在粮食合作社中，农户保留自己对土地的承包权利，通过土地经营使用权入股，将土地的经营使用权让渡于合作社统一利用，对减少生产资料支出、降低作业成本、增加播种面积、提高单产、提高销售价格、提高劳动生产率等具有重要促进作用，具有明显的规模效应。根据2013年对河南省9个种粮合作社的调查，2012年的种粮收入3979.86万元，粮食播种面积亩均收入980元；支出7887.05万元，亩均支出537元；利润1797.81万元，亩均利润443元。
一是成本降低效应。由于规模优势的作用，合作社生产资料成本可以降低10%左右，而销售价格平均可以提高5%以上。从24个样本合作社为成员提供服务的情况来看，与市场价相比，种子价低10%，节省6万元；薄膜价格低30%左右，节省3万元；农药价格低6%，节省13万元；化肥价格低5%，节省64万元；翻耕地服务价格低21%，节省26万元。
二是增产提质效应。通过发展合作社可以很好地解决农田闲置、少耕种或粗放经营等问题。由于劳动力大量转移，许多地区水稻两季轮作的制度早在数年前就已转变成了一季。种粮合作社出现后，这些地区的水稻轮作制度逐渐回归到了两季。
为树立品牌、改良土壤，有8家合作社引导成员使用有机肥，2012年为成员提供有机肥707.60万斤，利于培肥地力。有7家合作社进行统一质量和品牌认证，实现认证数量8个。有9个合作社统一组织培训，2012年组织培训1952次，培训2.69万人次。其中范县农民专业合作社、范县黄河生态农业开发专业合作社分别组织培训1260次、650次，分别培训1.2万人次、6000人次。
与单个农户不同，农民合作组织内部分工不断深入，装备条件显著改善，采纳科技的主动性明显增强，生产要素利用更为充分，单产水平明显较高。24个样本合作社粮食产量为8.58万吨，其中小麦、水稻、玉米、马铃薯分别为2.63万吨、3.08万吨、1.22万吨、1.60万吨（折粮）。2012年的粮食亩产为911斤，总体水平较高。对嘉兴市桐乡县石门镇兴农粮油农机专业合作社、嘉兴市桐乡县龙翔农机粮油专业合作社、嘉兴市海盐县标丰农机专业合作社、克山县仁发农机合作社、哈尔滨呼兰区金山现代农机专业合作社、克东县玉岗现代农机专业合作社的调查表明，亩产比周边农户分别要高100斤、70斤、90斤、60斤、50斤、40斤左右，平均单产提高6%以上。
三是价格提升效应。种粮合作社一般与龙头企业有密切的关系，在3个合作社中有龙头企业是其成员，13个合作社与龙头企业有稳定的购销关系。有10个合作社与龙头企业签订了购销合同，其中7个规定了最低收购价。稳定的购销关系既能保障合作社产品销路，也利于龙头企业稳定原材料和进货来源，样本合作社和龙头企业也没有违约的现象。2012年合作社售给龙头企业的粮食为3427.95万吨（土豆折粮），平均销售价格为每斤1.25元，比当地市场价高6%。通过订单销售，为成员增收122万元。通过降低生产资料价格和提高销售价格，成员受益234万元。有3个合作社还能获得龙头企业的二次返利，2012年河南省范县农民专业合作社、湖南新化县秦人香红米种植专业合作社分别获得120万元、17.11万元二次返利。
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