植物分类增加了更多内容，而且对动物进行了分类。他将动物界分成6个纲：蠕虫纲（是一大杂烩纲）、昆虫纲、鱼纲、两栖纲（将爬行动物放入此纲）、鸟纲和哺乳纲。林耐根据乳腺的有无，划分出哺乳纲，从而将形似鱼的鲸和海豚列入哺乳动物纲中。根据基督教教义，人类是上帝特殊创造的，人类的起源与动物是截然不同的，人类是由亚当与夏娃繁衍出来的芸芸众生。而林耐却勇敢地向基督教的这种偏见发起挑战，他将人类归入到动物界里，并且正确地认定人类与猿猴类为近亲，故将人类置于哺乳纲灵长目内，这在林耐生活的时代，委实是石破天惊的创举！林耐并给现存人类起了一个沿用至今的学名——Homo sapiens （Linn.）。Homo是人的属名，sapiens是种名。在《自然体系》第10版中，林耐还把猩猩（orangutan）放在人属Home中，定其学名为Homo trogodytes^[2]。林耐在《自然体系》的第10版中，还别出心裁地使用了占星术中的符号♀和♂，分别代表生物的雌性与雄性；用符号代表雌雄同体生物。林耐用这些符号标识雌雄性别，乃开生物学界之先河，沿袭至今。《自然体系》的第12版是1766年面世的。1771年林耐出版了他最后的著作——关于《自然体系》的第二次补充（Mantissa sltera）。

林耐一生还发表了许多著作。按出版年代顺序是：1736年出版《植物学基础》（Fundamenta Botanica）及《植物学文献》（Bebliotheca Botanica）；1937年出版《拉普兰植物志》（Flora Lapponica），《植物志属》（Genera Plantarum），《植物志纲》（Classes Plantarum），《科里福特植物园的植物》（Hortus Cliffortianus）以及《植物学批判》（Critica Botanica）；1745年出版《欧兰、高特兰旅行记》（Olandska och Gothlandska Resa），《瑞典植物志》（Flora Suecica）；1746年出版《瑞典动物志》（Fauna Suecica）；1748年出版《乌普萨拉植物园的植物》（Hortus Upsalinensis）；1751年出版《植物哲学》（Philosophia botanica）；1753年出版《植物种》（Species plantarum）。